"R實戰(zhàn)"專題·第1篇
編輯 | 科白君
本期推送內(nèi)容
R語言程序包的安裝與使用問題最楷。編寫一份完整代碼時需要用到很多不同的函數(shù)踏拜，這意味著需要各種各樣的程序包豆励。目前拳芙，R語言含有1萬多個程序包甚至更多。盡管常用的R包可能只有幾百或上千個埂息，但很多時候初學(xué)者在學(xué)習(xí)時常遇到安裝R程序包的報錯問題技潘。之前，我在安裝export包及其更新時遇到了各種坑耿芹，嘗試了很多種辦法才解決崭篡。這里挪哄，我總結(jié)了以下幾種被廣泛嘗試的安裝方法吧秕，希望對大家有所幫助。
以下是原文鏈接迹炼，想學(xué)習(xí)R語言的朋友可以持續(xù)關(guān)注微信公眾號：科白君的土壤世界
01 R語言程序包的簡介
R語言程序包是函數(shù)砸彬、數(shù)據(jù)、代碼的一個集合斯入。R包中主要包含函數(shù)的含義及用法砂碉，還包括數(shù)據(jù)集和代碼示例等。只有將R包載入R平臺后刻两，其R包里的函數(shù)才能被識別或讀取增蹭。加載后，使用者可以查詢到該R包的所有信息磅摹，有助于編譯代碼滋迈。
02 R語言程序包的主要來源
目前，R包主要來源于三個平臺户誓。
1)CRAN存儲了R最新版本的代碼和文檔的服務(wù)器?(https://cran.r-project.org/)饼灿。
2) 生物信息學(xué)領(lǐng)域的Bioconductor平臺，它提供的R包主要為基因組數(shù)據(jù)分析和注釋工具(https://bioconductor.org/)帝美。
3) 面向開源及私有軟件的第三方平臺--Github碍彭。R包的作者更愿意將其存儲在該平臺，因此很多時候需要在上面下載(https://github.com/)悼潭。
03 檢查可用的R語言程序包
1）我們先查詢當(dāng)前R包的存儲庫位置庇忌，可以通過?.libPaths ( )?函數(shù)完成。
.libPaths () #點.需要注意容易遺漏
得到結(jié)果：電腦本身的R位置和本地位置舰褪，兩條路徑漆枚。
2）獲取所有已經(jīng)安裝的R包列表，利用?library ( )?函數(shù)完成抵知。
library ()
結(jié)果如圖：該路徑下所有R包的列表墙基。
04 R語言程序包的安裝方法
1)?CRAN平臺
我們使用?install.packages("package name")直接從CRAN安裝软族。
install.packages ("vegan")
# 如果要下載多個包
可以用 c ( ) 來實現(xiàn)install.packages (c ("package 1", "package 2", "package 3",···) )?
或手動安裝，先從https://cran.r-project.org/web/packages下載所需的R包残制。把該R包保存著適當(dāng)?shù)谋镜匚恢昧⒃遥缓笤儆么a加載安裝。
install.packages (file_name_with_path, repos = NULL, type = "source")# 例子
install.packages ("C:\Users\ThinkPad\Desktop\vegan_2.5-7.zip", repos = NULL, type = "source")
再或者用以下辦法完成安裝tar.gz/zip格式的程序包初茶。
2)?Bioconductor平臺
與CRAN安裝相似颗祝，先?source ("https://bioconductor.org/biocLite.R")?鏈接到Bioconductor，然后?biocLite ("package name")進行安裝恼布。如果下載過慢螺戳，用chooseBioCmirror ( )?更改鏡像。如果?source?失效折汞，則根據(jù)網(wǎng)站里的介紹選擇BioManager : : install ( )?安裝倔幼。
#如果source無效，則看https://bioconductor.org/installsource("https://bioconductor.org/biocLite.R")
#然后用biocLite("package name")
#以下是https://bioconductor.org/install 的一種方法if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))
install.packages("BiocManager")BiocManager::install(version="3.10")#這是基于3.6R版本爽待，如果是4.0R版本則使用version="3.12"chooseBioCmirror()#修改下載鏡像
BiocManager::install("ggtreeExtra")
再或者用以下途徑完成BioManager安裝:
install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ggtreeExtra")
#指定版本安裝
BiocManager::install("ggtreeExtra",version="4.0")
3)?Github平臺
需要devtools包或remotes包進行下載损同。先安裝Rtools軟件，然后安裝devtools或remotes鸟款，然后用?devtools / remotes : : install_github安裝膏燃，需記住作者和程序包的名字。例如YuLab-SMU / ggtreeExtra何什，通常由包的原作者自己取的组哩，各式各樣的名稱都有。
#使用install_github()前需要預(yù)裝rJava处渣、devtools/remotes包#其中windowsJava環(huán)境需要配置伶贰，基本思路是：#先下載安裝jdk，然后添加jdk路徑到新建的系統(tǒng)變量#具體操作流程可以學(xué)習(xí)https://blog.csdn.net/weixin_45915507/article/details/105786961#devtools包
install.packages("devtools")library(c("rJava","devtools"))install_github("YuLab-SMU/ggtreeExtra")
#或者
if(!requireNamespace("devtools",quietly=TRUE)){
install.packages("devtools")
}
devtools::install_github("YuLab-SMU/ggtreeExtra")
#remotes包
install.packages("remotes")
library("remotes")
install_github("YuLab-SMU/ggtreeExtra")
#或者
if(!requireNamespace("remotes",quietly=TRUE)){
install.packages("remotes")
}
remotes::install_github("YuLab-SMU/ggtreeExtra")
此外霍比，有作者開發(fā)了?githubinstall 包幕袱，與CRAN的安裝方式一致，但注意使用前先安裝Rtools軟件悠瞬。安裝時我們僅需輸入包的名稱们豌，即可完成下載。
install.packages("githubinstall")
library("githubinstall")
githubinstall("ggtreeExtra")
05 R語言程序包的使用方法
1) 加載R包的方法：library ("package name")?和require ("package name")?函數(shù)浅妆。此外望迎，最近有新的方法可以一次性載入多個R包。先install.packages ("pacman")凌外，然后library ("pacman")辩尊，用該R包中的一個函數(shù)--p_load ( )?函數(shù)完成。即使你所安裝的R包與當(dāng)前R環(huán)境不匹配(package is not avaliable for the R version) 康辑，該函數(shù)仍能夠?qū)ζ浒惭b摄欲。對于pacman包中大部分函數(shù)轿亮，不需要對括號內(nèi)packages使用引號" "。
#正常加載程序包的方法
library()
require()
#一次性加載多個程序包的方法
if(!require("pacman"))install.packages("pacman")
library("pkg1"); library("pkg2")? # library (R包名)?用胸墙；?然后記得放在同一行要不然會報錯
library（c("pkg1","pkg2"...)）?
