基礎(chǔ)知識:
perl-app-cpanminus
和cpan
都是用于管理 Perl 模塊的工具,它們可以從CPAN
上下載狂塘、安裝细移、升級和刪除 Perl 模塊。perl-app-cpanminus
是cpan
的一個替代工具点把,更加輕巧簡單,并提供了一些附加功能屿附。perlbrew
是用于管理多個 Perl 版本的工具郎逃,可以方便地在同一系統(tǒng)上安裝和使用不同版本的 Perl。bioperl
是一個用 Perl 編寫的生物信息學(xué)工具集挺份,提供了許多處理生物信息學(xué)數(shù)據(jù)的模塊和腳本褒翰。它可以與cpan
或perl-app-cpanminus
配合使用來安裝和管理 Perl 模塊
ncbi上的參考基因組注釋文件有g(shù)ff,gtf以及gbff等格式匀泊,而一般的生信軟件使用的是gff和gtf格式參考注釋文件优训,所以這時候遇到gbff參考基因組的文件確實頭大
gbff轉(zhuǎn)gff或gtf格式最常用的是使用bp_genbank2gff3.pl腳本(一個perl腳本),想要成功運行那就得在linux上配置perl環(huán)境各聘,而Bio::Root::RootI是運行bp_genbank2gff3.pl腳本必不可少的perl模塊
出于時間成本考慮所以就不用源碼進(jìn)行編譯了揣非,直接conda開干
mamba install -c bioconda perl-bioperl
#安裝bioperl
#或者也可以安裝perl-app-cpanminus
mamba install -c conda-forge perl-app-cpanminu
之后就可以使用cpan進(jìn)行下載和安裝perl模塊了
sudo cpan install Bio::Root::Root
#記住一點要加sudo,給管理者權(quán)限躲因,不然一些包打死裝不上(親測)
#注意是cpan早敬,有些教程里面會用的是cpanm,這玩意有時候也老是報錯
然后就可以看到安裝開始了
之后完美運行bp_genbank2gff3.pl腳本(兩千多行的代碼大脉,確實牛逼)
不過轉(zhuǎn)換之后的GFF文件還是用不了搞监,這個問題還是有點頭大,后面有問題再解決
參考資料:
1 Can‘t locate Bio/SeqIO.pm in @INC問題極簡解決_can't locate bio/seqio.pm in @inc (you may need to_wyh0908的博客-CSDN博客
2 Linux/MacOS下安裝BioPerl_use bio::root::rooti_烽洋的博客-CSDN博客
[3]gbff 格式注釋文件轉(zhuǎn)換成gff3注釋文件格式 - 組學(xué)大講堂問答社區(qū) (omicsclass.com)