近年來，長非編碼RNA（lncRNAs）在人類疾病中的作用越來越受重視媳溺。目前已有的lncRNA數(shù)據(jù)庫信息大都集中在lncRNAs的基本信息和功能特性上，關(guān)于關(guān)鍵下游靶點(diǎn)碍讯、lncRNA介導(dǎo)的靶基因調(diào)控機(jī)制悬蔽、與疾病相關(guān)lncRNA的重要生物學(xué)功能等重要信息仍然分散在文獻(xiàn)中，尚未廣泛系統(tǒng)地被收集捉兴。
為了填補(bǔ)這一空白蝎困，來自哈爾濱醫(yī)科大學(xué)和海南醫(yī)科大學(xué)的研究團(tuán)隊(duì)共同開發(fā)了一個(gè)人工管理的lncRNA數(shù)據(jù)庫：LncTarD录语，該數(shù)據(jù)庫提供了人類疾病中關(guān)鍵的lncRNA靶標(biāo)調(diào)控及其影響功能和lncRNA介導(dǎo)的調(diào)控機(jī)制。LncTarD可以作為了解lncRNA在疾病發(fā)病中的功能和分子機(jī)制的及時(shí)而有價(jià)值的資源禾乘，這將有助于發(fā)現(xiàn)人類疾病中新的和敏感的生物標(biāo)志物和治療靶點(diǎn)澎埠。
LncTarD覆蓋177種人類疾病中2822種實(shí)驗(yàn)支持的功能調(diào)節(jié)和表達(dá)關(guān)聯(lián)，包括475個(gè)lncRNAs始藕、391個(gè)miRNAs蒲稳、774個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因和140個(gè)生物學(xué)功能。開發(fā)團(tuán)隊(duì)還手工整理了大量信息：（i）包含疾病相關(guān)lncRNAs在人類疾病中的關(guān)鍵靶點(diǎn)和重要生物學(xué)功能（如細(xì)胞增殖伍派、EMT和血管生成）江耀。（ii）lncRNA介導(dǎo)的人類疾病調(diào)控機(jī)制，包括轉(zhuǎn)錄調(diào)控诉植、表觀遺傳調(diào)控祥国、染色質(zhì)環(huán)、ceRNA或海綿晾腔、與mRNA相互作用和與蛋白質(zhì)相互作用舌稀。（iii）lncRNA-target調(diào)控41種人類疾病中52種藥物的耐藥或敏感性。此外灼擂，TCGA泛癌轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（33種癌癥類型）也被整合到LncTarD中壁查，以幫助描述功能性lncRNA-target調(diào)控的動力學(xué)特征。
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LncTarD提供了一個(gè)用戶友好的界面潮罪，可以方便地瀏覽、搜索和下載數(shù)據(jù)
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搜索結(jié)果為疾病-lncRNA-taget-調(diào)控機(jī)制-影響的生物學(xué)功能匯總表细层，點(diǎn)擊“More Details”還可獲取基于TCGA/GEO的靶基因和lncRNA差異表達(dá)情況、靶基因/lncRNA差異表達(dá)箱線圖唬涧、lncRNA-靶基因表達(dá)相關(guān)性的熱圖疫赎、lncRNA-靶基因表達(dá)關(guān)系的散點(diǎn)圖等信息。
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此外，研究團(tuán)隊(duì)還開發(fā)了提交頁面晚树，為其他研究人員提供了一種方便的方式來上傳未記錄在LncTarD中的新數(shù)據(jù)姻采。
LncTarD訪問地址：http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncTarD/index.jsp
首發(fā)公號：國家基因庫大數(shù)據(jù)平臺
參考文獻(xiàn)
Zhao H, Shi J, Zhang Y, et al. LncTarD: a manually-curated database of experimentally-supported functional lncRNA–target regulations in human diseases[J]. Nucleic Acids Research, 2020, 48(D1): D118-D126.
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