ABBA-BABA檢驗(yàn)是一種用于識(shí)別基因流的方法冕屯，它基于四群體模型萨驶，其中包括兩個(gè)與第三個(gè)群體（P3）密切相關(guān)的群體（P1和P2）驻子，以及一個(gè)外群（O）。
在ABBA-BABA檢驗(yàn)中牡彻，并不是直接檢測(cè)P1和P3之間的基因流躬充，而是通過(guò)比較 P1 和 P3 或 P2和 P3 之間的基因流的相對(duì)量來(lái)區(qū)分不完全譜系分選（incomplete lineage sorting）和基因流。
檢驗(yàn)的基本原理是讨便，如果存在基因流充甚，那么在比較 P1 和 P3 或 P2 和 P3 時(shí)，會(huì)觀察到一個(gè)群體的衍生等位基因（allele）通過(guò)基因流出現(xiàn)在另一個(gè)群體中霸褒。這種基因流會(huì)在基因組中留下特定的模式伴找，即 ABBA 或 BABA 模式的位點(diǎn)。這里的 "A" 代表祖先等位基因废菱，而 "B" 代表衍生等位基因技矮。
ABBA模式：如果 P1 群體中的衍生等位基因 B 是通過(guò)基因流從 P3 群體中獲得的，那么在 P1和 P3 之間會(huì)觀察到較多的 ABBA 模式位點(diǎn)殊轴。
BABA模式：相反衰倦，如果 P2 群體中的衍生等位基因 B 是通過(guò)基因流從 P3 群體中獲得的，那么在 P2 和 P3 之間會(huì)觀察到較多的 BABA 模式位點(diǎn)旁理。
如果檢驗(yàn)結(jié)果顯示顯著的 ABBA 或 BABA 位點(diǎn)過(guò)量樊零，這可能表明在過(guò)去發(fā)生了基因流。Z 得分（Z-score）用于統(tǒng)計(jì)顯著性測(cè)試，如果Z得分大于某個(gè)閾值（如3.9驻襟，對(duì)應(yīng)P值小于0.0001）夺艰，則認(rèn)為基因流是顯著的。
