DamID-seq(DNA 腺嘌呤甲基轉(zhuǎn)移酶鑒定)

DNA 腺嘌呤甲基轉(zhuǎn)移酶鑒定(通常簡稱為 DamID)是一種分子生物學方案,用于繪制真核生物中 DNA 和染色質(zhì)結(jié)合蛋白的結(jié)合位點。DamID 通過將提出的 DNA 結(jié)合蛋白表達為與 DNA甲基轉(zhuǎn)移酶的融合蛋白來識別結(jié)合位點追城。感興趣的蛋白質(zhì)與脫氧核糖核酸的結(jié)合使甲基轉(zhuǎn)移酶定位在結(jié)合位點的區(qū)域。Adenine 甲基化在真核生物中不會自然發(fā)生,因此可以推斷任何區(qū)域的腺嘌呤甲基化都是由融合蛋白引起的觅廓,這意味著該區(qū)域位于結(jié)合位點附近。DamID 是 ChIP-on-chip 或 ChIP-seq 的替代方法.

但DamID 相對于 ChIP seq 的一個主要優(yōu)勢是涵但,蛋白質(zhì)結(jié)合位點的分析可以在體內(nèi)的特定細胞類型中進行測定杈绸,而不需要對細胞亞群進行物理分離。這使得研究動物模型的發(fā)育或生理過程成為可能矮瘟。此外瞳脓,該技術不需要經(jīng)過驗證的抗體、沉淀步驟或化學交聯(lián)澈侠,并且可以用于最少數(shù)量的細胞劫侧。

缺點就是雖然這項技術最初是在近二十年前在果蠅中開發(fā)出來的,但由于技術限制哨啃,只有少數(shù)使用哺乳動物細胞的實驗成功了烧栋。

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Identification of in vivo DNA targets of chromatin proteins using tethered Dam methyltransferase | Nature Biotechnology

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