繪制大型細(xì)胞圖譜,推動(dòng)人體機(jī)制功能研究

??細(xì)胞是生命活動(dòng)的基本單位硅则。細(xì)胞的特殊性決定了個(gè)體的特殊性淹父,因此,對(duì)細(xì)胞的深入研究是揭開生命奧秘怎虫、改造生命和征服疾病的關(guān)鍵所在暑认。細(xì)胞生物學(xué)已經(jīng)成為當(dāng)代生物科學(xué)中發(fā)展最快的一門尖端學(xué)科。
??單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)的出現(xiàn)為深入“閱讀”細(xì)胞帶來了前所未有的機(jī)會(huì)揪垄。2009年穷吮,北京大學(xué)生科院湯富酬教授在博士后期間即發(fā)表了世界上第一篇單細(xì)胞mRNA測(cè)序的文章,實(shí)現(xiàn)了“從0到1”的跨越饥努。這次重要的嘗試開啟了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的時(shí)代捡鱼。
??單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)是指在單個(gè)細(xì)胞水平上,對(duì)基因組酷愧、轉(zhuǎn)錄組驾诈、表觀組進(jìn)行高通量測(cè)序分析的一項(xiàng)新技術(shù)。它能夠揭示單個(gè)細(xì)胞的基因結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)狀態(tài)溶浴,反映細(xì)胞間的異質(zhì)性乍迄,在腫瘤、發(fā)育生物學(xué)士败、微生物學(xué)闯两、神經(jīng)科學(xué)等領(lǐng)域發(fā)揮重要作用,正成為生命科學(xué)研究的焦點(diǎn)谅将。2013年單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)被Nature Methods評(píng)為年度技術(shù)漾狼。同年,《科學(xué)》雜志(Science)將單細(xì)胞測(cè)序列為年度最值得關(guān)注的六大領(lǐng)域榜首饥臂,認(rèn)為該技術(shù)將改變生物界和醫(yī)學(xué)界的許多領(lǐng)域逊躁。由于單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)廣闊的應(yīng)用前景,2015年單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)再度登上Science 轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)封面隅熙。
??繪制同一個(gè)器官的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和單細(xì)胞表觀調(diào)控組圖譜可以為器官結(jié)構(gòu)和功能認(rèn)識(shí)稽煤、人類疾病機(jī)制探究和臨床前藥物研發(fā)提供更加全面的信息核芽。目前針對(duì)人體及其他模式動(dòng)物的圖譜研究正火熱的進(jìn)行中,其中有代表性的圖譜計(jì)劃有人類細(xì)胞圖譜計(jì)劃(The Human Cell Atlas酵熙,HCA)轧简、小鼠細(xì)胞圖譜計(jì)劃(The Mouse Cell Atlas,MCA)匾二、非人靈長類細(xì)胞圖譜研究計(jì)劃(Non-Human Primate Cell Altas吉懊,NHPCA)等。

1 人類細(xì)胞圖譜計(jì)劃

??人類細(xì)胞圖譜計(jì)劃(The Human Cell Atlas)是一項(xiàng)與“人類基因組計(jì)劃”相媲美的大型國際合作項(xiàng)目:根據(jù)獨(dú)特的分子信息(如基因表達(dá))對(duì)所有人類細(xì)胞種類進(jìn)行定義假勿,并將這些信息與傳統(tǒng)的細(xì)胞學(xué)表述(如位置和形態(tài))相關(guān)聯(lián)借嗽。
??2017年10月,美國麻省理工學(xué)院-哈佛大學(xué)博德研究所的計(jì)算生物學(xué)家Aviv Regev转培、英國威康信托桑格研究所細(xì)胞遺傳學(xué)負(fù)責(zé)人Sarah A. Teichmann在論文預(yù)印本平臺(tái)bioRxiv發(fā)表了一篇文章恶导,文章標(biāo)題即為“The Human Cell Atlas”,系統(tǒng)論述了HCA的意義浸须、目標(biāo)惨寿、任務(wù)和實(shí)施路徑,標(biāo)志著這項(xiàng)具有重大意義的大規(guī)模人類細(xì)胞圖譜計(jì)劃啟動(dòng)删窒。

