本周最新文獻(xiàn)速遞20210822

一诡宗、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一

文獻(xiàn)題目： Multi-omics integration analysis identifies novel genes for alcoholism with potential overlap with neurodegenerative diseases

不想看英文題目： 多組學(xué)分析鑒定與神經(jīng)退行性疾病重疊的酗酒新基因

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)

研究意義： 全基因組關(guān)聯(lián)研究 (GWAS) 發(fā)現(xiàn)了多個酒精使用障礙 (AUD) 和每周飲酒 (DPW)風(fēng)險位點川慌，但很少有研究調(diào)查二者重合的遺傳位點，以及重合遺傳位點的生物學(xué)功能遗增。

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結(jié)論：

• 總共有 360 個 SNPs 是 AUD 和 DPW 共有的（即 GWAS 中 p < 5 × 10^-8）；
• 使用多組織染色質(zhì)（ROADMAP 和 ENTEX）數(shù)據(jù)對 AUD 和 DPW 進(jìn)行 LDSC 分析，發(fā)現(xiàn)啟動子特異性表觀遺傳標(biāo)記（H3K4me1/me3）在胎兒和成人大腦中顯著富集妥粟；

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• 整合成人和胎兒大腦 eQTL/mQTL 數(shù)據(jù) 以及 GWAS 匯總數(shù)據(jù)進(jìn)行 SMR 分析，對于 AUD吏够， 在 18 個基因座發(fā)現(xiàn)了 21 個顯著的基因 (P_eQTL =?5?×?10^-8; P-SMR FDR?<?20%; Heidi >0.05); 對于 DPW勾给，在 31 個基因座發(fā)現(xiàn)了 61 個顯著的基因(P-SMR FDR?<?20%; Heidi >0.05; GWAS P?<?5?×?10^-5; eQTL/mQTL P?<?5?×?10^-8)；其中基因座 17q.21.31 同時與 AUD (MAP3K14) 和 DPW (MAPT, CRHR1, 和 LRRC37A) 共定位稿饰、基因座 11p11.2 上的 mQTL (SPI1) 和 eQTL (NUP160) 同時與 AUD 和 DPW 共定位锦秒；

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• 對 17q.21.31 進(jìn)行精細(xì)映射，發(fā)現(xiàn)共定位的 mQTL（rs3785884 和 rs17651887）與少突膠質(zhì)細(xì)胞中的染色質(zhì)互作區(qū)域重疊喉镰，并且在MAPT啟動子處形成環(huán)旅择。此外，差異表達(dá)分析進(jìn)一步證明 MAPT 的 mRNA 表達(dá)與飲酒量增加有關(guān)侣姆，說明 MAPT 可能是 17q.21.31 基因座上與飲酒增加相關(guān)的因果基因生真；

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• 對 11p11.2 進(jìn)行精細(xì)映射，發(fā)現(xiàn) rs56030824 與 SPI1 的啟動子標(biāo)記（H3K27ac捺宗、H3K4me3）重疊柱蟀，此外，在 CD14+ 單核細(xì)胞中蚜厉，rs56030824 為 SPI1 的 eQTL 位點长已。結(jié)合前面發(fā)現(xiàn)的共定位結(jié)果，說明 rs56030824 和 SPI1 為 AUD 和 DPW 潛在的因果變異位點和基因昼牛；

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局限：

這篇文章的題目是多組學(xué)分析鑒定與神經(jīng)退行性疾病重疊的酗酒新基因术瓮，我以為主題是酗酒和神經(jīng)退行性疾病》〗。看完全文才發(fā)現(xiàn)胞四，只是在文章的討論處粗略說了一下 AUD 的新基因 SPI1 也與阿爾茨海默病（神經(jīng)退行性疾擦娲弧）相關(guān)辜伟。怎么說呢，既然題目提到了神經(jīng)退行性疾病脊另，那么result部分應(yīng)該把酗酒表型和神經(jīng)退行性疾病的Shared genetic architecture工作也加上去导狡。不過從另一方面來說，這對我們或許是一個啟發(fā)：對于找到的表型新基因偎痛，如何去升華結(jié)果呢旱捧？可參考這篇文章的思路，把新基因和其他疾病表型進(jìn)行phewas分析看彼，找到具有臨床意義的結(jié)果廊佩，升華一下主題囚聚。

