1.?背景介紹
CCA或RDA是基于對應(yīng)分析發(fā)展而來的一種排序方法，將對應(yīng)分析與多元回歸分析相結(jié)合糯彬，每一步計(jì)算均與環(huán)境因子進(jìn)行回歸，又稱多元直接梯度分析。此分析是主要用來反映菌群與環(huán)境因子之間關(guān)系极舔。RDA是基于線性模型，CCA是基于單峰模型链瓦。分析可以檢測環(huán)境因子拆魏、樣本、菌群三者之間的關(guān)系或者兩兩之間的關(guān)系慈俯。
工具鏈接：http://www.cloud.biomicroclass.com/CloudPlatform/SoftPage/CCA
2.?操作界面
操作界面包含任務(wù)編號渤刃、OTU豐度表、環(huán)境因子列表文件贴膘、分析類型和是否分組繪圖選項(xiàng)卖子，其中1和2需要上傳數(shù)據(jù)，3和4只需要進(jìn)行選擇刑峡。
2.1.?輸入文件
需要輸入的文件包括OTU豐度表和環(huán)境因子列表文件洋闽，如果選擇按分組進(jìn)行繪圖，還需要提供分組信息表突梦，文件必須為制表符分隔的txt格式诫舅，示例文件如下。
上傳文件后宫患，點(diǎn)擊“提交”按鍵即可刊懈。
2.2.?查看進(jìn)程
提交任務(wù)后，點(diǎn)擊界面右側(cè)的“CCA/RDA歷史任務(wù)”模塊，可以看到任務(wù)編號虚汛、提交時(shí)間匾浪、結(jié)束時(shí)間和狀態(tài)。通過點(diǎn)擊界面“我的任務(wù)”也可以查看任務(wù)編號卷哩、軟件名稱和狀態(tài)等信息蛋辈，點(diǎn)擊任務(wù)編號，即可查看分析結(jié)果殉疼。
在任務(wù)詳情界面梯浪，展示的是任務(wù)參數(shù)、結(jié)果文件列表和在線調(diào)整圖片3個(gè)區(qū)域瓢娜，提供結(jié)果文件下載和圖片調(diào)整功能挂洛。
3.?示例圖片
4.?結(jié)果文件列表
結(jié)果文件包含CCA/RDA結(jié)果圖、百分比表眠砾、樣本坐標(biāo)表虏劲、物種坐標(biāo)表、環(huán)境因子坐標(biāo)表褒颈，其中CCA/RDA結(jié)果圖可以進(jìn)行在線調(diào)整柒巫。
各種坐標(biāo)表
