前言
今天說(shuō)一下如何“上位”～
1.大神橙子牛奶糖已經(jīng)寫(xiě)得很清楚了魄梯，不多寫(xiě)：
https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/13813946.html
2.唯一真的要說(shuō)的就是這個(gè)“二分類(lèi)表型文件phenocc.txt”
只要看過(guò)GWAS分析-說(shuō)人話（2）認(rèn)識(shí)文件名，應(yīng)該也問(wèn)題不大
（http://www.reibang.com/p/343ad060cc99）
就找到對(duì)應(yīng)的列藐石，復(fù)制黏貼到1個(gè)3列的txt文件處就行（Excel也能做递览，后面保存成txt就行）执虹，
想著都要用linux處理的話捕透，就想多了。
3.如果不想做全基因組范圍的撑瞧，
?利用--extract snps.txt 準(zhǔn)備基因型文件即可棵譬。
（本小結(jié)文件格式可以是ped/map或者bed/bim/fam，大神的格式為ped/map预伺，用的是--file）订咸，
如使用bed/bim/fam，注意文件是用-bfile 即可
plink --noweb --bfile SNPs --pheno phenocc.txt --epistasis --epi1 1 --out test
后記：
Plink還是挺“銀杏”的～
點(diǎn)贊超過(guò)100的話才寫(xiě)epistasis的理論東西吧～
