原文來(lái)源：Wang, Likai, et al. "Ethylene induces combinatorial effects of histone H3 acetylation in gene expression in Arabidopsis." BMC genomics 18.1 (2017): 538.
這篇文章很多數(shù)據(jù)來(lái)源于之前發(fā)表的一篇高分文章：Zhang, Fan, et al. "EIN2-dependent regulation of acetylation of histone H3K14 and non-canonical histone H3K23 in ethylene signalling." Nature communications 7 (2016): 13018. 從重復(fù)利用已發(fā)表數(shù)據(jù)這一點(diǎn)來(lái)講，也很值得學(xué)習(xí)量没。
1 摘要
1.1 背景
研究者發(fā)現(xiàn)乙烯可以誘導(dǎo)擬南芥黃化苗發(fā)生組蛋白修飾H3K14Ac和H3K23Ac玉转，同時(shí)伴隨一些基因的活化。為了評(píng)估在乙烯刺激之后H3K9, H3K14, and H3K23乙跖固悖化的作用究抓，研究者使用了野生型（Col-0）和乙烯反應(yīng)突變體（ein2-5）的幼苗猾担，探究了乙烯是如何影響乙酰化的刺下，以及比較了相關(guān)基因的表達(dá)量绑嘹。
關(guān)于乙烯反應(yīng)突變體，科學(xué)網(wǎng)的幾篇博客有詳細(xì)介紹：乙烯信號(hào)簡(jiǎn)史
1.2 結(jié)果
H3K9Ac橘茉，H3K14Ac和H3K23Ac優(yōu)先在轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)富集工腋，并且與基因表達(dá)水平呈正相關(guān)。PS: 還根據(jù)兩個(gè)變量（野生型與突變體畅卓、有無(wú)乙烯處理）做了橫縱對(duì)比得到了一些結(jié)果擅腰。
1.3 結(jié)論
乙烯誘導(dǎo)H3K9Ac，K14Ac和K23Ac組蛋白乙跷膛耍化形成了組合效應(yīng)惕鼓，并在基因組范圍對(duì)基因表達(dá)產(chǎn)生影響。此外唐础，對(duì)于一組乙烯調(diào)節(jié)的基因，在沒(méi)有乙烯的情況下矾飞，H3K9Ac的水平和分布能夠作為區(qū)分上調(diào)和下調(diào)基因的標(biāo)記一膨；在乙烯存在的情況下，H3K14Ac和H3K23Ac的水平和分布的變化是基因表達(dá)水平改變所必需的洒沦。
2 方法
2.1 Plant growth conditions
2.2 Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assays
染色質(zhì)免疫沉淀實(shí)驗(yàn)：Antibody H3K9Ac (Millipore; 07-352, 1:3000 dilution), anti-H3K14Ac (Millipore; 07-353, 1:2000 dilution), antiH3K23Ac (Millipore; 07-355, 1:3000 dilution)豹绪。還做了ChIP-qPCR，目的應(yīng)該是想研究基因或基因組中一段序列是否受到組蛋白修飾的調(diào)控（這種方法的局限性：易出現(xiàn)假陽(yáng)性結(jié)果申眼；通量低）瞒津。
2.3 ChIP-seq
IgG作為陰性對(duì)照
2.4 ChIP-seq data analysis
數(shù)據(jù)獲取：GSE77396 and GSE93875
2.5 RNA-seq data analysis
2.6 Real-time PCR
未完括尸，后面再補(bǔ)充詳細(xì)的結(jié)果部分巷蚪。分析部分見(jiàn)：http://www.reibang.com/p/78571f87bef9
