https://www.nature.com/articles/s41421-020-0168-9

影響因子： 6.255PMID：32377375期刊年卷：Cell Discov 2020;6 生物二區(qū) 細(xì)胞生物學(xué) Q2 60/190
DOI：10.1038/s41421-020-0168-9

概要

使用單細(xì)胞測序，作者分析了血液中免疫種群的復(fù)雜性砚作，并分析了10位患者的70,858個細(xì)胞类茂。作者確定了ERS患者的高炎癥反應(yīng)鸟雏，這可以解釋為什么某些患者出院后生病，并建議應(yīng)重新評估當(dāng)前的出院標(biāo)準(zhǔn)妆毕。此外兄裂，作者鑒定了髓樣枣察，NK，T和B細(xì)胞的獨特標(biāo)志砰盐，并指出了TCR和BCR表位的變化闷袒。作者的發(fā)現(xiàn)有助于闡明抗病毒免疫機制，并揭示了使用疫苗和中和抗體開發(fā)免疫療法的有希望的機會岩梳。

研究重點

1. 在檢測到COVID-19陰性后囊骤，免疫反應(yīng)持續(xù)了7天以上
2. COVID-19感染后患者外周血中經(jīng)典炎性單核細(xì)胞（CD14 ++ IL1b +）的比例增加
3. ERS患者中CD4中央記憶T細(xì)胞的分?jǐn)?shù)增加，而與LRS患者的健康對照者相比減少
4. ERS患者漿細(xì)胞比例增加冀值，LRS降低
5. 從ERS到LRS的時間段內(nèi)發(fā)生IgA到IgM抗體的類別轉(zhuǎn)換
6. 鑒定COVID-19后患者的主要IGV基因也物，這可能對疫苗開發(fā)有用

研究影響

用于了解SARS-COV-2清除后的免疫細(xì)胞組成（來自PBMC）

回顧性了解免疫細(xì)胞反應(yīng)并告知可能的疫苗設(shè)計/藥物靶標(biāo)

用于識別康復(fù)患者的免疫特征

方法

作者將患者區(qū)分為早期康復(fù)階段（n = 5，ERS列疗，自從對COVID19呈陰性以來<7天）和晚期康復(fù)階段（n = 5滑蚯，LRS，> 14天）抵栈，并將這些患者與健康對照組進行比較（n = 5）

PBMC的單細(xì)胞RNA測序

scBCR-seq和scTCR-seq評估擴增的B細(xì)胞和T細(xì)胞克隆的克隆性

計算方法沒有得到很好的描述告材，因此某些數(shù)字并未直接突出顯示得出的結(jié)論

使用的某些工具不是標(biāo)準(zhǔn)的工作流程工具，因此需要在方法中進行進一步說明

本文的優(yōu)缺點

優(yōu)點：

• 在疾病的不同階段使用人類患者（健康對照竭讳，ERS和LRS）
• 健壯的患者和健康對照組（每組5個樣本创葡；年齡匹配）
• 結(jié)合不同方法（scRNA-seq，scTCR-seq和scBCR-seq）表征免疫細(xì)胞組成和可能的功能
• 比較ERS與LRS绢慢，以了解免疫清除和治療策略
• BCR鏈的出現(xiàn)可能對疫苗開發(fā)很重要

缺點：

• 僅康復(fù)患者正在進行疾病的機制
• 僅血液灿渴，無肺組織或肺液（BAL）對機制主張很重要
• 描述性的，未驗證結(jié)果
• 使用的計算方法不是最先進的或描述得不好的
• 方法不夠詳細(xì)胰舆，無法重現(xiàn)分析結(jié)果
• 注釋不佳的數(shù)字很難得出結(jié)論
• 未進行統(tǒng)計檢驗骚露，但發(fā)現(xiàn)聲稱“重要”

