本周末博主要找房子和搬家垂涯，故提前發(fā)本周的文獻(xiàn)速遞推文疮胖；
一
文獻(xiàn)題目： Interpreting type 1 diabetes risk with genetics and single-cell epigenomics
不想看英文題目： 利用遺傳學(xué)和單細(xì)胞表觀基因組學(xué)解析1型糖尿病的風(fēng)險(xiǎn)
雜志和影響因子： Nature (IF: 42.778; Q1)
研究意義： 全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）鑒定了大量復(fù)雜疾病相關(guān)的非編碼變異位點(diǎn)，如何理解這些變異位點(diǎn)在特定細(xì)胞類型下的遺傳調(diào)控機(jī)制則是一個(gè)較大的挑戰(zhàn)耍属。
結(jié)論：
1）對(duì)來(lái)自 9 個(gè)隊(duì)列的 18942 名 1 型糖尿病 (T1D) 患者和 501638 名歐洲血統(tǒng)的對(duì)照個(gè)體進(jìn)行了GWAS分析撬槽，發(fā)現(xiàn)了 81 個(gè)相關(guān)的基因座汞窗，其中 33 個(gè)為新基因座；
2）遺傳相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn) T1D 與自身免疫性疾病、代謝疾病正相關(guān)既们，與潰瘍性結(jié)腸炎呈負(fù)相關(guān)濒析；
3）對(duì)外周血和胰腺分別進(jìn)行 snATAC-seq 和 scRNA-seq 測(cè)序。snATAC-seq 生成 131,554 個(gè)細(xì)胞啥纸、 28 個(gè)細(xì)胞簇号杏、448,142 個(gè)候選順式調(diào)控元件 (candidate cis-regulatory elements, cCREs)；scRNA-seq 生成90,495 個(gè)細(xì)胞斯棒、29 個(gè)細(xì)胞簇盾致；
4）為了進(jìn)一步探究 T1D 信號(hào)在特定細(xì)胞類型下的遺傳調(diào)控機(jī)制，對(duì)不同細(xì)胞類型的 cCRE 和 T1D 信號(hào)進(jìn)行富集分析荣暮，發(fā)現(xiàn) T 細(xì)胞庭惜、外分泌細(xì)胞（腺泡和導(dǎo)管），β 細(xì)胞穗酥，血漿細(xì)胞樣樹(shù)突狀細(xì)胞的 cCRE 中护赊， T1D 信號(hào)具有較高的后驗(yàn)累積概率；
5）前面研究發(fā)現(xiàn) T1D 信號(hào)在外分泌細(xì)胞的 cCRE 中具有很強(qiáng)的特異性砾跃，對(duì)其進(jìn)行精細(xì)定位分析骏啰，顯示 T1D 顯著信號(hào)上的 rs7795896 位于外分泌細(xì)胞的 cCRE 中；
6）使用 CRISPRi 實(shí)驗(yàn)滅活包含 rs7795896 的增強(qiáng)子活性抽高，觀察到增強(qiáng)子失活后 CFTR 表達(dá)顯著降低器一，此外，CFTR 的 eQTL 位點(diǎn)與 rs7795896 共定位厨内，這些結(jié)果均表明外分泌細(xì)胞的 rs7795896 影響 CFTR 的表達(dá)祈秕；
7）結(jié)合 UK Biobank 和 FinnGen 的 GWAS 數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn) rs7795896 與胰腺疾病顯著相關(guān)雏胃，與其他自身免疫性疾病無(wú)關(guān)请毛，說(shuō)明 rs7795896 可能通過(guò)調(diào)控 CFTR 的表達(dá)影響 T1D 和 胰腺疾病 ；
亮點(diǎn)：
之前的觀察性研究報(bào)道多數(shù) T1D 患者伴隨外分泌胰腺異常瞭亮，但尚不清楚這二者間的因果性方仿。該研究發(fā)現(xiàn)外分泌細(xì)胞 cCRE 上的 rs7795896 通過(guò)降低 CFTR 表達(dá)引起胰腺炎，并進(jìn)一步促進(jìn) T1D 的風(fēng)險(xiǎn)统翩，本文首次闡明了 T1D 和外分泌胰腺疾病之間的因果關(guān)系仙蚜，并揭示了引起二者的風(fēng)險(xiǎn)遺傳位點(diǎn)/基因以及細(xì)胞類型。
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34012112/
doi: 10.1038/s41586-021-03552-w
公開(kāi)的資料：
T1D GWAS：
http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gwas/summary_statistics/GCST90014001-GCST90015000/GCST90014023/
snATAC-seq 測(cè)序數(shù)據(jù)：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE163160
代碼：
https://github.com/kjgaulton/pipelines/tree/master/T1D_snATAC_pipeline
二
文獻(xiàn)題目： Genome-wide association study of more than 40,000 bipolar disorder cases provides new insights into the underlying biology
不想看英文題目： 40,000 多例雙相情感障礙的全基因組關(guān)聯(lián)研究提供了新的生物學(xué)見(jiàn)解
雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 27.603; Q1)
