Bulgarelli, D., Rott, M., Schlaeppi, K. et al. Revealing structure and assembly cues for Arabidopsis root-inhabiting bacterial microbiota. Nature 488, 91–95 (2012). https://doi.org/10.1038/nature11336原文地址
圖2 |擬南芥組裝了一個(gè)獨(dú)特的根系細(xì)菌微生物群。a-g甩十，科隆土壤樣品（a-d）和高爾姆土壤（e-g）樣品中OTUs（0.5%）的區(qū)室特異性和相對(duì)豐度船庇。a吭产、 所有OTU的三元圖。每個(gè)圓圈代表一個(gè)OTU鸭轮。每個(gè)圓圈的大小代表其相對(duì)豐度（加權(quán)平均值）臣淤。每個(gè)圓的位置由所示隔室對(duì)總相對(duì)豐度的貢獻(xiàn)決定。圖中的虛線網(wǎng)格和數(shù)字表示每個(gè)隔間貢獻(xiàn)增加20%（見補(bǔ)充方法）窃爷。深藍(lán)色圓圈標(biāo)記在根室中顯著富集的OTU（FDR邑蒋，0.05）。b按厘、 類似于包括木材隔間的三元地塊医吊。OTU顯著富集根（深藍(lán)色，rOTUs）逮京，木材豐富的群落成員（橙色卿堂，wOTUs）和根和木材隔間（淺藍(lán)色，蓮花）共享的OTU（FDR懒棉，0.05）草描。c、 富含根和木材的OTU相對(duì)豐度的熱圖策严。垂直列表示樣本穗慕，水平行表示OTU。樣本聚類（頂部）基于OTU共現(xiàn)妻导。左側(cè)的顏色代碼表示b.d中定義的OTU區(qū)室特異性逛绵，rOTUs，lOTUs和wOTUs亞群的分類組成栗竖。圖表中每個(gè)部分的大小與分配給指定分類群的OTU的累積相對(duì)豐度成比例暑脆。e渠啤、 所示土壤中蓮花和輪狀菌的數(shù)量（FDR狐肢，0.05）。f沥曹、 在指定的區(qū)室中OTU Actinocoralia sp份名。的相對(duì)豐度（平均6s.e.m。）妓美。星號(hào)表示在所有其他指示的隔室中根隔室顯著富集（FDR僵腺，0.05）。g壶栋、 在所示擬南芥生態(tài)型的根室中OTU Actinocoralia sp辰如。的差異相對(duì)豐度（平均6s.e.m。）贵试。星號(hào)表示顯著差異（FDR琉兜，0.05）凯正。
方法摘要：本研究中使用的天然土壤和所有方法的詳細(xì)說(shuō)明可以在補(bǔ)充信息中找到。擬南芥生態(tài)型Shakdara和Landsberg erecta在長(zhǎng)日照條件下（16小時(shí)光周期）以確定的種植密度在裝滿天然科隆或戈?duì)柲吠寥赖呐柚猩L(zhǎng)普筹，并在開花初期收獲根败明。將木Fagus和Betula夾板插入土壤中至約4cm的深度，并將未種植的土壤盆置于與具有活植物的盆相同的條件下太防。收獲最上面3cm的根和土壤培養(yǎng)的木材妻顶，洗去粘附的土壤并定義為“根際隔室”。洗滌后蜒车，對(duì)根和木質(zhì)碎片進(jìn)行超聲處理以除去細(xì)菌表面生物膜并富集內(nèi)生細(xì)菌（'root'/'wood'隔室）讳嘱。使用MP Bio Fast DNA for Soil Kit進(jìn)行所有區(qū)室的DNA提取。條形碼細(xì)菌16S rRNA基因PCR擴(kuò)增子使用先前描述的引物17,18的修改版本與著陸PCR程序（補(bǔ)充表6）組合以產(chǎn)生宿主rRNA基因擴(kuò)增酿愧。凝膠純化擴(kuò)增子（Qiagen）沥潭，合并并在454 Titanium平臺(tái)（Roche）上測(cè)序。我們使用SILVA7數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)454個(gè)讀數(shù)進(jìn)行了分類嬉挡。對(duì)于基于OTU的分析钝鸽，我們使用PyroTagger19篩選高質(zhì)量序列和97%序列同一性的簇。使用R中開發(fā)的一系列軟件包和腳本進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析庞钢。使用對(duì)數(shù)轉(zhuǎn)換相對(duì)豐度的緩和t檢驗(yàn)獲得來(lái)自兩個(gè)區(qū)室或相互作用項(xiàng)的樣品之間基于OTU或SILVA的分類計(jì)數(shù)的顯著差異拔恰。糾正了多重假設(shè)檢驗(yàn)。如前所述進(jìn)行CARD-FISH實(shí)驗(yàn)基括，稍作修改20,21颜懊。如前所述記錄SEM顯微照片22。
