Single-cell landscape of immunological responses in patients with COVID-19
影響因子： 20.479PMID：32788748期刊年卷：Nat Immunol 2020 09;219(9) 醫(yī)學(xué)一區(qū) 免疫學(xué) Q1 3/155
總結(jié)
這篇文章和上一篇文章思路鸣奔、設(shè)計(jì)昧穿、方法基本一致通危，甚至結(jié)論也有相似之處瞳氓，通訊作者都是院士黄虱，但是為什么發(fā)的分值相差距大呢廊遍？除了文章發(fā)表先后順序外锋勺，在樣本量和數(shù)據(jù)分析方面做得更細(xì)致一些沙庐，亞群分析更細(xì)致一些，另外圖表也比上一篇美觀昌抠，這些問題都值得我們反思患朱！
作者實(shí)施了單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq），觀察了中度至重度癥狀的COVID-19患者外周血單核細(xì)胞（PBMC）的免疫反應(yīng)炊苫。作者的研究描繪了COVID-19疾病發(fā)展過程中血液免疫細(xì)胞的高分辨率轉(zhuǎn)錄組圖譜裁厅，這將有助于更好地了解該疾病的保護(hù)性和致病性免疫反應(yīng)。
摘要
在由嚴(yán)重急性呼吸系統(tǒng)綜合癥冠狀病毒2（SARS-CoV-2）感染引起的冠狀病毒疾病2019（COVID-19）中侨艾，疾病嚴(yán)重程度與宿主免疫反應(yīng)之間的關(guān)系尚未完全了解执虹。在這里，作者對(duì)5位健康供體和13位COVID-19患者（包括中度唠梨，重度和恢復(fù)期患者）的外周血樣本進(jìn)行了單細(xì)胞RNA測(cè)序袋励。通過確定免疫細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄譜，并結(jié)合組裝的T細(xì)胞受體和B細(xì)胞受體序列当叭，作者分析了免疫細(xì)胞的功能特性茬故。COVID-19患者中的大多數(shù)細(xì)胞類型均表現(xiàn)出強(qiáng)烈的干擾素-α反應(yīng)和整體急性炎癥反應(yīng)。此外蚁鳖，高度細(xì)胞毒性效應(yīng)T細(xì)胞亞群如CD4+ effector-GNLY (granulysin), CD8+ effector-GNLY and NKT CD160與中度患者的康復(fù)有關(guān)磺芭。在重癥患者中，免疫系統(tǒng)的特征是干擾素反應(yīng)紊亂醉箕，免疫力衰竭钾腺，T細(xì)胞受體組成偏向，T細(xì)胞廣泛擴(kuò)散讥裤。這些發(fā)現(xiàn)說明了疾病進(jìn)展過程中免疫反應(yīng)的動(dòng)態(tài)性質(zhì)放棒。
結(jié)果
1. 外周免疫細(xì)胞的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄譜
scRNA-seq（10X基因組學(xué)）研究了13例患者和5例健康供體（HD）的PBMC的轉(zhuǎn)錄組譜（圖1a）。將13例COVID-19患者分為三種臨床情況：中度（n ?= 7）己英，重度（n ?= 4）和恢復(fù)期（conv间螟；n ?= 6，其中4例與中度病例配對(duì)）（圖1a， b厢破，還對(duì)每個(gè)受試者進(jìn)行了單細(xì)胞T細(xì)胞受體（TCR）和B細(xì)胞受體（BCR）測(cè)序邮府。經(jīng)過統(tǒng)一的單細(xì)胞分析流程（請(qǐng)參閱方法），從所有樣本的PBMC中的122,542個(gè)細(xì)胞中獲得了約6億個(gè)獨(dú)特的轉(zhuǎn)錄本溉奕。