摘要

由SARS-CoV-2引起的COVID-19最近影響了1,200,000多人，造成60,000多人喪生缚窿。關(guān)鍵的免疫細(xì)胞亞群發(fā)生變化棘幸，其在COVID-19過程中的狀態(tài)仍不清楚。作者試圖通過單細(xì)胞RNA測序技術(shù)全面表征COVID-19恢復(fù)期外周血單個核細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄變化倦零。發(fā)現(xiàn)在COVID-19的早期恢復(fù)期（ERS）中误续，患者的T細(xì)胞顯著減少吨悍，而單核細(xì)胞增加。具有較高炎癥基因表達的經(jīng)典CD14 ++單核細(xì)胞比例增加蹋嵌，并且ERS中CD14 ++ IL1β +單核細(xì)胞的豐度更高育瓜。CD4 + T細(xì)胞和CD8 + T細(xì)胞顯著減少，并在ERS中表達高水平的炎癥基因栽烂。在B細(xì)胞中躏仇，漿細(xì)胞顯著增加，而幼稚B細(xì)胞減少腺办。確定了幾個新的B細(xì)胞受體（BCR）的變化焰手，例如IGHV3-23和IGHV3-7，并確認(rèn)了以前用于病毒疫苗開發(fā)的同種型（IGHV3-15怀喉，IGHV3-30和IGKV3-11）书妻。最強的配對頻率IGHV3-23-IGHJ4表示與SARS-CoV-2特異性相關(guān)的單克隆狀態(tài)，尚未有報道磺送。此外驻子，綜合分析預(yù)測，IL-1β和M-CSF可能是炎性風(fēng)暴的新型候選靶基因估灿，而TNFSF13崇呵，IL-18，IL-2和IL-4可能對COVID-19患者的康復(fù)有益馅袁。作者的研究提供了ERS中炎癥性免疫信號的第一個證據(jù)域慷，提示出院后COVID-19患者仍然易受傷害。新的BCR信號轉(zhuǎn)導(dǎo)的鑒定可能導(dǎo)致開發(fā)用于治療COVID-19的疫苗和抗體汗销。

結(jié)果

1.COVID-19患者單免疫細(xì)胞譜分析的研究設(shè)計和分析

為了繪制COVID-19患者的免疫微環(huán)境圖犹褒，作者鑒定了血液中的鏡像變化，并查明了與疾病嚴(yán)重程度和恢復(fù)相關(guān)的細(xì)胞特異性變化弛针。然后叠骑，作者從早期恢復(fù)階段（ERS）或晚期恢復(fù)階段（LRS）（70,858 PBMC）的總共10例COVID-19患者中整合了scRNA-seq，單細(xì)胞配對BCR和單細(xì)胞配對TCR分析削茁。作者還從五個健康供體作為對照收集了scRNA-seq數(shù)據(jù)（57,238個細(xì)胞）（圖1a** 和補充圖S1a–c）宙枷。**該數(shù)據(jù)集通過了嚴(yán)格的高質(zhì)量過濾。使用10x Genomics將scRNA-seq樣品的單細(xì)胞懸液轉(zhuǎn)化為條形碼的scRNA-seq庫茧跋。Cell Ranger軟件（版本3.1.0）用于測序數(shù)據(jù)的初始處理慰丛。

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圖1：COVID-19患者單免疫細(xì)胞譜分析的研究設(shè)計和分析

作者使用t分布隨機鄰居嵌入（t-SNE），根據(jù)典型譜系標(biāo)記物和在每個簇中上調(diào)的其他基因的表達瘾杭，分析了三種免疫細(xì)胞譜系诅病，髓樣，NK，T和B細(xì)胞的分布（圖1b贤笆，c）蝇棉。對于標(biāo)記基因，位于t-SNE中的每個細(xì)胞中的表達值如圖1d所示苏潜。接下來银萍，作者分別將每個譜系的細(xì)胞聚類，并鑒定出總共20個免疫細(xì)胞簇恤左。

2. 康復(fù)期COVID-19患者血液中的NK和T，B和髓樣細(xì)胞概述

從COVID-19感染中恢復(fù)過來的患者的免疫細(xì)胞區(qū)包括所有主要的免疫譜系搀绣。作者分析了通過質(zhì)量控制的128,096個scRNA-seq概況飞袋，包括來自五個HC，五個ERS和五個LRS患者的36,442個髓樣細(xì)胞链患，64,247個NK和T細(xì)胞以及10,177個B細(xì)胞巧鸭。補充圖S2a中顯示了每個主題的粗略聚類分析景觀，圖2a中顯示了每個組的合并圖像麻捻。作者發(fā)現(xiàn)纲仍，與HCs相比，包括ERS和LRS在內(nèi)的COVID-19患者的髓樣細(xì)胞比例更高贸毕，但NK和T細(xì)胞比例更低（圖2b郑叠，c）。有趣的是明棍，與ERS患者相比乡革，LRS患者的B細(xì)胞，NK和T細(xì)胞更多摊腋，但髓樣細(xì)胞卻更少（圖2b沸版，c）。因此兴蒸，這些發(fā)現(xiàn)表明COVID-19患者外周血中淋巴細(xì)胞計數(shù)降低视粮，而髓樣細(xì)胞計數(shù)升高。

