一竖共、什么是免疫組庫
免疫組庫（Immune Repertoire蔑穴，IR）是指在指定時間儡陨，某個體循環(huán)系統(tǒng)中所有功能的多樣性T細胞和B細胞的總和痘系。在B細胞和T細胞中發(fā)現(xiàn)的受體分別被稱為B細胞受體（B Cell Receptor ，BCR）和T細胞受體（T Cell Receptor虏辫，TCR）蚌吸。直白來說免疫組庫就是研究BCR和TCR，探究人體免疫機制砌庄。
從骨髓的造血干細胞發(fā)育到胸腺中成熟T細胞和骨髓中成熟B細胞羹唠，此階段中發(fā)生的V(D)J重排會導致IR的多樣性奕枢。T細胞抗原受體(T cell receptor，TCR)是T細胞特異性識別和結(jié)合抗原肽MHC分子的分子結(jié)構(gòu)佩微，其功能為識別抗原缝彬。B細胞抗原受體(B cell receptor， BCR)是B細胞識別抗原的一種膜表面蛋白哺眯，具有抗原結(jié)合特異性谷浅。B細胞受抗原刺激后，會增殖分化出大量漿細胞奶卓。漿細胞可合成和分泌對應(yīng)的免疫球蛋白（immunoglobulins一疯，Igs）進行“體液免疫”。
二夺姑、為什么叫VDJ
BCR和TCR的基本結(jié)構(gòu)和區(qū)別
TCR分為兩類墩邀，多數(shù)T細胞的TCR由α和β鏈組成, 少數(shù)TCR由γ和δ肽鏈組成，其肽鏈可分為V區(qū)盏浙、C區(qū)眉睹、跨膜區(qū)和胞質(zhì)區(qū)。BCR由兩條重鏈和兩條輕鏈連接而成废膘，其中重鏈分為可變區(qū)(V區(qū))竹海、恒定區(qū)(C區(qū))、跨膜區(qū)及胞質(zhì)區(qū)丐黄；輕鏈則只有V區(qū)和C區(qū)站削。BCR和TCR有三個高變區(qū)CDR1、CDR2孵稽、CDR3许起，其中以CDR3變異最大，直定了抗原結(jié)合特異性菩鲜，對于B細胞和T細胞多樣性的研究也就集中在CDR3 區(qū)园细。
BCR的CDR3區(qū)包括輕鏈V接校、J基因片段和重鏈V猛频、D、J基因片段蛛勉，TCR的CDR3區(qū)包括α鏈V鹿寻、J基因片段和和β鏈V、D诽凌、J基因片段毡熏。因此，稱為VDJ
三侣诵、免疫組庫的不同方法比較
一般的免疫組庫測序（Immune Repertoire sequencing(IR-SEQ)）大致分為兩類：多重PCR測序和5' RACE技術(shù)痢法。
1狱窘、多重PCR測序
市面上以多重PCR測序為主，其原理是設(shè)計位于J等位基因活位于C區(qū)（恒定區(qū)）的引物财搁，結(jié)合一系列已知的V等位基因上的混合引物蘸炸，進行PCR擴增。此方法可使用gRNA和RNA尖奔，但是由于引物設(shè)計參考了特定的V等位基因搭儒，不能檢測新的V等位基因突變，此外存在擴增性偏好提茁，影響產(chǎn)物豐度淹禾。
2、5' RACE
此技術(shù)能夠合成完整的5'cDNA甘凭，覆蓋完整的V區(qū)稀拐，保留完整的VDJ區(qū)域火邓。優(yōu)于擴增產(chǎn)物一致丹弱，也規(guī)避的擴增的偏好性。但由于起始材料是RNA铲咨，對操作要求相對較高躲胳，并且流程繁雜，重復(fù)性受到影響纤勒，成本相對較高坯苹。
同時，這兩種方法都無法區(qū)分PCR重復(fù)和分子重復(fù)摇天，定量不準確粹湃，存在假陰性或者假陽性的情況。
3泉坐、單細胞免疫組庫測序-10X V(D)J
傳統(tǒng)的方法并不能獲得每個細胞的BCR和TCR的具體狀態(tài)为鳄，無法做到將TCR/BCR雙鏈完美匹配。10x Genomics發(fā)布了基于微流控和油滴包裹技術(shù)的Chromium單細胞系統(tǒng)平臺腕让，可實現(xiàn)高通量的單細胞轉(zhuǎn)錄組和單細胞V(D)J測序孤钦。不但可以將TCR/BCR雙鏈完美匹配，實現(xiàn)成對的重鏈和輕鏈（B細胞）或α和β鏈（T細胞）的全長測序纯丸。而且可以細化到單細胞水平偏形，同時獲得表達譜信息。同批樣本可同時測得mRNA表達譜數(shù)據(jù)觉鼻。其次俊扭，具有靈活的獲取量，可在7分鐘內(nèi)封裝100-80000個單細胞坠陈，進而建庫測序统扳。
四喘帚、10X V(D)J建庫測序原理
見參考，很多文章都有介紹咒钟，這里不贅述吹由。下期內(nèi)容：單細胞免疫組庫VDJ——CellRanger（二）
參考：
10× Genomics單細胞免疫組庫VDJ分析必知必會
單細胞免疫組庫：TCR基因重排原理和TCR測序建庫方法
10X Genomics V(D)J測序：免疫分析從零起步學（一)