在這些細(xì)胞中褂傀，22,711個(gè)細(xì)胞（占18.5％）來自HD，37,901個(gè)細(xì)胞（占30.9％）來自中度狀態(tài)加勤，24,640個(gè)細(xì)胞（占20.1％）來自嚴(yán)重狀態(tài)仙辟，而37,290個(gè)細(xì)胞（占30.4％來自恢復(fù)狀態(tài)）狀況。將所有高質(zhì)量細(xì)胞整合到完整且可比較的數(shù)據(jù)集中鳄梅，并在校正讀取深度和線粒體讀取計(jì)數(shù)后進(jìn)行主成分分析（補(bǔ)充圖2a叠国，b）。
圖1：HD和COVID-19患者的PBMC的研究設(shè)計(jì)和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄譜戴尸。
使用基于圖的統(tǒng)一流形近似和投影聚類（UMAP）粟焊，作者根據(jù)規(guī)范基因標(biāo)記的表達(dá)捕獲了14種主要細(xì)胞類型或亞型的轉(zhuǎn)錄組（圖1c-e和補(bǔ)充圖2a，b）孙蒙。外周血中細(xì)胞亞群的組成
(naive-state T (naive T) cells (CD3+CCR7+),
activated-state T (activated T) cells (CD3+PRF1+),
mucosal-associated invariant T (MAIT) cells (SLC4A10+TRAV1-2+),
γδ T cells (TRGV9+TRDV2+),
proliferative T (pro T) cells (CD3+MKI67+),
natural killer (NK) cells (KLRF1+),
B cells (MS4A1+),
plasma B cells (MZB1+),
CD14+ monocytes (CD14+ mono; LYZ+CD14+),
CD16+ monocytes (CD16+ mono; LYZ+FCGR3A+),
monocyte-derived dendritic cells (mono DCs; CD1C+),
plasmacytoid dendritic cells (pDCs; LILRA4+), platelets (PPBP+)
2. 疾病條件下細(xì)胞組成的差異
為了揭示三種情況（中度项棠，重度和轉(zhuǎn)化）中細(xì)胞組成的差異并與HDs進(jìn)行比較，作者根據(jù)scRNA-seq數(shù)據(jù)計(jì)算了每個(gè)人的PBMC中14種主要細(xì)胞類型的相對(duì)百分比（圖2a–d）挎峦∠阕罚活化的T細(xì)胞簇的相對(duì)百分比在中度患者中達(dá)到峰值，甚至在恢復(fù)期也沒有恢復(fù)到正常水平坦胶。值得注意的是透典，幼稚T細(xì)胞，MAIT細(xì)胞和單DC的相對(duì)豐度隨著疾病的嚴(yán)重程度而降低顿苇，后來在conv患者中這些種群得以恢復(fù)（圖2d）峭咒。相比之下，在conv患者中纪岁，pro T細(xì)胞凑队，血漿B細(xì)胞，CD14 +mono和血小板的相對(duì)百分比隨著疾病的嚴(yán)重程度而增加蜂科，后來又下降了顽决。2d）短条。重癥患者中CD14 + mono的大量增加是根據(jù)最近的一項(xiàng)研究表明导匣，病原性T細(xì)胞誘導(dǎo)的炎性單核細(xì)胞在COVID-19中引發(fā)了炎性風(fēng)暴（參考文獻(xiàn)22）。
圖2：疾病狀況的細(xì)胞組成差異茸时。