人類圖譜計(jì)劃發(fā)起者Aviv Regev教授

??長遠(yuǎn)來說裂垦,人類細(xì)胞圖譜計(jì)劃旨在描述人體中每個(gè)細(xì)胞(約37萬億個(gè))的詳細(xì)特征,呈現(xiàn)不同類型細(xì)胞在人體組織的3D結(jié)構(gòu)肌索,勾勒所有人體系統(tǒng)的相互聯(lián)系蕉拢,揭示圖譜變化與健康和疾病的關(guān)系。人類細(xì)胞圖譜計(jì)劃將徹底改善人們對(duì)疾病的理解诚亚、診斷和治療晕换。截至目前(2022.7),人類細(xì)胞圖譜計(jì)劃已經(jīng)收錄了來自261個(gè)項(xiàng)目的26,300,000個(gè)單細(xì)胞的測(cè)序數(shù)據(jù)站宗,并在持續(xù)更新中(https://data.humancellatlas.org/)闸准。

人類細(xì)胞圖譜計(jì)劃(Human Cell Atlas)

1.1人類細(xì)胞圖譜計(jì)劃新成果

??2022年5月13日,國際頂級(jí)學(xué)術(shù)雜志《Science》四篇重磅論文同時(shí)上線梢灭,報(bào)告了人類細(xì)胞圖譜計(jì)劃(Human Cell Atlas)取得的里程碑結(jié)果夷家,創(chuàng)建出了迄今為止最為全面的泛組織人體單細(xì)胞圖譜。
?? - 迄今為止最為全面的泛組織人體單細(xì)胞圖譜:涉及33種人體組織敏释、超過100萬個(gè)細(xì)胞库快,涵蓋500多種細(xì)胞類型。
?? - 整合了人體多個(gè)器官組織的細(xì)胞圖譜颂暇,采用系統(tǒng)性的細(xì)胞命名方式缺谴,可以比較特定細(xì)胞類型在不同組織的分布但惶,以及組織特異性的基因表達(dá)耳鸯,揭示新的細(xì)胞功能湿蛔。
?? - 將為理解常見疾病和罕見疾病、疫苗開發(fā)县爬、抗腫瘤免疫和再生醫(yī)學(xué)等事關(guān)全人類健康的重要議題提供洞見阳啥。
?? - Tabula Sapiens細(xì)胞圖譜是包括來自同一人類供者的多種組織的最大圖譜,也是第一個(gè)包括組織的組織學(xué)圖像的圖譜财喳,并納入了生活在組成腸道不同區(qū)室的人類細(xì)胞周圍的微生物群落的細(xì)節(jié)察迟。

人類細(xì)胞圖譜(Human Cell Atlas)里程碑結(jié)果,4文齊發(fā)

1.2 人類胃癌細(xì)胞圖譜

??據(jù)世界衛(wèi)生組織國際癌癥研究署(WHO IARC)發(fā)布的2020年最新全球癌癥負(fù)擔(dān)數(shù)據(jù)顯示耳高,胃癌是目前全世界發(fā)病人數(shù)第五扎瓶、死亡人數(shù)第四的癌癥類型。來自杜克-新加坡國立大學(xué)醫(yī)學(xué)院和新加坡科學(xué)技術(shù)局基因組研究所等機(jī)構(gòu)的研究人員在 Cancer Discovery 期刊發(fā)表了題為:Single-cell atlas of lineage states, tumor microenvironment and subtypespecific expression programs in gastric cancer 的研究論文泌枪。
??該研究組裝了迄今世界上最大概荷、分辨率最高的胃癌單細(xì)胞圖譜(超過20萬個(gè)細(xì)胞),該圖譜在單細(xì)胞水平上提供了關(guān)于胃癌如何進(jìn)展碌燕,以及不同胃癌患者的腫瘤如何彼此不同的新見解误证。這些研究結(jié)果還確定了驅(qū)動(dòng)胃癌生長和擴(kuò)散到其他器官的分子途徑,為更好地治療胃癌奠定了基礎(chǔ)修壕。
??- 31名處于不同階段的胃癌患者愈捅,共采集到46個(gè)腫瘤樣本;
??- 發(fā)現(xiàn)了34種不同的細(xì)胞類型慈鸠,其中一些以前在胃腫瘤中未被檢測(cè)到蓝谨;
??- 不同胃癌患者的腫瘤顯示出不同的細(xì)胞組成情況;