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3.恢復(fù)期COVID-19患者血液中的髓樣細(xì)胞亞群及其狀態(tài)

為了進一步了解COVID-19恢復(fù)早期和晚期患者中單核細(xì)胞的變化，作者進行了基因表達分析痕惋，并使用統(tǒng)一流形近似和投影（UMAP）將髓樣細(xì)胞亞群化為六個轉(zhuǎn)錄不同的亞群区宇。

經(jīng)典CD14 ++單核細(xì)胞（M1），
非經(jīng)典CD16 ++（FCGR3A）CD14- / +單核細(xì)胞（M2）值戳，
中間CD14 ++CD16 +單核細(xì)胞（M3）议谷，
CD1C + cDC2（M4），
CLEC9A + cDC1（M5 ）和
pDC（CLEC4C +CD123 +）（M6）

存在于六個不同的簇中（圖3a堕虹，b）卧晓。作者發(fā)現(xiàn)在HCs和COVID-19患者之間芬首，單核細(xì)胞亞群的區(qū)室顯著不同（圖3c）。在髓樣細(xì)胞中逼裆，ERS患者中經(jīng)典CD14 ++單核細(xì)胞（M1）的比例高于HCs郁稍，而LRS患者中則幾乎是正常的（圖 3c）。

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圖3：恢復(fù)期COVID-19患者血液中的髓樣細(xì)胞亞群及其狀態(tài)

作者發(fā)現(xiàn)胜宇，COVID-19患者的CD14 ++ IL1β +單核細(xì)胞和IFN激活的單核細(xì)胞比HCs富集（圖3d–f）耀怜。與CD14 ++炎性單核細(xì)胞（M1）相關(guān)的基因具有高表達水平的炎性基因，例如IL1β桐愉，JUN财破，F(xiàn)OS，JUNB和KLF6从诲。趨化因子CCL4左痢，CXCR4 ; 以及干擾素刺激的基因IFRD1，IRF1和IFI6系洛。相比之下俊性，與HCs中的CD14 ++單核細(xì)胞（M1）相關(guān)的抗炎基因在COVID-19患者中被下調(diào)（圖 3d，e）描扯。值得注意的是定页，UMAP中的IL1β表達值同時具有對比，表明ERS組中IL1β上調(diào)，而LRS患者中IL1β下降（圖3f）。與HCs相比漆腌，ERS組的DC集群中也證實了這一點（補充圖S3a苦酱，b）。接下來，作者獲取了COVID-19患者與HCs中每個髓樣細(xì)胞scRNA-seq亞型的平均炎癥基因（補充圖S3c）。這些結(jié)果表明，細(xì)胞因子的激活驅(qū)動單核細(xì)胞群的擴展（尤其是CD14 ++感染COVID-19的患者中的炎性單核細(xì)胞）导绷。為了探索M1簇中轉(zhuǎn)錄變化的生物學(xué)意義，作者用DEG進行了GO分析（圖3g）屎飘。作者觀察到與細(xì)胞因子信號傳導(dǎo)和炎癥激活相關(guān)的途徑的富集妥曲，這是由IFITM3和IFI6和IL1β，JUN钦购，F(xiàn)OS檐盟，JUNB和KLF6的上調(diào)驅(qū)動的（圖 3g）。

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4. 恢復(fù)的COVID-19患者血液中T細(xì)胞和NK細(xì)胞反應(yīng)的特征

T細(xì)胞和NK細(xì)胞在呼吸道感染中發(fā)揮病毒清除關(guān)鍵作用15卷雕，16节猿。作者的聚類分析基于規(guī)范標(biāo)記（圖4b和補充圖S4a）將T和NK淋巴細(xì)胞分為10個子集（圖4a）。

NK細(xì)胞高表達NCAM1漫雕，KLRF1滨嘱，KLRC1和KLRD1 ;