接下來贡定，為了研究SARS-CoV-2感染期間的抗病毒和病原體免疫反應(yīng)，作者評(píng)估了兩種重要途徑的表達(dá)水平（基因本體論（GO）生物學(xué)過程術(shù)語：對(duì)干擾素（IFN）-α的反應(yīng)和急性炎癥反應(yīng)）可都』捍跨四個(gè)條件的主要細(xì)胞類型蚓耽。作者發(fā)現(xiàn)，在COVID-19患者的PBMC中旋炒，所有主要細(xì)胞類型中對(duì)IFN-α的反應(yīng)均一且顯著上調(diào)步悠，并且在嚴(yán)重患者中，除血漿B細(xì)胞外瘫镇，幾乎所有主要細(xì)胞類型中對(duì)IFN-α的響應(yīng)值均最高鼎兽，其中中度患者的IFN-α反應(yīng)最大（圖2e）。另外铣除，除pro T細(xì)胞外谚咬，急性炎癥反應(yīng)在所選細(xì)胞類型的各種條件下均表現(xiàn)出一致且顯著的差異。幾種細(xì)胞類型顯示出與疾病嚴(yán)重程度大致對(duì)應(yīng)的急性炎癥反應(yīng)趨勢(shì)尚粘，包括活化的T細(xì)胞择卦，γδT細(xì)胞，NK細(xì)胞和CD16 + mono（圖2e）郎嫁。此外秉继，在嚴(yán)重患者中，血漿I型IFN泽铛，IFN-γ和其他炎性細(xì)胞因子水平最高（補(bǔ)充圖2c）秕噪。這些結(jié)果表明，在COVID-19患者中有很強(qiáng)的總體促炎反應(yīng)（圖2e）厚宰。
3.在先天免疫細(xì)胞中觀察到強(qiáng)烈的干擾素反應(yīng)
為了進(jìn)一步研究SARS-CoV-2感染后先天免疫細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組變化（圖3a腌巾，b），作者比較了CD14 +和CD16 +單核細(xì)胞中度或重度條件與HD條件的表達(dá)模式铲觉。作者發(fā)現(xiàn)COVID-19患者的IFN反應(yīng)澈蝙，髓樣白細(xì)胞活化，細(xì)胞因子產(chǎn)生和核因子（NF）-κB信號(hào)通路均涉及顯著差異表達(dá)的基因（DEG）（圖3c撵幽，d）灯荧。作者發(fā)現(xiàn)COVID-19患者的IFN反應(yīng)，髓樣白細(xì)胞活化盐杂，細(xì)胞因子產(chǎn)生和核因子（NF）-κB信號(hào)通路均涉及顯著差異表達(dá)的基因（DEG）（圖3c逗载，d）。此外链烈，嚴(yán)重條件下單核細(xì)胞中更多的DEG富含分子代謝和分解代謝過程以及細(xì)胞因子分泌（補(bǔ)充圖3a）厉斟。對(duì)于NK細(xì)胞，與單核細(xì)胞相似强衡，與IFN反應(yīng)擦秽，細(xì)胞因子產(chǎn)生，NF-κB信號(hào)通路和白細(xì)胞細(xì)胞毒性相關(guān)的DEGs在COVID-19患者中顯著豐富（圖3e，f）感挥，表明先天免疫細(xì)胞具有一致的反應(yīng)感染SARS-CoV-2缩搅。此外，與中度患者相比触幼，重癥NK細(xì)胞的DEGs硼瓣，例如ITGB2，CCL5和CXCR2置谦，與遷移相關(guān)的過程更為緊密相關(guān)（補(bǔ)充圖3b巨双，c）。
