免疫組庫是哪位丸氛？
能夠稱為“組庫”，首先是功能相似的N多細胞的集合著摔。而“免疫”是指免疫細胞缓窜，特指T/B淋巴細胞〉兀“So~免疫組庫”（Immune Repertoire禾锤，IR），指某個體摹察，特定時間點下恩掷，所有功能多樣性T/B淋巴細胞的總和。T/B細胞利用細胞表面受體（TCR/BCR）識別和結合抗原港粱，介導機體產生針對性的免疫應答螃成，發(fā)揮免疫功能并做好記錄備案，如果該抗原再次入侵可迅速作出反應查坪，作為健康衛(wèi)士守護肌體城池寸宏。
“組庫”從哪來？
除了n多T/B細胞的集合偿曙，TCR/BCR多樣性也是把“蛋糕”做大的關鍵氮凝。
首先TCR/BCR的本質是細胞膜表面蛋白受體，其生成過程都要走過DNA轉錄成RNA進而翻譯生成蛋白質望忆。
在組成結構上罩阵，兩種抗原識別受體均由兩條不同鏈連接而成，TCR（1條α鏈+1條β鏈）启摄，BCR（2條重鏈+2條輕鏈）稿壁。其中α鏈和輕鏈受基因片段VJC區(qū)域編碼，組合形式相對簡單歉备，β鏈和重鏈受基因片段V(D)JC區(qū)域編碼傅是。
基因片段V(D)J (Variable-可變區(qū); Diversity-多樣區(qū); joining-連接區(qū);) 會發(fā)生隨機重組，各基因片段可變形式分別為，V區(qū)（52種）喧笔，D區(qū)（2種）帽驯，J區(qū)（13種），配合V(D)J片段中堿基的插入和缺失书闸，進一步相互間的排列組合存在1012種以上組合形式尼变，以此構成了TCR和BCR多樣性的來源，而這種多樣性正是適應性免疫系統(tǒng)能夠識別眾多抗原的基礎浆劲。
免疫組庫測序有必要做嗎嫌术？
對于1012個以上的抗原識別基數(shù)來說，群體和個體間的免疫組庫的豐富程度能夠直接反應機體免疫系統(tǒng)情況牌借，通常TCR/BCR的亞型越多蛉威，機體識別病原的能力越強，越不容易感染疾病走哺，但超過一定限度蚯嫌，也容易引發(fā)自身免疫性疾病。且機體的免疫組庫也不是一成不變的丙躏，會隨著年齡择示，環(huán)境，藥物晒旅，患病等等因素栅盲，免疫組庫多樣性也時刻處于動態(tài)變化當中。由此废恋，將免疫組庫測序用于臨床診斷和治療上谈秫，有助于對群體或個體間進行免疫監(jiān)測，探究相關疾灿愎摹（疾病感染拟烫，治療，自身免疫疾病等）和免疫應答的關系迄本，監(jiān)測免疫療法的效果硕淑，研究疾病發(fā)生、發(fā)展的分子機制嘉赎。
簡單來說置媳，單細胞免疫組庫解決如下問題:
- 識別免疫組庫序列組成和多樣性
- 探究基因表達情況，發(fā)現(xiàn)新的生物標志物
- . 分析樣本內/樣本間Clonotype組成（如增殖性克隆公条，細胞類型間clonotype overlap情況拇囊，clonotype多樣性等），樣本間clonotype組成（同一生物個體不同樣本間clonotype overlap情況等）
單細胞免疫組庫測序一次實驗可以同時檢測近數(shù)千個細胞靶橱，可在一個樣本中同時獲5'端mRNA表達譜寥袭、TCR和BCR的信息奢米，結合基因的表達譜和V(D)J數(shù)據(jù)進行復雜組織樣本的是影響免疫應答分析。
實驗流程
免疫組庫測序實驗流程如下：
基于TCR/BCR檢測的V(D)J區(qū)域靠近5'端纠永，故免疫組庫測序所用磁珠標簽序列由單細胞最末端的polydT序列改為TSO序列，構成read1+barcode+UMI+TSO的標簽組成谒拴，用于單細胞的捕獲識別和后續(xù)5'端RNA的抓取捕獲尝江。
如圖, 凝膠珠上的序列中，barcode序列用于標記細胞英上，UMI序列用于標記轉錄本炭序，而TSO (template switch oligo)用于5’端捕獲。
當磁珠與細胞結合并在油包水環(huán)境中反轉成cDNA后苍日，我們對獲得的cDNA序列進行擴增惭聂，對轉錄組文庫構建方式同單細胞測序實驗，免疫組富集文庫則需額外設計2次引物binding到C區(qū)相恃，對TCR/BCR序列進行富集辜纲，后期對富集cDNA隨機打斷，獲得不同長度的打斷產物拦耐，再經PCR擴增后耕腾，形成免疫組文庫用于上機測序。
ps:由于引物設計問題杀糯，免疫組庫測序現(xiàn)只適用于人鼠模型的研究哦~