（1）NK細(xì)胞細(xì)分為CD56 + CD16 - NK細(xì)胞（NK1），它們表達高水平的CD56 和低水平的CD16浸间；

（2）C56 - CD16 + NK細(xì)胞（NK2）九孩，它們表達高水平的CD16 和低水平的CD56。

CD4 + T細(xì)胞表達CD3E和CD4 ; 然后將這些細(xì)胞細(xì)分為四個簇：

（1）幼稚的CD4 + T細(xì)胞（T1）发框，它們表達高水平的CCR7，LEF1和TCF7煤墙；

（2）中央記憶CD4 + T細(xì)胞（T2梅惯，CD4 Tcm），表達高水平的CCR7仿野，但與單純CD4 + T細(xì)胞相比铣减，AQP3和CD69更高；

（3）效應(yīng)器記憶CD4 + T細(xì)胞（T3脚作，CD4 Tem）葫哗，表達高水平的CCR6，CXCR6球涛，CCL5和PRDM1;

（4）調(diào)節(jié)性T細(xì)胞（T4劣针，Treg），表達FOXP3亿扁。

CD8 + T細(xì)胞表達CD8A和CD8B捺典，并細(xì)分為三個簇：

（1）幼稚CD8 + T細(xì)胞（T5），其表達高水平的CCR7从祝，LEF1和TCF7襟己，與幼稚CD4 + T細(xì)胞相似；

（2）效應(yīng)記憶CD8 + T細(xì)胞（T6牍陌，CD8 Tm）擎浴，表達高水平的GZMK；

和細(xì)胞毒性CD8 +淋巴細(xì)胞（CD8 +CTL）（T7）毒涧，它們表達高水平的GZMB贮预，GNLY和PRF1。

（3）增殖性T細(xì)胞（T8，T prol）是TYMS +MKI67 +細(xì)胞萌狂。

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圖4：恢復(fù)的COVID-19患者血液中T和NK細(xì)胞反應(yīng)的特征档玻。

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在HCs和COVID-19患者之間，T細(xì)胞和NK細(xì)胞亞群的組成存在顯著差異（圖4c）茫藏。在COVID-19患者中误趴，CD8 + T細(xì)胞的絕對數(shù)量，特別是效應(yīng)記憶CD8 + T細(xì)胞亞組和NK細(xì)胞的絕對數(shù)量減少务傲，而ERS中NK細(xì)胞的相對比例高于HCs凉当。CD4 + T細(xì)胞的比例是穩(wěn)定的，但HCs和COVID-19患者之間CD4 + T細(xì)胞亞群的組成存在顯著差異售葡。在CD4 + T細(xì)胞中看杭，中央記憶CD4 + T細(xì)胞的比例明顯更高，而幼稚CD4 + T細(xì)胞挟伙，Tregs和效應(yīng)記憶CD4的比例+ ?T細(xì)胞低于HCs楼雹，尤其是ERS組。值得注意的是尖阔，與CD4 + T細(xì)胞相關(guān)的基因具有較高的炎癥相關(guān)基因表達水平贮缅，并且在COVID-19患者中明顯上調(diào)（圖4d）。CD4 + T細(xì)胞在COVID-19的ERS患者中具有高表達水平的炎癥基因介却，包括FOS谴供，JUN，KLF6和S100A8（圖4e）齿坷。相反桂肌，COVID-19患者的CD4 + T細(xì)胞相關(guān)的抗炎基因相對于HCs被下調(diào)（圖 4d，e）永淌。這表明CD4 +T細(xì)胞是病毒感染的主要參與者崎场。CD4 + T細(xì)胞中DEG的比較揭示了參與細(xì)胞因子途徑和炎癥激活的基因的豐富，包括IFITM3和IFI6以及IL1B仰禀，JUN照雁，F(xiàn)OS，JUNB和KLF6（圖 4f）答恶。需要進一步的研究闡明與COVID-19發(fā)病機制有關(guān)的IFN途徑饺蚊。