**圖3：在四個(gè)條件下個(gè)體的先天免疫細(xì)胞的特征霉祸。
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與DEG富集結(jié)果一致筑累，作者發(fā)現(xiàn)SARS-CoV-2感染后單核細(xì)胞和NK細(xì)胞均顯示出明顯的IFN和急性炎癥反應(yīng)，特別是在嚴(yán)重患者中（圖2e）丝蹭。與HD條件相比慢宗，單核細(xì)胞和NK細(xì)胞中細(xì)胞凋亡和遷移的水平也被上調(diào)（圖3g）。與單核細(xì)胞和NK細(xì)胞中相當(dāng)?shù)牡蛲鏊讲煌即囟然颊叩南忍烀庖呒?xì)胞比中度患者更容易遷移（圖3g和補(bǔ)充圖3c）镜沽。這些結(jié)果表明，在患有COVID-19的患者中贱田，大多數(shù)先天免疫細(xì)胞類型均表現(xiàn)出強(qiáng)烈的IFN反應(yīng)缅茉。
4. COVID-19患者T細(xì)胞亞群的特征
為了表征個(gè)體在四種情況下個(gè)體T細(xì)胞亞群的變化，作者從PBMC中亞群化T細(xì)胞男摧，并根據(jù)典型T細(xì)胞標(biāo)志物的表達(dá)和分布獲得12個(gè)亞群（圖4a蔬墩，b）：
CD4 + T細(xì)胞的6種亞型（CD3E + CD4+），
CD8 + T細(xì)胞的3種亞型（CD3E + CD8A +）
NKT細(xì)胞的3種亞型（CD3E + CD4 – CD8A –TYROBP +）
圖4：T細(xì)胞亞群的免疫學(xué)特征
CD4 + T細(xì)胞簇的六個(gè)亞型
naive CD4+ (CD4+ naive) T cell (CCR7+SELL+),
memory CD4+ (CD4+ memory) T cell (S100A4+GPR183+),
effector memory CD4+ T cell (S100A4+GPR183+GZMA+)
regulatory T (Treg) cell (FOXP3+IL2RA+) 亞型耗拓，
兩種effector CD4 + T亞型：
CD4+ effector-GZMK and CD4+ effector-GNLY拇颅。CD4+ effector-GNLY簇的特點(diǎn)是與細(xì)胞毒性，包括相關(guān)聯(lián)的基因的高表達(dá)NKG7乔询，GZMA樟插，GZMB，GZMH和GNLY竿刁，而CD4+ effector-GZMK 簇顯示出的高表達(dá)GZMK基因（圖4b和補(bǔ)充圖4a黄锤，b）。此外食拜，CD4+ effector-GNLY細(xì)胞表現(xiàn)出高表達(dá)的TBX21鸵熟，表明它們是1型輔助性T（T H1）樣細(xì)胞（補(bǔ)充圖4c）。相反监婶，CD4+ effector-GZMK和effector memory CD4+ T cell具有高表達(dá)GATA3的2型輔助T（T H 2）細(xì)胞樣特征（補(bǔ)充圖4c）旅赢。
CD8 + T細(xì)胞簇的三個(gè)亞型
CD8+ (CD8+ naive) T cell subset (CCR7+SELL+)
and two effector CD8+ T cell subsets (CD8+ effector-GZMK and CD8+ effector-GNLY)，它們都具有高表達(dá)的GZMA和NKG7惑惶。
CD8+ effector-GZMK獨(dú)特表達(dá)GZMK煮盼，而CD8+ effector-GNLY顯示出相對(duì)高的表達(dá)水平GZMB / H和GNLY（圖4B和補(bǔ)充圖4A，B）带污。
NKT細(xì)胞簇的三個(gè)亞型被定義為
NKT (NKT naive) cells (CCR7+SELL+), CD56+ NKT (NKT CD56)僵控，CD160+ NKT (NKT CD160)
（圖4a，b）**鱼冀。