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-25392-y

公開的資料：

• AUD meta-analysis summary statistics: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15054198.v1
• SMR Input BESD files for brain meta-analysis: https://doi.org/10.6084/m9.figshare.15054183.v1
• Code：https://github.com/kapoormanav/alc_multiomics
• Shiny web app： https://lcad.shinyapps.io/alc_multiomics/

二、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 二

文獻(xiàn)題目： Single-cell sequencing of immune cells from anticitrullinated peptide antibody positive and negative rheumatoid arthritis

不想看英文題目： 抗環(huán)瓜氨酸肽抗體陽性和陰性類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎免疫細(xì)胞的單細(xì)胞測序

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)

研究意義： 類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎 (RA) 是一種異質(zhì)性疾病标锄，表現(xiàn)為三分之二的患者存在抗瓜氨酸肽抗體 (ACPA)顽铸，研究發(fā)現(xiàn)抗環(huán)瓜氨酸肽抗體陽性(ACPA+) 和 陰性（ACPA-）患者之間在遺傳上存在差異。 然而料皇，尚不清楚這兩種亞型之間的免疫發(fā)病機(jī)制谓松。

結(jié)論：

• 從健康對照 (n?=?4) 收集 CD45 +外周血單核細(xì)胞 (PBMC)、從 ACPA+ (n?=?10) 和 ACPA- (n?=?10)患者中收集滑膜組織單核細(xì)胞(STMCs)和 CD45 +外周血單核細(xì)胞 (PBMC)践剂；對 PBMC 和 STMC 進(jìn)行 scRNA-seq 鬼譬，分別得到 135,429 和 71,073 個免疫細(xì)胞；在 PBMC 中識別出 25 個簇逊脯，其中有三個主要簇：B 細(xì)胞优质、T/自然殺傷 (NK) 細(xì)胞和骨髓細(xì)胞（單核細(xì)胞和樹突細(xì)胞）；

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• 為了表征 ACPA+ 和 ACPA- 這兩種亞型的炎癥細(xì)胞特性军洼，作者對來自 PBMC 和 STMC 的細(xì)胞亞群比例進(jìn)行探索巩螃，發(fā)現(xiàn)不論是 PBMC 還是 STMC， ACPA- 亞型在 B 細(xì)胞亞群的 HLA-DRB5 表達(dá)均顯著低于 ACPA+ 亞型匕争；

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• 使用 Monocle 進(jìn)行偽時間重建和發(fā)育軌跡推斷避乏，推測健康個體從原始 B 細(xì)胞 → HLA-DRB5 +血漿 B 細(xì)胞 → 漿細(xì)胞或從 Mem-unsw B → Mem-sw B；類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎患者則從原始 B 細(xì)胞 → IGHG4 +血漿 B 細(xì)胞甘桑；

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• 對 STMC 的細(xì)胞亞群進(jìn)行分析拍皮，發(fā)現(xiàn)了 8 種樹突狀細(xì)胞亞群（DC），但 ACPA- 和 ACPA+ 在這8種 DC 細(xì)胞亞群比例沒有顯著差異跑杭，值得注意的是铆帽， ACPA- 患者的 CCL13、CCL18 和 MMP3 在 DC 細(xì)胞中高表達(dá)艘蹋，尤其是 DC 細(xì)胞中的 CCL⁺DC 細(xì)胞亞群锄贼；

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• 基于典型標(biāo)志物表達(dá)票灰，在 PBMC 中鑒定了八個單核細(xì)胞簇女阀，但是它們并沒有在 ACPA- 中明顯富集；同樣基于典型標(biāo)志物表達(dá)屑迂，在 STMC 中鑒定了 11 種巨噬細(xì)胞亞群浸策，其中 HLA-DRB5^-CCL⁺ 巨噬細(xì)胞和 IL18⁺ CCL⁺ 巨噬細(xì)胞在 ACPA- 中顯著富集，此外惹盼，IL1B 基因在 ACPA- 的11種巨噬細(xì)胞亞群中幾乎表達(dá)上調(diào)庸汗，而TGFB1基因幾乎不表達(dá)；

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• 對 PBMC 的 T/NK 細(xì)胞進(jìn)行分群手报，鑒定了 13 個細(xì)胞亞型蚯舱，發(fā)現(xiàn) ACPA+ 的幼稚 CD8 T 細(xì)胞比例減少改化，但 CD8 T 毒性細(xì)胞增加。另外枉昏，S100A8^hiGZMB⁺Teff 細(xì)胞在類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎患者中有更高的比例陈肛；

