Flowjo處理細(xì)胞周期

1. 相關(guān)知識:

  • 通道命名方式:
    以FL(fluorescence)加數(shù)字命名昔穴,如FL1霹菊、FL2剧蚣、FL3等。以該通道接收的主要熒光素命名,如FITC通道鸠按、PE通道礼搁、APC通道等。
    For example: FACSCalibur有 488nm和633nm兩根激光器目尖,488nm能檢測FSC馒吴、SSC、FL1(FITC)瑟曲、FL2(PE)饮戳、FL3(Perd635能檢測FL 4(APC),代表Calibur有6個通道,最多能同時檢測4個熒光测蹲,6種參數(shù)莹捡。
  • 般FSC和SSC變異范圍較小鬼吵,故使用線性放大;熒光信號變異范圍較大扣甲,多使用對數(shù)放大。
  • SSC方向與激光束和液流形成的平面相垂直齿椅,亦稱90度散射光琉挖,其信號強度反映細(xì)胞內(nèi)部顆粒度和精細(xì)結(jié)構(gòu)的變化。FSC信號方向與激光束平行涣脚,偏離度- -般在1 -6度范圍內(nèi),亦稱小角度散射光示辈,主要反映被測細(xì)胞的體積大小和活力。實驗中遣蚀,常利用FSC和SSC這兩種參數(shù)的組合矾麻,區(qū)分不同的細(xì)胞群體,去除碎片芭梯、死細(xì)胞和粘連細(xì)胞的干擾险耀。
  • 曲線調(diào)整原則:粉色的曲線為模型曲線,黑色的為樣本曲線,理想狀況是粉色和黑色曲線吻合-致為
    最佳玖喘。擬和的好壞可以根據(jù)右邊的RMS值來判斷甩牺。RMS(root mean square)值越小越好。但是這只是一
    個相對值累奈,只在同樣本不同模擬情況下贬派,選取最小值來達(dá)到最佳擬和。你可以選中G1期的峰或G2期的
    峰澎媒,根據(jù)調(diào)節(jié)按鈕調(diào)節(jié)峰的寬度
  • 含義:
    • G1期含義:細(xì)胞進行大量物質(zhì)合成時期搞乏,為DNA合成做準(zhǔn)備。
    • S期含義:開始至完成DNA的合成以及合成組蛋白戒努。
    • G2/M期的含義: DNA復(fù)制結(jié)束和開始有絲分裂之間的間隙请敦。
      通常,根據(jù)G1期、S期冬三、G2期的百分含量來判斷細(xì)胞周期的變化匀油。相對于正常的細(xì)胞,加藥或者照射
      的細(xì)胞的周期可能會發(fā)生變勾笆。- -般根據(jù)S+G2期的百分含量判斷處理后的細(xì)胞是促進增殖還是抑制增殖敌蚜。
      凋亡細(xì)胞由于細(xì)胞核發(fā)生濃縮以及發(fā)生 DNA片段化(DNA fragmentation)導(dǎo)致部分基因組DNA片斷在染色過程中丟失,因此凋 亡細(xì)胞碘化丙啶染色后呈現(xiàn)明顯的弱染窝爪,即熒光強度小于1弛车,在流式檢測的熒光圖上出 現(xiàn)所謂的sub-G1峰,即凋亡細(xì)胞峰蒲每。

2. 軟件操作:

  1. 打開flowjo軟件纷跛,將要分析的fsc文件直接拖入軟件中
  2. 去除細(xì)胞碎片(圈主細(xì)胞):雙擊其中一個,調(diào)節(jié)橫坐標(biāo)為“FSC-坐標(biāo)liner處理” 縱坐標(biāo)為“SSC-坐標(biāo)log處理”邀杏,并用像“箭頭”一樣的圈出待分析的細(xì)胞群贫奠,可將細(xì)胞命名或默認(rèn)為“l(fā)ymphcytes”
  3. 選單細(xì)胞(去除粘附細(xì)胞,多核細(xì)胞等):橫坐標(biāo)設(shè)置“熒光指標(biāo)-A(A:面積)”望蜡,縱坐標(biāo)設(shè)置“熒光指標(biāo)-H(H:高度)” 【X軸選擇FL3-LIN,用來表示PI的線性信號唤崭。Y軸選擇FL3-PEAK,用來表示PI的峰值信號。本實驗數(shù)據(jù)采集采用的是貝克曼儀器采集的數(shù)據(jù)脖律。(如果是****BD的儀器采集的數(shù)據(jù)谢肾,X軸選擇FL2-W,用來表示PI的寬度信號。Y軸選****擇FL2-A,用來表示PI的面積信號)小泉,如上圖所示多倍體或異倍體細(xì)胞不予分析芦疏。】
  4. “tools” --- "cell cycle"
  5. 通常:G2是G1的兩倍微姊,也可以將G1的mean設(shè)定一個范圍
?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末酸茴,一起剝皮案震驚了整個濱河市,隨后出現(xiàn)的幾起案子柒桑,更是在濱河造成了極大的恐慌弊决,老刑警劉巖,帶你破解...
    沈念sama閱讀 206,013評論 6 481
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件魁淳,死亡現(xiàn)場離奇詭異飘诗,居然都是意外死亡,警方通過查閱死者的電腦和手機界逛,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 88,205評論 2 382
  • 文/潘曉璐 我一進店門昆稿,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來,“玉大人息拜,你說我怎么就攤上這事溉潭【幌欤” “怎么了?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 152,370評論 0 342
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵喳瓣,是天一觀的道長馋贤。 經(jīng)常有香客問我,道長畏陕,這世上最難降的妖魔是什么配乓? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 55,168評論 1 278
  • 正文 為了忘掉前任,我火速辦了婚禮惠毁,結(jié)果婚禮上犹芹,老公的妹妹穿的比我還像新娘。我一直安慰自己鞠绰,他們只是感情好腰埂,可當(dāng)我...
    茶點故事閱讀 64,153評論 5 371
  • 文/花漫 我一把揭開白布。 她就那樣靜靜地躺著蜈膨,像睡著了一般屿笼。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上丈挟,一...
    開封第一講書人閱讀 48,954評論 1 283
  • 那天刁卜,我揣著相機與錄音,去河邊找鬼曙咽。 笑死,一個胖子當(dāng)著我的面吹牛挑辆,可吹牛的內(nèi)容都是我干的例朱。 我是一名探鬼主播,決...
    沈念sama閱讀 38,271評論 3 399
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼鱼蝉,長吁一口氣:“原來是場噩夢啊……” “哼洒嗤!你這毒婦竟也來了?” 一聲冷哼從身側(cè)響起魁亦,我...
    開封第一講書人閱讀 36,916評論 0 259
  • 序言:老撾萬榮一對情侶失蹤渔隶,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎,沒想到半個月后洁奈,有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體间唉,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 43,382評論 1 300
  • 正文 獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡,尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點故事閱讀 35,877評論 2 323
  • 正文 我和宋清朗相戀三年利术,在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了呈野。 大學(xué)時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片。...
    茶點故事閱讀 37,989評論 1 333
  • 序言:一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡印叁,死狀恐怖被冒,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出军掂,到底是詐尸還是另有隱情,我是刑警寧澤昨悼,帶...
    沈念sama閱讀 33,624評論 4 322
  • 正文 年R本政府宣布蝗锥,位于F島的核電站,受9級特大地震影響率触,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏玛追。R本人自食惡果不足惜,卻給世界環(huán)境...
    茶點故事閱讀 39,209評論 3 307
  • 文/蒙蒙 一闲延、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望痊剖。 院中可真熱鬧,春花似錦垒玲、人聲如沸陆馁。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 30,199評論 0 19
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽叮贩。三九已至,卻和暖如春佛析,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間益老,已是汗流浹背。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 31,418評論 1 260
  • 我被黑心中介騙來泰國打工寸莫, 沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留捺萌,地道東北人。 一個月前我還...
    沈念sama閱讀 45,401評論 2 352
  • 正文 我出身青樓膘茎,卻偏偏與公主長得像桃纯,于是被迫代替她去往敵國和親。 傳聞我的和親對象是個殘疾皇子披坏,可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點故事閱讀 42,700評論 2 345

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容