為了深入了解T細(xì)胞亞群中的特征报破，作者評(píng)估了每個(gè)簇在四個(gè)條件下的分布（圖4c和補(bǔ)充圖4d，e）千绪。值得注意的是充易，與HD相比，COVID-19患者的effector T cells （CD4+ naive, CD4+ memory, CD4+ effector memory, Treg, CD8+naive and NKT naive subsets）的比例下降（圖圖4c和補(bǔ)充圖4D）荸型。即使在轉(zhuǎn)化條件下盹靴，CD4+ naive, CD8+ naive and Treg 的比例簇沒有恢復(fù)到HD的水平（圖4c和補(bǔ)充圖4d）。相反瑞妇，COVID-19患者的CD4+ effector-GNLY, CD8+ effector-GNLY, NKT CD56 and NKT CD160子集的活躍狀態(tài)T細(xì)胞子集的比例增加稿静，這些細(xì)胞毒性子集甚至以高比例存在在conv患者中（圖4c）。特別要注意的是辕狰，HDs中幾乎不存在CD4+ effector-GNLY 亞群改备，但在中度，重度和轉(zhuǎn)化性患者中高度豐富蔓倍。此外悬钳，與中度患者相比，重度患者的NKT CD160亞群的豐度顯著降低偶翅。
然后他去，作者評(píng)估了在四種情況下不同效應(yīng)子狀態(tài)T細(xì)胞亞群的細(xì)胞毒性和衰竭評(píng)分（圖4d和補(bǔ)充圖4f）。CD4+ effector-GNLY, CD8+ effector-GNLY, NKT CD56 and NKT CD160子集顯示出比其他子集更高的細(xì)胞毒性評(píng)分倒堕。在這些高度細(xì)胞毒性的簇中灾测，HDs的細(xì)胞毒性評(píng)分最低，而中度狀態(tài)則顯示最高的細(xì)胞毒性狀態(tài)垦巴，但CD4+ effector-GNLY亞群除外（圖4d媳搪，e和補(bǔ)充圖4f）。同時(shí)骤宣，CD4+ effector-GZMK, CD8+ effector-GZMK and NKT CD160 亞群顯示出比其他亞組更高的疲勞評(píng)分秦爆。在這些精疲力竭的亞組中，HDs的精疲力竭評(píng)分最低憔披，而重癥患者表現(xiàn)為最精疲力竭狀態(tài)（圖4d等限，e和補(bǔ)充圖4f）爸吮，這與先前檢查重癥患者CD8 + T細(xì)胞的功能研究一致并發(fā)現(xiàn)疲憊不堪的狀態(tài)和功能受損23。
為了進(jìn)一步研究SARS-CoV-2感染后T細(xì)胞中差異轉(zhuǎn)錄組的變化望门，作者比較了中度或重度之間的效應(yīng)T細(xì)胞（排除CD4+ naive, CD4+ memory, CD8+ naive and NKT naive）的表達(dá)譜形娇。HD條件。作者觀察到筹误，在COVID-19患者中上調(diào)的DEG參與了以下過程桐早，包括IFN反應(yīng)，細(xì)胞因子產(chǎn)生厨剪，細(xì)胞殺傷哄酝，白細(xì)胞-細(xì)胞粘附和細(xì)胞骨架組織（圖4f，g和補(bǔ)充圖4i）祷膳。此外陶衅，使用凋亡和遷移評(píng)分系統(tǒng)，作者觀察到嚴(yán)重患者的T細(xì)胞可能經(jīng)歷了遷移和凋亡（圖4h直晨，i和補(bǔ)充圖4g万哪，h）。在重癥患者的PBMC中的細(xì)胞死亡和遷移途徑的活化顯著表明抡秆，細(xì)胞死亡和淋巴細(xì)胞遷移可以與淋巴細(xì)胞減少奕巍，在患者中觀察到嚴(yán)重COVID-19的常見現(xiàn)象（參考文獻(xiàn)相關(guān)聯(lián)18，19儒士，24）的止。
5.COVID-19患者T細(xì)胞的克隆擴(kuò)增和V（D）J基因的優(yōu)選用法