TCR-seq分析顯示，ERS組的T細(xì)胞擴增明顯低于HC組（圖4g）悬嗓。此外污呼，幼稚或中樞記憶T細(xì)胞幾乎沒有克隆擴增，而效應(yīng)記憶T細(xì)胞包竹，末端效應(yīng)CD8 + T細(xì)胞（CTL）和增殖T細(xì)胞則顯示出更高的擴增水平（圖4h）燕酷。另外籍凝，ERS組中擴增最高（最大）的克隆是TRAV8-6-TRAJ45：TRAV7-8-TRBJ2-1（補充圖S5d）。COVID-19患者中CD8 + T細(xì)胞比例的降低可能暗示了CD8 + T細(xì)胞在病毒清除中的作用（圖 4c）苗缩。而且饵蒂，CD8 +與HCs中的克隆相比，具有擴展克隆的CTL還表現(xiàn)出過度活化的炎癥和抗病毒活性（圖 4i和補充圖 S4b）酱讶⊥硕ⅲ總之，這些發(fā)現(xiàn)表明COVID-19患者外周血中CD8 + T細(xì)胞的克隆擴增有助于控制該病毒泻肯。作者還通過Seurat FindAllMarkers 分析進行了DEG分析渊迁，并在T prol細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了相似的結(jié)果（補充圖S4c）。接下來灶挟，作者將COVID-19患者中每個NK和T細(xì)胞亞群scRNA-seq子集的炎癥基因與正常RNA-seq數(shù)據(jù)的平均值進行比較（補充圖 S4d）琉朽。

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5. COVID-19患者的單細(xì)胞B細(xì)胞特征

通過使用擴散圖預(yù)測B細(xì)胞的基因表達數(shù)據(jù)，作者使用

scRNA-seq鑒定了四個B細(xì)胞簇：

表達CD19稚铣，CD20（MS4A1）箱叁，IGHD，IGHM惕医，IL4R和TCL1A的幼稚B細(xì)胞（B1）蝌蹂；**

表達CD27，CD38和IGHG的記憶B細(xì)胞（B2）; **

僅表達CD19和CD20（MS4A1）的未成熟B細(xì)胞（B3 ）曹锨；**

以及表達高水平XBP1和MZB1的漿細(xì)胞（B4）（圖5a，b和補充圖S5a）**剃允。

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圖5：在COVID-19患者中單細(xì)胞B細(xì)胞的表征沛简。

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與HCs相比，COVID-19患者的漿細(xì)胞百分比顯著增加斥废，而COVID-19患者的幼稚B細(xì)胞百分比顯著降低（圖5c）椒楣。記憶B細(xì)胞和漿細(xì)胞（MPB）可能在病毒感染的控制和過繼免疫的發(fā)展中起重要作用，因為它們協(xié)同工作并誘導(dǎo)特異性抗體牡肉。此外捧灰，與HCs相比，包括S100A8统锤，IGLL5毛俏，SSR3，IGHA1饲窿，XBP1和MZB1在內(nèi)的B細(xì)胞活化相關(guān)基因主要在ERS組的MPB中表達（圖5d）煌寇。作者還在漿細(xì)胞，抗體分泌細(xì)胞（ASC）中發(fā)現(xiàn)了類似的結(jié)果（補充圖S5b逾雄，c）阀溶，提示ASC在病毒控制中起關(guān)鍵作用腻脏。接下來，作者將COVID-19患者每個B細(xì)胞亞群的炎癥基因平均值與正常RNA-seq數(shù)據(jù)進行比較（圖5e）银锻。ERS和HCs之間的基因差異表明COVID-19患者的B細(xì)胞反應(yīng)和抗體分泌增強永品。GO分析表明，MPHA中IGHA1击纬，XBP1鼎姐，MZB1，JUN掉弛，POLR2L和ZFP36的表達過高症见，這表明COVID-19患者的B細(xì)胞增殖和病毒轉(zhuǎn)錄增強（圖5f）。單細(xì)胞BCR-seq分析表明殃饿，與HC中相比谋作，COVID-19患者中IgA同種型的表達過高（圖5g））。這與血清IgA水平升高相對應(yīng)乎芳，這在其他冠狀病毒感染中也很明顯遵蚜。此外，在ERS患者中奈惑，（IgA + IgG + IgE）與（IgD + IgM）的比例顯著增加吭净，并且隨著恢復(fù)時間而呈下降趨勢（圖5h）。