人類胃癌細(xì)胞圖譜

2 非人靈長類細(xì)胞圖譜研究

??非人靈長類動(dòng)物(non-human primate)在遺傳青团、器官結(jié)構(gòu)像棘、生理功能、病理反應(yīng)和生化代謝等諸多方面表現(xiàn)出與人類相似的特征壶冒,是生物醫(yī)學(xué)研究和藥物研發(fā)的理想動(dòng)物模型缕题,具有重要的研究?jī)r(jià)值。其中胖腾,食蟹猴(Macaca fascicularis)作為生物醫(yī)學(xué)研究中常用的一種非人靈長類動(dòng)物模型烟零,和人的基因相似度高達(dá)93%,廣泛用于包括當(dāng)下新冠疫情在內(nèi)的臨床前藥理咸作、毒理研究中锨阿。因此,系統(tǒng)評(píng)估食蟹猴等非人靈長類動(dòng)物模型與人類的細(xì)胞組成差異记罚、器官異質(zhì)性和基因表達(dá)時(shí)空特異性墅诡,將為深入理解與人類生命活動(dòng)相關(guān)的生理功能、藥物反應(yīng)桐智、疾病防治等提供重要理論依據(jù)末早。


非人靈長類細(xì)胞圖譜(https://db.cngb.org/nhpca/)

2.1 華大食蟹猴圖譜項(xiàng)目

??論文題目“Cell transcriptomic atlas of the non-human primate Macaca fascicularis”烟馅,2022年2月23日發(fā)表于國際頂級(jí)學(xué)術(shù)期刊《Nature》。
??該研究由深圳華大生命科學(xué)研究院聯(lián)合北京華大生命科學(xué)研究院然磷、深圳國家基因庫郑趁、吉林大學(xué)、中國科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院姿搜、華南理工大學(xué)寡润、瑞典卡羅林斯卡醫(yī)學(xué)院、英國劍橋大學(xué)舅柜、西班牙ICREA研究所梭纹、新加坡ASTAR等來自6個(gè)國家的35個(gè)科研團(tuán)隊(duì)共同參與完成。
??深圳華大生命科學(xué)研究院聯(lián)合國家基因庫共同搭建的非人靈長類動(dòng)物百萬單細(xì)胞交互式資源網(wǎng)站——非人靈長類動(dòng)物全細(xì)胞圖譜數(shù)據(jù)庫(NHPCA)于國家基因庫生命大數(shù)據(jù)平臺(tái)(CNGBdb)同期上線致份,旨在為生物醫(yī)學(xué)發(fā)展提供一個(gè)全面栗柒、便捷基于單細(xì)胞水平的非人靈長類多組學(xué)數(shù)據(jù)可視化資源庫,助力人類疾病研究知举。
??研究團(tuán)隊(duì)最終基于華大自主研發(fā)的單細(xì)胞建庫和測(cè)序平臺(tái)瞬沦,對(duì)成年獼猴的45個(gè)器官的約114萬個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了單細(xì)胞測(cè)序分析。將其分成了113種主要的細(xì)胞類型和463種細(xì)胞亞類雇锡。