接下來，為了深入了解各個(gè)T細(xì)胞之間的克隆關(guān)系以及在四個(gè)條件下V（D）J基因的使用着撩，作者從TCR測(cè)序中重建了TCR序列（補(bǔ)充表2）诅福。簡而言之，除了三個(gè)NKT子集外拖叙，所有子集中具有匹配的TCR信息的細(xì)胞超過70％（圖5a氓润，b）。首先薯鳍，與HDs相比咖气，COVID-19患者和恢復(fù)期患者的克隆擴(kuò)增明顯（圖[5c–e](https://www.nature.com/articles/s41590-020-0762-x#Fig5）。在中度和慢性條件下的克隆擴(kuò)增程度高于嚴(yán)重條件下的克隆擴(kuò)增程度挖滤。同時(shí)崩溪，在嚴(yán)重的情況下，沒有大的克隆擴(kuò)增（克隆大小> 100）（圖5e）斩松，表明嚴(yán)重的患者可能缺乏效應(yīng)T細(xì)胞的有效克隆擴(kuò)增伶唯。作者觀察到T細(xì)胞亞群之間不同程度的克隆擴(kuò)增（圖5c，d）惧盹。效應(yīng)T細(xì)胞亞群CD4 +效應(yīng)子GNLY乳幸，CD8 +效應(yīng)子GZMK和CD8 +效應(yīng)子GNLY表明克隆細(xì)胞（圖的高比例5a中瞪讼，d和補(bǔ)充圖5A）和包含簇間克隆細(xì)胞的高比例（圖5f），提示效應(yīng)子T細(xì)胞經(jīng)歷了動(dòng)態(tài)狀態(tài)轉(zhuǎn)變（圖5a粹断，f）符欠。
圖5：擴(kuò)展的TCR克隆和V（D）J基因的選擇性使用。
源數(shù)據(jù)
為了研究COVID-19和HD患者中TCR的動(dòng)力學(xué)和基因偏好姿染，作者比較了四種情況下V（D）J基因的使用情況（圖5g–i和補(bǔ)充圖5b）背亥。在四個(gè)條件下秒际，前10個(gè)互補(bǔ)決定區(qū)3（CDR3）序列不同（圖5h）悬赏。中度和轉(zhuǎn)化條件共享一些CDR3序列，因?yàn)閬碜赃@些條件的四個(gè)樣本已配對(duì)娄徊。與其他三個(gè)條件相比闽颇，HD條件下前10個(gè)CDR3序列的使用百分比更低且更均衡。值得注意的是寄锐，作者發(fā)現(xiàn)在COVID-19患者中V（D）J基因的不同用法具有降低的多樣性兵多，這在TRA基因中更為明顯（圖5i）。作者還確定了重度患者與中度和慢性患者相比TRAJ39和TRAJ43的過度表達(dá)（圖5g）橄仆。重癥患者首選的TRBJ基因是TRBJ1-1剩膘，而中度和轉(zhuǎn)化性患者首選TRBJ2-1（圖5i）。**V（D）J基因的選擇性使用表明不同的免疫優(yōu)勢(shì)表位可能驅(qū)動(dòng)T細(xì)胞反應(yīng)的分子組成盆顾，并且可能與SARS-CoV-2特異性感染相關(guān)怠褐。
6. COVID-19患者B細(xì)胞亞群的特征
為了追蹤不同B細(xì)胞亞型的動(dòng)態(tài)變化，作者根據(jù)規(guī)范B細(xì)胞標(biāo)志物的表達(dá)和分布將B細(xì)胞分為六個(gè)子集（圖6a您宪，b和補(bǔ)充圖6a）奈懒。
naive B subset (MS4A1+IGHD+),
memory B subset (MS4A1+CD27+),
intermediate transition memory B subset (intermediate memory B; IGHD+CD27+),
germinal center B subset (MS4A1+NEIL1+) and two plasma subsets, plasma B (MZB1+CD38+) and dividing plasma B (MZB1+CD38+MKI67+).
