組學分析之ChIP-Seq，蛋白質(zhì)修飾钠糊。這里是佳奧，我們進入新一篇章的學習雹洗！
首先根據(jù)生信技能樹的課程思維導圖簡要列出實戰(zhàn)分析的流程：
sra-tools：下載測序數(shù)據(jù)
fastqc,multiqc,trim_galore 測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制
bowtie,bowtie2,bwa 比對到參考基因組
MACS2,homer 找到IP的結合位點纺弊，坐標bed文件
deeptools 一些可視化
meme/homer motif 計算motif序列
annotation(R包，ChIPpeakAnno逸绎，ChIPseeker)
-
高階分析
peaks差異分析
peaks對應的基因的富集分析
這是視頻網(wǎng)站的一個關于詳細講解ChIP-seq 的課程惹恃，視頻網(wǎng)址后綴在這：
/watch?v=zwuUveGgmS0
- step 1: quality control(check in IGV or draw heat-map)
- step 2: from reads to coverage(match)
- step 3: signal and noise(input and treatment)
- step 4: modeling background
- step 5: from reads to peaks(core part, example MACS2)
最后，有關課程資料棺牧、源代碼在這里：
http://www.bio-info-trainee.com/7210.html
QQ截圖20220808153246.png
下一篇我們開始必要的軟件安裝巫糙。
我們下一篇再見！