成年食蟹猴細(xì)胞圖譜

2.2 南大食蟹猴圖譜項(xiàng)目

??2022年7月13日逛钻,南京大學(xué)陳迪俊團(tuán)隊(duì)、孫洋團(tuán)隊(duì)聯(lián)合浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬兒童醫(yī)院謝詒誠團(tuán)隊(duì)在Nature Communications在線發(fā)表題為“A reference single-cell regulomic and transcriptomic map of cynomolgus monkeys”的研究論文锰提,該研究利用單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)繪制了非人靈長類動(dòng)物食蟹猴(Macaca fascicularis)主要器官的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和調(diào)控組參考圖譜曙痘。
??研究者對(duì)食蟹猴的16個(gè)器官(心、肝立肘、脾边坤、肺、腎谅年、胃茧痒、結(jié)腸、肌肉融蹂、氣管旺订、主動(dòng)脈、脂肪超燃、膀胱区拳、舌頭、乳腺意乓、子宮和睪丸)的數(shù)據(jù)進(jìn)行了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序(scRNA-seq)和單細(xì)胞染色質(zhì)開放性測(cè)序(scATAC-seq)樱调,以構(gòu)建食蟹猴多器官的單細(xì)胞多組學(xué)參考圖譜,將約25萬個(gè)細(xì)胞進(jìn)行無監(jiān)督聚類分析得到40余種不同的細(xì)胞亞群,涉及17種不同的主要細(xì)胞類型笆凌。


食蟹猴細(xì)胞圖譜

??研究者還進(jìn)行了跨物種比較分析圣猎,通過整合分析器官匹配的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),探討了人菩颖、食蟹猴和小鼠三個(gè)物種之間的細(xì)胞組成和基因表達(dá)特異性。研究發(fā)現(xiàn)食蟹猴和人都具有豐富的免疫細(xì)胞和上皮細(xì)胞類型为障,并且在對(duì)應(yīng)的器官中具有極高的細(xì)胞組成和細(xì)胞互作相似性晦闰,以及基因表達(dá)模式相關(guān)性。這些結(jié)果提示食蟹猴是研究復(fù)雜疾病的理想模型鳍怨,相關(guān)結(jié)果可為科學(xué)家選擇合適的動(dòng)物模型提供指導(dǎo)依據(jù)呻右。


跨物種細(xì)胞組成分析

跨物種細(xì)胞互作分析

??在該研究的修稿過程中,由深圳華大生命科學(xué)研究院主導(dǎo)的食蟹猴全身多器官單細(xì)胞圖譜在Nature上發(fā)表(論文題目“Cell transcriptomic atlas of the non-human primate Macaca fascicularis”)鞋喇。雖然這兩項(xiàng)研究在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)上具有極高的相似性声滥,但也有一些不同之處。例如侦香,本研究同時(shí)涉及轉(zhuǎn)錄組和調(diào)控組學(xué)兩方面的信息落塑,因此對(duì)同一個(gè)器官來說得到的信息更加全面;在數(shù)據(jù)樣本方面罐韩,乳腺和肌肉兩個(gè)器官樣本是本研究獨(dú)有的憾赁;在轉(zhuǎn)錄組測(cè)序方面,本研究采用的是對(duì)新鮮組織樣本的單細(xì)胞RNA測(cè)序(scRNA-seq)散吵,而華大則是對(duì)冷凍組織的單細(xì)胞核RNA測(cè)序(snRNA-seq)龙考,理論上講scRNA-seq獲取的mRNA信息更加全面》溃總的來說晦款,這兩項(xiàng)研究工作具有較好的互補(bǔ)性,為廣大科研人員提供了寶貴的非人靈長類動(dòng)物單細(xì)胞數(shù)據(jù)資源枚冗。

3 其他物種大型細(xì)胞圖譜

3.1 小鼠細(xì)胞圖譜

??2018年2月缓溅,郭國驥等人在《Cell》發(fā)表了一項(xiàng)研究成果,他們基于Microwell-seq高通量單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)赁温,對(duì)來自小白鼠近50種器官組織的40余萬個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了系統(tǒng)性的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析肛宋,繪制了世界上第一張哺乳動(dòng)物細(xì)胞圖譜。束世。
??在前期研究基礎(chǔ)上酝陈,科研人員對(duì)小鼠七個(gè)重要發(fā)育階段的十個(gè)重要組織進(jìn)行了單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析,跨越了胚胎早期到成年成熟期毁涉,獲得超過520沉帮,000個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),描繪了小鼠譜系發(fā)育和成熟過程的細(xì)胞狀態(tài)流形圖,并揭示了控制細(xì)胞命運(yùn)決定的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)穆壕。相關(guān)研究論文于2022年7月11日在線發(fā)表于《Nature Genetics》上待牵。