圖6：B細(xì)胞亞群的免疫學(xué)特征。
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值得注意的是宪巨，與HD相比磷杏，COVID-19患者的活動(dòng)狀態(tài)B子集（germinal center B, plasma B and dividing plasma B subsets）的比例增加。相反捏卓，與HD患者相比极祸，COVID-19患者的memory B cells比例下降（圖6c-e）。
為了進(jìn)一步研究SARS-CoV-2感染后B細(xì)胞的差異轉(zhuǎn)錄組變化怠晴，作者比較了中度或重度條件下HD的B/plasma cells的表達(dá)譜贿肩。在COVID-19患者中最豐富的DEG參與了與IFN反應(yīng)相關(guān)的基因（圖6f，g和補(bǔ)充圖6c）龄寞。此外汰规，重癥患者中的DEG與蛋白質(zhì)合成，成熟和運(yùn)輸相關(guān)的生物學(xué)過程有關(guān)（補(bǔ)充圖6b）物邑。這些結(jié)果揭示了COVID-19患者B細(xì)胞亞群的轉(zhuǎn)錄組特征溜哮。
7. 重癥患者的B細(xì)胞擴(kuò)增和V（D）J基因的特異性重排
作者還從BCR測(cè)序中重建了BCR序列（補(bǔ)充表3）滔金，并分析了BCR克隆擴(kuò)增的狀態(tài)。簡而言之茂嗓，每個(gè)簇中BCR的檢出率均超過75％（圖7a餐茵，b）。作者發(fā)現(xiàn)來自重癥患者的B細(xì)胞顯示出比其他三種情況明顯的克隆擴(kuò)增（圖7c和補(bǔ)充圖6d）述吸，這表明重癥患者的B細(xì)胞活性和體液免疫反應(yīng)被強(qiáng)烈激活忿族，這讓人想起先前的觀察較高的抗體滴度與更差的臨床結(jié)果相關(guān)聯(lián)25，26蝌矛，27道批。這引起了這樣一種擔(dān)憂，即病原體導(dǎo)向的抗體可以促進(jìn)疾病病理入撒，導(dǎo)致抗體依賴性增強(qiáng)隆豹，類似于SARS 28中觀察到的增強(qiáng)。
圖7：擴(kuò)展的BCR克隆和V（D）J基因的選擇性使用
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接下來茅逮，作者分別評(píng)估了中度璃赡，重度和轉(zhuǎn)化條件下每位患者中IgA，IgD献雅，IgG和IgM的分布（未檢測(cè)到IgE）碉考。在大多數(shù)患者中，IgM是主要的免疫球蛋白（圖7d挺身，e）侯谁。**與HD相比，COVID-19患者的IgG含量增加瞒渠，而IgM降低良蒸。在恢復(fù)期患者中，IgG和IgM的水平恢復(fù)到與HDs相似的水平伍玖。
為了研究BCR的偏向V（D）J重排嫩痰，作者比較了四種條件下V（D）J基因的使用情況（圖7f，g和補(bǔ)充圖6e）窍箍。與其他三種情況相比串纺，作者發(fā)現(xiàn)在重癥患者中使用了更多的特定V（D）J，這表明重癥患者的B細(xì)胞可能經(jīng)歷了獨(dú)特而特定的V（D）J重排（圖7g）椰棘。作者還發(fā)現(xiàn)IHDJ4在所有HD和患者中得到了綜合利用（圖7f）纺棺，但與其他三種情況下的患者相比，重癥患者中IGHJ4的IGHV配對(duì)IGHV基因卻有所不同（圖7g）邪狞。作者觀察到IGHV3-7的過度表達(dá)在嚴(yán)重患者中（圖7f）祷蝌。此外，重癥患者中前兩個(gè)配對(duì)的VJ頻率為IGHV3-7 / IGHJ4和IGKV3-15 / IGKJ3（圖7g）帆卓。總體而言巨朦，嚴(yán)重患者的B細(xì)胞克隆性增加以及IGHV和IGKJ基因的偏斜使用表明SARS-CoV-2感染與宿主B細(xì)胞中的V（D）J重排有關(guān)米丘。值得注意的是，在重癥患者中選擇性使用顯性IGV基因糊啡，尤其是IGHV3-7和IGKV3-15拄查，可能有助于疫苗的設(shè)計(jì)。
