RNA-seq流程[conda使用]

每個版本都有Python2和Python3的版本媳危,這里我們選擇python2的版本郊闯,對目前大多數(shù)軟件可用
https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
下載miniconda

#https://conda.io/miniconda.html
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
#安裝結(jié)束后提示添加環(huán)境變量,一般選no洞慎,否則可能會破壞你之前安裝的軟件依賴關(guān)系。如果你是新用戶,沒什么軟件可破壞的脯燃,請選yes添加以后使用更方便。
#如果選擇no蒙保,每次啟動都需要添加一次環(huán)境變量
export PATH=/home/jinww/miniconda2/bin:$PATH

conda配置

conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
# 添加清華鏡像加速下載
site=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
conda config --add channels ${site}/pkgs/free/
conda config --add channels ${site}/pkgs/main/
conda config --add channels ${site}/cloud/conda-forge/
conda config --add channels ${site}/pkgs/r/
conda config --add channels ${site}/cloud/bioconda/
conda config --add channels ${site}/cloud/msys2/
conda config --add channels ${site}/cloud/menpo/
conda config --add channels ${site}/cloud/pytorch/

conda指定虛擬環(huán)境

#create and install
conda create -n env_name package_name
#舉例:conda create -n rna  python=2.7
#anaconda使用source辕棚;conda使用conda
#activate
source/conda activate env_name
#deactivate:
source/conda deactivate
#其他操作
#查看所有的environmrnts: conda info --envs. 已經(jīng)激活的會帶*號。
#查看某個環(huán)境下的安裝包有哪些: source activate env_name; conda list
#conda搜索某個安裝包:conda search package.name
#用網(wǎng)頁搜索包是否存在:[https://bioconda.github.io/search.html?](https://bioconda.github.io/search.html?)

conda安裝軟件

conda install -y package.name
#-y表示安裝過程中彈出是否是否項時統(tǒng)一選擇yes
#在某個環(huán)境下安裝包: source activate env_name; conda install package.name
#指定包版本 conda install package=version 
 #指定包來源 conda install --channel https://conda.anaconda.org/menpo opencv3

conda卸載軟件

conda uninstall package
conda remove package.name

conda更新

#查看己安裝軟件的版本和依賴關(guān)系
conda list -n rna
conda --version
conda update conda

錯誤情況

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.……
To initialize your shell, run
解決辦法:conda deactivate結(jié)束之前的環(huán)境

參考鏈接地址
http://www.reibang.com/p/ff53ed356b34
https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/82226929

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