6. 在COVID-19患者中觀察到BCR克隆擴增和VDJ基因使用偏倚

使用sc-BCR-seq評估患者血液中克隆擴增的狀態(tài)肴甸，作者發(fā)現(xiàn)IL4R +幼稚B細(xì)胞顯示出很少的克隆擴增寂殉，而CD27 + CD38 +記憶B細(xì)胞顯示出在各種B細(xì)胞亞群中最高的擴增水平（圖 6a）。在個體水平上原在，作者發(fā)現(xiàn)與HCs相比友扰，COVID-19患者的克隆明顯擴增，這支持了B細(xì)胞在SARS-CoV-2感染下經(jīng)歷了獨特的VDJ克隆重排的假設(shè)庶柿。作者還發(fā)現(xiàn)村怪，與LRS患者相比，ERS中始終保持較高的B細(xì)胞克隆性（圖6b）浮庐。）甚负。此外，對每個受試者的最大擴增（最大）克隆的定量顯示审残，ERS組中最大克隆的比率高于HCs中的最大克隆的比率（圖6c）梭域。為了了解擴增的克隆B細(xì)胞的功能狀態(tài)，作者在克隆的記憶B細(xì)胞和其他B細(xì)胞之間進行了DEG分析搅轿。作者的結(jié)果表明B細(xì)胞基因的表達增加碰辅，包括CD27，SSR4介时，IGHG1没宾，MZB1和XBP1凌彬，這進一步支持了擴增的克隆B細(xì)胞的優(yōu)異效應(yīng)子功能（圖 6d）。而且循衰，隨著時間的流逝铲敛，擴增的B細(xì)胞的差異基因會明顯消退，而在LRS患者中會降低（圖6d）会钝。

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圖6：在COVID-19患者中觀察到BCR克隆擴增伐蒋，VDJ基因使用偏倚。

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為了研究COVID-19患者中BCR的獨特變化和偏好基因迁酸，作者比較了COVID-19患者和HCs中VDJ基因的使用情況先鱼。作者確定了IGHV3家族的過度表達，COVID-19患者相比尤其是在IGHV3-7奸鬓，IGHV3-15焙畔，IGHV3-21，IGHV3-23和IGHV3-30 （圖6E）串远。優(yōu)選的IGKV是IGKV1-17宏多，IGKV2-28和IGKV3-15，而優(yōu)選的IGLV是IGLV1-44澡罚，IGLV2-8和IGLV3-27（圖6e）伸但。此外，ERS患者的前兩個配對頻率是IGHV3-23-IGHJ4和IGHV3-7-IGHJ6（圖6f））留搔。這些細(xì)胞顯示出IGH亞基與分別由IGLV1-44-IGLJ3和IGKV1-17-IGKJ1編碼的IGK / L亞基配對更胖，這表明與SARS-CoV-2特異性相關(guān)的擴展?fàn)顟B(tài)。單獨地隔显，ERS-4和ERS-5具有最大的克隆函喉，分別參考IGHV3-23-IGHJ4（補充圖S5e）和IGHV3-7-IGHJ6（補充圖S5f）。

總之荣月，以IgA和IgM同種型為主的COVID-19克隆性的增加，以及IGHV基因的偏斜使用梳毙，提示SARS-CoV-2對發(fā)病機理的貢獻哺窄。值得注意的是，COVID-19患者中主要IGV基因（尤其是IGHV3-23和IGHV3-7）的偏好為合理設(shè)計SARS-CoV-2疫苗提供了框架账锹。

7. COVID-19患者免疫細(xì)胞之間的細(xì)胞間通訊

用于預(yù)測可能有助于ERS和LRS中T細(xì)胞萌业，B細(xì)胞，單核細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞（DC）不同功能狀態(tài)的細(xì)胞間相互作用（圖 7a奸柬，b）生年。在ERS COVID-19患者中，作者發(fā)現(xiàn)了與單核細(xì)胞激活廓奕，增殖和炎癥信號有關(guān)的適應(yīng)性信號（圖7a抱婉，b）档叔。

T細(xì)胞表達的基因編碼TNFSF8，LTA蒸绩，IFNG衙四，IL17A，CCR5和LTB的配體與TNFRSF8患亿，TNFRSF1A / TNFRSF14传蹈，IFNGR1，IL-17RA步藕，CCR1和LTBR的配體相關(guān)惦界，這些基因在單核細(xì)胞上表達，可能有助于促炎狀態(tài)咙冗。其他T細(xì)胞-單核細(xì)胞相互作用涉及CSF2和CSF1的表達沾歪。