#下載pacman包
library("pacman")
#library加載pacman包
p_load(ggplot2,ggthemes,dplyr,readr,showtext,export) #p_load需要pacman包才能運行
2) 查看R包的方法：①查看默認(rèn)加載的R包我注，getOption("defaultPackages")?函數(shù)；②查看已加載的R包迟隅，(.packages())?或者?search ( )函數(shù)但骨；③查看所有已安裝的R包，(.packages(all.available = T))智袭、installed.packages()奔缠、library()?函數(shù)。
#查看默認(rèn)加載的R包
getOption("defaultPackages")
#查看已加載的R包
(.packages())
#查看所有已安裝的R包
(.packages(all.available=T))
installed.packages()
library()
3) 卸除或者卸載R包的方法：①卸除R包吼野，非卸載校哎，detach("package:ggplot2")?函數(shù)；②卸載一個或者多個包箫锤，remove. packages(c("package1","package2") ..., lib = file.path("path_to_library"))?函數(shù)贬蛙。
# 注意是卸除雨女，而非卸載谚攒，意味著把包從R運行環(huán)境中徹底去除，只是不希望該包被加載使用氛堕。在使用包的同名函數(shù)發(fā)生沖突時馏臭，可以檢驗函數(shù)依賴性。library ("ggplot2") detach ("package:ggplot2") / require ("ggplot2") pkg <- "package:ggplot2"
# "package1","package1"表示包名讼稚，即可以一次性卸載多個包括儒。remove. packages (c ("package1", "package2"), lib = file.path ("path_to_library") )# "path_to_library"表示存儲R包的library路徑，通常情況下只輸一個路徑即可锐想。使用命令.libPaths ( )可以查看庫路徑帮寻。
# 例子 remove.packages (c ("zoom"), lib = file.path ("C:/Program Files/R/R-3.6.1/library") )
4) 咨詢函數(shù)和R包幫助的方法：①help("package name")?函數(shù)，如?help ("ggplot2")赠摇，再或者??ggplot2?來查看ggplot2包的幫助（引號可以省略）；②example ("ggplot2")?可以查看ggplot2包里的示例；③data ( )?列出當(dāng)前已經(jīng)加載包中所含的所有可用示例的數(shù)據(jù)集褐墅。
# 利用幫助代碼查詢所需要的R包
help ("ggplot2")
# 或者
?ggplot2
# 查看R包里的示例
example ("package name")?
# 列出已加載R包中的所有可用示例的數(shù)據(jù)集
data ( )?
Tips：
1) 使用R包的時候樱调，常常看到成功下載了R包后洽故，我們可以利用R包與函數(shù)名的聯(lián)用代碼贝攒，主要是這個符號" : : "。For exam.时甚，用?devtools : : install_github ( )隘弊。符號: : 表示符號前是R包哈踱，以及符號后為該R包中的函數(shù)，這更加明確了代碼梨熙，即某R包下某函數(shù)的運行嚣鄙。或者，我們也可以把代碼分開運行串结。下載完R包后哑子，用 library ( ) 先載入所需R包，然后再直接用函數(shù)運行肌割。
2) 卸除R包的代碼可熟記卧蜓，隨著你R語言知識掌握的越來越多，代碼越來越多把敞，函數(shù)越來越多弥奸，同名函數(shù)也會隨之出現(xiàn)，?detach ("package:pkg name")?函數(shù)能幫你奋早。
3) 通常一些函數(shù)名中自帶點 (.)盛霎，這個要注意，非常容易遺漏耽装。網(wǎng)上有些代碼在完成后愤炸，可能沒有檢查，不小心遺漏了 . 掉奄，導(dǎo)致很多初學(xué)者一臉懵逼规个，走了很多彎路，浪費了很多時間姓建。因此诞仓，希望這份推文能夠幫助大家少走彎路吧。
4)?記得用help ()速兔，記得help ()墅拭，記得help ()，不懂的一定要學(xué)會用help ( )涣狗。該函數(shù)的功能非常強大谍婉，它如同你學(xué)習(xí)過程中的老師，只要你看的懂英文屑柔，就能把R語言學(xué)好屡萤。
目前，根據(jù)自己所學(xué)的知識以及網(wǎng)上找到的素材掸宛，不能說涵蓋了所有死陆，但足夠初學(xué)者學(xué)習(xí)和使用~ 至于新的知識，需要大家在學(xué)習(xí)時留心喲~
想繼續(xù)學(xué)習(xí)R語言的朋友可以關(guān)注微信公眾號 ：科白君的土壤世界
