1.?背景介紹
菌種鑒定是微生物學(xué)研究中經(jīng)常需要使用的工具顷编，在確定菌株系統(tǒng)發(fā)育地位、進(jìn)行基因組測(cè)序前都需要進(jìn)行菌種鑒定猜旬。
菌種鑒定中通常使用的是一代測(cè)序桂对。從測(cè)序公司拿到結(jié)果后甩卓，需要到NCBI使用blast比對(duì)，根據(jù)比對(duì)結(jié)果構(gòu)建進(jìn)化樹接校，這個(gè)時(shí)候需要熟悉NCBI?blast的使用方法猛频，同時(shí)還需要掌握Mega等軟件的操作。
現(xiàn)在蛛勉，凌波微課云平臺(tái)也可以做菌種鑒定分析啦鹿寻，一鍵完成比對(duì)和構(gòu)樹操作！
工具鏈接：http://www.cloud.biomicroclass.com/CloudPlatform/SoftPage/SIA
2.?操作方法
2.1.?上傳文件
需要上傳fasta或txt格式的序列文件诽凌，示例文件可以點(diǎn)擊下方的眼睛圖標(biāo)查看毡熏，一次上傳的文件中最多只能包含5條序列。示例文件如下圖所示：
2.2.?設(shè)置比對(duì)參數(shù)
這里的參數(shù)與NCBI?的blast參數(shù)是一致的侣诵，其中最重要的是e-value值痢法，是我們進(jìn)行篩選的標(biāo)準(zhǔn)，一般設(shè)置為1e-5杜顺，而最大輸出結(jié)果選項(xiàng)最多可以輸出30條序列（即每一條目標(biāo)序列都會(huì)輸出對(duì)應(yīng)的30條比對(duì)結(jié)果）财搁。
2.3.?設(shè)置構(gòu)樹參數(shù)
構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹方法包括最大似然法和鄰接法，最大似然法的準(zhǔn)確度最高躬络，但耗費(fèi)時(shí)間較長(zhǎng)尖奔，鄰接法運(yùn)行時(shí)間較短，準(zhǔn)確度也是比較高的穷当，可以根據(jù)自己的需要選擇提茁，默認(rèn)參數(shù)使用最大似然法。
上傳文件后馁菜，選擇“提交”按鍵茴扁，即可開始分析
2.4.?查看任務(wù)
提交任務(wù)后，點(diǎn)擊界面右側(cè)的“歷史任務(wù)”模塊汪疮，或者點(diǎn)擊界面“我的任務(wù)”峭火，都可以查看任務(wù)編號(hào)毁习、軟件名稱和狀態(tài)等信息，點(diǎn)擊任務(wù)編號(hào)躲胳，即可查看分析結(jié)果蜓洪。
在任務(wù)詳情界面，展示的是任務(wù)參數(shù)坯苹、結(jié)果文件列表和在線調(diào)整圖片3個(gè)區(qū)域，提供結(jié)果文件下載功能摇天。
3.?結(jié)果文件
結(jié)果文件包括blast比對(duì)結(jié)果表粹湃、輸入序列及匹配序列合并表和利用fastree進(jìn)行構(gòu)樹得到的newick文件。
Blast比對(duì)結(jié)果表：呈現(xiàn)了比對(duì)結(jié)果泉坐，這里尤其需要注意的是得分（score）为鳄、E值和一致性identity值
?輸入序列及匹配序列合并文件：是一個(gè)fasta文件，整合了原始序列和比對(duì)到的序列腕让，后綴修改為fasta就可以用于其他分析了孤钦。
利用fastree進(jìn)行構(gòu)樹得到的newick文件：可以導(dǎo)入Mega、iTol等軟件中進(jìn)一步優(yōu)化纯丸。
4.?在線調(diào)整圖片
在線調(diào)整圖片區(qū)域提供了構(gòu)樹得到的圖片偏形，標(biāo)尺在圖片的上方。通過圖上的一排按鈕可以對(duì)圖片進(jìn)行調(diào)整觉鼻，這排按鈕可以分為三部分
左側(cè)的按鈕：對(duì)樹的排列進(jìn)行調(diào)整俊扭；
中間的按鈕：調(diào)整樹形：這里的樹形有常見的環(huán)形樹和長(zhǎng)方形樹；
右側(cè)的按鈕：整序列名離分支的距離
點(diǎn)擊目標(biāo)序列名就可以著色坠陈，也可以調(diào)整根節(jié)點(diǎn)萨惑、隱藏部分分支，調(diào)整后的圖片都是即時(shí)呈現(xiàn)仇矾，可以直接點(diǎn)擊“下載樹圖”按鈕庸蔼，獲得png格式的樹圖文件。
