1. ? ? 裂解液成分了解:
(1)大多有效成分都是去垢劑,那么去垢劑是什么呢义桂?
去垢劑功能的關(guān)鍵是具有兩親結(jié)構(gòu)漱竖。所有的去垢劑都具有親水“頭部”區(qū)域和疏水“尾部”區(qū)域這一特征,常用的陰離子去垢劑SDS結(jié)構(gòu)如圖:
這些結(jié)構(gòu)特性使得去垢劑可以在水性介質(zhì)中聚集囚企。在足夠高的濃度下丈咐,每個分子的極性親水區(qū)域朝向極性溶質(zhì)(水),而疏水區(qū)域聚集在一起龙宏,形成一個具有疏水核心的熱力學(xué)穩(wěn)定的膠束棵逊。去垢劑膠束的疏水核心區(qū)域與蛋白質(zhì)的疏水表面結(jié)合,形成可溶性的蛋白質(zhì)-去垢劑復(fù)合物烦衣。
去垢劑根據(jù)其親水基團的不同分為:陰/陽離子去垢劑歹河、非離子型兩性去垢劑、兩性去垢劑花吟。
a 陰/陽離子型去垢劑:作用強烈秸歧,會更大程度的改變蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu),更容易受到pH衅澈、離子強度和反離子的性質(zhì)等因素影響键菱;
b 非離子型去垢劑:作用溫和,由于不分離蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)鍵今布,非離子型去垢劑使得蛋白質(zhì)可以保留其天然的結(jié)構(gòu)和功能经备,不易變形(疏水鏈長度較短的去垢劑更易引起蛋白質(zhì)失活);
c 兩性去垢劑:相對于離子型去垢劑其更少產(chǎn)生變性部默,相對于非離子型去垢劑侵蒙,又可以更有效的破壞蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)鍵并減少聚集。
(2)配置裂解液都需要Tris緩沖液傅蹂,又是什么呢纷闺?
a. Tris學(xué)名叫三羥甲基氨基甲烷算凿,它和Tris-base是一個東西,1M的Tris溶液的pH值大約是10~11犁功,即常說的Tris堿氓轰;
b. Tris-cl和Tris-HCl是一個東西,就是寫法上有所不同浸卦,即常說的Tris酸署鸡;
c. Tris-HCl就是在Tris-base的溶液中加入適當量的鹽酸,調(diào)成你所需要的PH值限嫌。
2. ?? 常用裂解液種類:
(1)NP40 lysis buffer:
a. 主要成分50mM Tris(pH7.4)靴庆,150mM NaCl,1% NP-40萤皂。
b. 概述:NP-40是一種很溫和的非離子型去垢劑撒穷,1%濃度基本可以破壞掉細胞膜,而對核膜的破壞作用較弱裆熙,結(jié)合特定的緩沖液可以獲得胞漿蛋白端礼。與蛋白結(jié)合力強,用于防止物質(zhì)分子疏水間相互作用入录,確保蛋白的充分溶解和結(jié)構(gòu)穩(wěn)定蛤奥。
c. 用途:常規(guī)的Western、IP和co-IP和ELISA僚稿,本實驗室是做核蛋白的凡桥,由于獲取核蛋白需要裂解細胞核膜,因此本lab WB實驗用1%NP40+0.1%SDS(可使蛋白變形)蚀同,IP/pull down實驗用1%NP40+超聲(保留蛋白結(jié)構(gòu))缅刽。
(2)SDS lysis buffer:
a. 主要成分:50mM Tris (pH8.1),1% SDS
b. 概述:是一種比較強烈的細胞組織裂解液蠢络,可裂解核膜衰猛。在SDS-PAGE電泳中,SDS能使蛋白氫鍵和疏水鍵打開并結(jié)合蛋白分子刹孔,使各種蛋白質(zhì)-SDS復(fù)合物都帶上相同密度電荷且遠遠超過蛋白分子原有電荷啡省,從而掩蓋蛋白間電荷差別,使得電泳遷移率只取決于分子大小這一因素髓霞。
c. 用途:用于常規(guī)Western卦睹、ChIP等
各種常用裂解液的比較推薦參考碧云天網(wǎng)頁:https://www.beyotime.com/lysis-buffer.htm