研究意義： 之前的研究鑒定了雙相情感障礙（BD）部分遺傳位點(diǎn)厂汗，尚不清楚該疾病發(fā)展的生物學(xué)機(jī)制委粉。本研究在之前研究的基礎(chǔ)上進(jìn)一步擴(kuò)大樣本量，發(fā)現(xiàn)了更多的遺傳位點(diǎn)娶桦，并為疾病治療和基因功能后續(xù)研究提供了新的線索贾节；
結(jié)論：
1）總共納入 41,917 例 BD 個(gè)體和 371,549 例歐洲祖先對(duì)照個(gè)體進(jìn)行 GWAS 分析汁汗，鑒定了 64 個(gè)獨(dú)立基因座，其中 33 個(gè)為新發(fā)現(xiàn)的基因座栗涂，33 個(gè)基因座被報(bào)道與精神分裂癥知牌、抑郁癥、兒童期精神病或酗酒問(wèn)題相關(guān)斤程；
2）基因富集分析表明 BD 相關(guān)的基因主要富集在海馬錐體神經(jīng)元和前額葉皮層的中間神經(jīng)元中角寸；藥物-基因相互作用顯示鈣通道阻滯劑 米貝拉地爾 和 尼索地平 存在明顯的富集信號(hào)；
3）對(duì) BD 進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組關(guān)聯(lián)分析研究（TWAS）忿墅，發(fā)現(xiàn) 77 個(gè)基因的表達(dá)與 BD 顯著相關(guān)袭厂；基于摘要統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)的孟德?tīng)栯S機(jī)分析（SMR）發(fā)現(xiàn) 15 個(gè)基因的表達(dá)與 BD 相關(guān)；
4）BD 的多基因分險(xiǎn)評(píng)分揭示歐洲隊(duì)列樣本解釋了 4.57% 的遺傳度球匕，兩個(gè)東亞隊(duì)列分別解釋了 2.3％ 和 1.9％ 的遺傳度纹磺，兩個(gè)非裔美國(guó)人隊(duì)列分別解釋了 1.2％ 和 0.4％ 的遺傳度，總的來(lái)說(shuō)亮曹，解釋方差隨樣本量的增加而增加橄杨；
5）遺傳相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn) 255 個(gè)表型中有 16 個(gè)表型與 BD 顯著遺傳相關(guān)，所有的精神疾病表型均表現(xiàn)為與 BD 正遺傳相關(guān)照卦；
6）基于廣義匯總統(tǒng)計(jì)的孟德?tīng)栯S機(jī)化分析（GSMR）式矫，發(fā)現(xiàn)BD 與較長(zhǎng)的睡眠時(shí)間、飲酒問(wèn)題役耕、受教育程度和情緒不穩(wěn)定之間存在正向雙向因果關(guān)系采转；
7）對(duì) BD I（25,060 cases，449,978 controls）和 BD II（6,781 cases瞬痘，364,075 controls）進(jìn)行分層分析故慈，BD I 和 BD II 的遺傳度分別為 20.9% (s.e.?=?0.009, P =?1.0?×?10?111) 和 11.6% (s.e.?=?0.01, P =?3.9?×?10?15), 遺傳相關(guān)性為 0.85 (s.e.?=?0.05, P =?2.88?×?10?54)；BD I 與精神分裂癥更加顯著相關(guān)框全，而BD II 與抑郁癥更加顯著相關(guān)察绷；
亮點(diǎn)：
1）發(fā)現(xiàn)了多個(gè) BD 相關(guān)的新基因座；
2）揭示了 BD 兩個(gè)亞型（ BD I 和 BD II）的相同（均與精神疾病表型顯著相關(guān)）與不同（各自與不同的精神疾病表型顯著相關(guān)）之處津辩；
3）發(fā)現(xiàn)鈣離子通道信號(hào)通路的多個(gè)基因?yàn)?BD 的藥物靶標(biāo)拆撼；
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34002096/
doi: 10.1038/s41588-021-00857-4
公開(kāi)的資料：
GWAS摘要統(tǒng)計(jì)：
https://www.med.unc.edu/pgc/results-and-downloads
三
文獻(xiàn)題目： Gene action, genetic variation, and GWAS: A user-friendly web tool
不想看英文題目： 基因作用、遺傳變異和 GWAS ：用戶友好型網(wǎng)頁(yè)工具
雜志和影響因子： PLoS Genet (IF: 5.174; Q1)
一句話介紹： 作者開(kāi)發(fā)了 Falconer ShinyApp 網(wǎng)頁(yè)喘沿，該網(wǎng)頁(yè)對(duì) 3 個(gè)遺傳模型（One-locus model with additive and dominance effects闸度、Two-locus model with additive and additive-by-additive effects、General 2-locus model）下基因相互作用和等位基因頻率組合如何轉(zhuǎn)換為復(fù)雜性狀的遺傳方差進(jìn)行可視化蚜印。
網(wǎng)站：
https://shiny.cnsgenomics.com/Falconer2/
文章鏈接：
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34014919/
doi: 10.1371/journal.pgen.1009548
公開(kāi)的代碼：
https://github.com/CNSGenomics/falconer-shiny
本人（橙子牛奶糖莺禁，即陳文燕）必須在此說(shuō)明，如果有任何重大的錯(cuò)誤晒哄，無(wú)論是文字上或意義上的睁宰，完全都是我的責(zé)任。然而雖然我非常歡迎批評(píng)寝凌，但是我想那只會(huì)浪費(fèi)你寶貴的時(shí)間柒傻。── 摘自《正見(jiàn)》