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• 對 STMC 的 T/NK 細(xì)胞進(jìn)行分群，鑒定了八種細(xì)胞亞型兄裂。比起 ACPA+ 句旱， ACPA- 的 NK 細(xì)胞和耗盡的 CD4 T 細(xì)胞的比例較低。細(xì)胞毒性特征基因（GZMB晰奖、NKG7和PFN1）在 ACPA- 的表達(dá)也顯著降低谈撒，說明 ACPA- 患者的細(xì)胞毒性特征降低；

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• 利用 CellPhoneDB 研究類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎患者中巨噬細(xì)胞亞群匾南、DC 和 CD4 T 細(xì)胞之間的相互作用啃匿，發(fā)現(xiàn)與 CCL⁺IL18⁺相比， HLA-DRB5^-CCL⁺ 和 HLA-DRB5^hiCD36⁺ 與 T/NK 亞群有更強(qiáng)的相互作用蛆楞；

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-25246-7

公開的資料：

• Sequence data：數(shù)據(jù)存儲于Genome Sequence Archive in BIG Data Center, Beijing Institute of Genomics (BIG), Chinese Academy of Sciences立宜，登記號為 HRA000155；

• 代碼：https://github.com/yeee904/RA_scRNA

三臊岸、其他文獻(xiàn)推薦

下面的文獻(xiàn)也挺精彩的橙数，但由于下不到原文，或博主時間有限帅戒，沒法精細(xì)解讀灯帮，故列出來供各位參閱；
當(dāng)然逻住，你們有精彩的文獻(xiàn)想讓我解讀的（前提是一周內(nèi)剛出爐的文獻(xiàn)）钟哥，可給我發(fā)pdf（然而可能種種原因，我不一定有時間解讀瞎访，不要對我抱太高期待）腻贰；

文獻(xiàn)題目： Single-cell evaluation reveals shifts in the tumor-immune niches that shape and maintain aggressive lesions in the breast

不想看英文題目： 單細(xì)胞評估揭示了塑造和維持乳腺侵襲性病變的腫瘤免疫位點的變化

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-25240-z

文獻(xiàn)題目： The regulatory impact of RNA-binding proteins on microRNA targeting

不想看英文題目： RNA結(jié)合蛋白對微小RNA靶向調(diào)控影響

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-25078-5

文獻(xiàn)題目： Large-scale and high-resolution mass spectrometry-based proteomics profiling defines molecular subtypes of esophageal cancer for therapeutic targeting

不想看英文題目： 基于大規(guī)模和高分辨率質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)定義了用于靶向治療的食管癌的分子亞型

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 12.121; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-021-25202-5

文獻(xiàn)題目： The whale shark genome reveals patterns of vertebrate gene family evolution

不想看英文題目： 鯨鯊基因組揭示脊椎動物基因家族進(jìn)化模式

雜志和影響因子： Elife (IF: 7.08; Q1)

文章鏈接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34409936/

四、工具或資源類介紹

文獻(xiàn)題目： MultiK: an automated tool to determine optimal cluster numbers in single-cell RNA sequencing data

不想看英文題目： MultiK：一種用于確定單細(xì)胞 RNA 測序數(shù)據(jù)中最優(yōu)簇數(shù)的自動化工具

雜志和影響因子： Genome Biol (IF: 10.806; Q1)

文章鏈接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34412669/

文獻(xiàn)題目： RoboCOP: jointly computing chromatin occupancy profiles for numerous factors from chromatin accessibility data

不想看英文題目： RoboCOP：從染色質(zhì)可及性數(shù)據(jù)中聯(lián)合計算眾多因子的染色質(zhì)占用情況

雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)

文章鏈接：

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34255854/

文獻(xiàn)題目： ANANSE: an enhancer network-based computational approach for predicting key transcription factors in cell fate determination

不想看英文題目： ANANSE：一種基于增強(qiáng)子網(wǎng)絡(luò)的計算方法扒秸，用于預(yù)測決定細(xì)胞命運(yùn)中的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子

雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/nar/article/49/14/7966/6318498

致謝橙子牛奶糖（陳文燕）播演，請用參考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

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