hello，大家好攒岛，今天我們學(xué)習(xí)一些簡(jiǎn)單的內(nèi)容摩窃，關(guān)于我們單細(xì)胞測(cè)序得到的TCR、BCR分析得到的數(shù)據(jù)如何進(jìn)行良好的展示累盗，我們來(lái)看看下面的分析部分。參考文章為Single-cell analysis pinpoints distinct populations of cytotoxic CD4+ T cells and an IL-10+CD109+ TH2 cell population in nasal polyps突琳，2021年8月發(fā)表于SCIENCE IMMUNOLOGY若债，影響因子18分，文章的內(nèi)容相當(dāng)樸實(shí)拆融，方法簡(jiǎn)單蠢琳，分析內(nèi)容也直擊要害啊终，值得大家讀一讀，但是我們分享就分享一些獨(dú)特的分析點(diǎn)傲须。
Ball-packing plots
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做過(guò)單細(xì)胞免疫的童鞋對(duì)于單細(xì)胞TCR蓝牲、BCR的分析應(yīng)該都不陌生，一方面我們需要好好分析自己的數(shù)據(jù)泰讽，參考很多的文獻(xiàn)方法例衍，另一方面也要只管的展現(xiàn)信息量足夠最多且直觀的圖片，我們先來(lái)看看這個(gè)圖的解釋：Ball-packing plots depicting the size of clones within a cluster. Each ball is one clone, and “clone size” depicts the number of cells of an individual clone. Each cluster is color-coded in accord with the original UMAP (Fig. 1A), and the clusters are positioned at a roughly similar position.（看來(lái)是建立在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)定義結(jié)果之上的已卸，一個(gè)點(diǎn)代表一種克隆型佛玄，點(diǎn)的大小代表了克隆型的多少，顏色就是細(xì)胞類型累澡，信息量很足）梦抢。
圖展示的意義：
To enumerate the clonal heterogeneity of each cluster（甚至可以擴(kuò)展一點(diǎn)，展示兩種細(xì)胞類型之間的共有克隆型愧哟。）This depicted clear clonal expansions in most effector CD4+ T cell subsets, whereas both CD4+ TCM clusters were primarily composed of single TCR clones.很多時(shí)候奥吩，我們需要這樣的分析來(lái)直觀展示我們的免疫分析結(jié)果。
第二種方式翅雏，洛倫茲曲線（Lorenz curves）
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關(guān)于洛倫茲曲線圈驼，原本并不是用于分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)的，大家可以直接百度洛倫茲曲線望几，就會(huì)有相關(guān)的內(nèi)容展示給大家绩脆，但是洛倫茲曲線用在這里恰到好處，我們先來(lái)看看圖片的解釋：Lorenz curve of the proportion of clonotypes within a cluster versus proportion of total cells within that same cluster橄抹。
展示意義：
To determine which clusters exhibited the greatest clonal expansions靴迫，This showed that the largest clonal expansions were present in CD4+ CTL, with prominent clonal outgrowths also observed in TFH, TH2, and Treg cells . Overall, analysis of TH cell clonotypes in nasal polyp tissue depicted highly compartmentalized clonal expansions in effector CD4+ T cells including CD4+ CTL and TH2 cells.（簡(jiǎn)單的講，就是克隆expansions楼誓，最好是疾病和對(duì)照的對(duì)比結(jié)果）玉锌。
圖片的橫坐標(biāo)是克隆的比例，縱坐標(biāo)是細(xì)胞的比例疟羹，曲線一開(kāi)始越陡峭主守，說(shuō)明前幾種克隆型占據(jù)了細(xì)胞的大多數(shù)，也就是存在克隆的expansions榄融，對(duì)比看效果會(huì)更好参淫。
好了，今天我們學(xué)習(xí)一些簡(jiǎn)單的知識(shí)愧杯，大家學(xué)習(xí)一下涎才，用在自己的分析上，學(xué)以致用力九，逐步成長(zhǎng)耍铜。
生活很好邑闺，等你超越