T細(xì)胞可能通過CSF2和CSF1的表達激活單核細(xì)胞，而CSF2和CSF1與CSFR（CSFR2 / 1）結(jié)合并促成炎性風(fēng)暴乞娄。CD14 +單核細(xì)胞簇僅表達IL1β瞬逊，據(jù)預(yù)測它將與T細(xì)胞表達的IL1RAP結(jié)合。T細(xì)胞與單核細(xì)胞的相互作用可能會增強免疫應(yīng)答仪或，并且僅針對COVID-19患者（圖7a确镊，b）。

此外范删，作者發(fā)現(xiàn)單核細(xì)胞高表達脊髓灰質(zhì)炎病毒受體蕾域，在脊髓灰質(zhì)炎病毒復(fù)制和誘導(dǎo)NF-κB信號傳導(dǎo)的第一步中，它作為脊髓灰質(zhì)炎病毒的細(xì)胞受體到旦。從B細(xì)胞單核細(xì)胞和B細(xì)胞T細(xì)胞的相互作用中旨巷，作者發(fā)現(xiàn)B細(xì)胞可以分泌大量IL-6，LTA和LTB添忘，并與在單核細(xì)胞中表達的IL-6R采呐，LTAR和LTBR結(jié)合，大量的IL-6應(yīng)用于T細(xì)胞搁骑，以促進IFN-γ斧吐，IL-1β和其他炎癥細(xì)胞因子和趨化因子的分泌。因此仲器，在ERS COVID-19患者的發(fā)病高峰中形成了高表達IL-6及其后代的炎性單核細(xì)胞的級聯(lián)特征（圖7c）煤率。這些活化的免疫細(xì)胞可能大量進入肺和其他器官的循環(huán)，并發(fā)揮免疫破壞作用乏冀。

在LRS COVID-19患者中蝶糯，預(yù)計DC配體會與參與細(xì)胞增殖和抗體產(chǎn)生的B和T細(xì)胞受體相互作用。作者發(fā)現(xiàn)LRS患者的外周血含有多種抗體辆沦。作者發(fā)現(xiàn)昼捍，在作者對DC-B細(xì)胞相互作用的分析中识虚，IL18-IL18RAP，TNFSF13-TNFRSF13B端三，TNFSF13-TNFRSF17舷礼，TNFSF13B-TNFRSF17，TNFSF13B-TNFRSF13B和TNFSF13B-TNFRSF13C高度表達（圖7d）郊闯。因此妻献，作者推測DC產(chǎn)生IL-18，TNFSF13和TNFSF13B來促進B細(xì)胞的增殖团赁，然后在ERS的血液中分泌許多抗體育拨。

從DC-T和T細(xì)胞-B細(xì)胞的相互作用中，作者發(fā)現(xiàn)DC不僅產(chǎn)生IL-18欢摄，而且產(chǎn)生IL-7以促進T細(xì)胞的增殖熬丧。此外，T細(xì)胞產(chǎn)生IL-2以促進B細(xì)胞的增殖和抗體產(chǎn)生（圖7d）怀挠。因此析蝴，細(xì)胞間的相互作用有助于作者理解為什么COVID-19患者表現(xiàn)出高單核細(xì)胞率和低淋巴細(xì)胞率，以及為何康復(fù)患者外周血中淋巴細(xì)胞的比例逐漸增加绿淋。

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圖7：在COVID-19患者中免疫細(xì)胞之間的細(xì)胞間通訊闷畸。

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總結(jié)

使用單細(xì)胞測序，作者分析了血液中免疫種群的復(fù)雜性吞滞，并分析了10位患者的70,858個細(xì)胞佑菩。作者確定了ERS患者的高炎癥反應(yīng)，這可以解釋為什么某些患者出院后生病裁赠，并建議應(yīng)重新評估當(dāng)前的出院標(biāo)準(zhǔn)殿漠。此外，作者鑒定了髓樣佩捞，NK绞幌，T和B細(xì)胞的獨特標(biāo)志，并指出了TCR和BCR表位的變化一忱。作者的發(fā)現(xiàn)有助于闡明抗病毒免疫機制莲蜘，并揭示了使用疫苗和中和抗體開發(fā)免疫療法的有希望的機會。

https://www.immunology.ox.ac.uk/covid-19/literature-digest-old/immune-cell-profiling-of-covid-19-patients-in-the-recovery-stage-by-single-cell-sequencing