小鼠細(xì)胞圖譜http://bis.zju.edu.cn/MCA/(左)與小鼠譜系發(fā)育圖譜(右)

3.2 家豬多器官圖譜

??家豬在器官大小、結(jié)構(gòu)喇勋、解剖學(xué)缨该、遺傳學(xué)和生理功能方面與人高度相似,被認(rèn)為是人最有希望的異種移植來源川背。由于豬和人之間存在一些物種特異性的細(xì)胞和分子差異贰拿,異種器官移植的臨床表現(xiàn)有待改進(jìn)。為了解這兩者之間的生物醫(yī)學(xué)相似性和差異熄云,并推動(dòng)豬在生物醫(yī)學(xué)研究中的應(yīng)用膨更,需要更深入地理解家豬器官中細(xì)胞組成的異質(zhì)性和相互作用。 2022年1月7日缴允,57歲的晚期心臟病患者David Bennett接受豬心臟移植荚守,成為歷史上第一個(gè)接受豬心臟移植手術(shù)的患者,最終存活了2個(gè)月练般。
??深圳華大生命科學(xué)研究院羅永倫教授聯(lián)合丹麥奧胡斯大學(xué)林琳教授等多家國內(nèi)外科研團(tuán)隊(duì)利用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序首次構(gòu)建家豬多個(gè)組織和器官的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜矗漾,其成果發(fā)表于2022年6月的《Nature Communications》雜志中。


家豬多系統(tǒng)細(xì)胞圖譜

3.3 家蠶絲腺單細(xì)胞圖譜

??家蠶的絲蛋白合成能力超強(qiáng)薄料,是迄今唯一被人類完全馴化并形成了重要產(chǎn)業(yè)的產(chǎn)絲動(dòng)物缩功。
??2022年6月9日,西南大學(xué)家蠶基因組生物學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室徐漢福課題組在《Nature Communications》上發(fā)表了題為“A single-cell transcriptomic atlas characterizes the silk-producing organ in the silkworm”的研究論文都办,以單細(xì)胞分辨率揭示家蠶絲腺的全細(xì)胞異質(zhì)性及其基因轉(zhuǎn)錄圖譜嫡锌。
??研究發(fā)現(xiàn),家蠶絲腺中有10種主要細(xì)胞類群琳钉,它們分別執(zhí)行絲素蛋白合成势木、絲膠蛋白合成、液態(tài)絲纖維化歌懒、細(xì)胞重建啦桌、絲蛋白代謝、幾丁質(zhì)代謝等功能及皂。該成果對(duì)今后在單細(xì)胞水平上開展蠶絲蛋白合成調(diào)控研究和家蠶育種素材精準(zhǔn)創(chuàng)制甫男,促進(jìn)以家蠶為模式的產(chǎn)絲蛋白合成調(diào)控及多元化開發(fā)利用研究,具有重大科學(xué)價(jià)值验烧。


家蠶絲腺單細(xì)胞圖譜

4 如何構(gòu)建一個(gè)細(xì)胞圖譜

??單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)可以解析海量細(xì)胞間的差異性板驳,通過已單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)為主的多組學(xué)研究,為鑒定細(xì)胞類型碍拆、發(fā)現(xiàn)稀有細(xì)胞提供了數(shù)據(jù)支撐若治,同時(shí)開放的強(qiáng)大的單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫可以將細(xì)胞的注釋更加精準(zhǔn)慨蓝,繪制的圖譜分辨率也更高。因此端幼,構(gòu)建大型細(xì)胞圖譜需要用到單細(xì)胞儀器礼烈、單細(xì)胞建庫試劑盒南誊、單細(xì)胞數(shù)據(jù)可視化分析軟件和單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫槐脏。


構(gòu)建細(xì)胞圖譜的步驟

5 助力細(xì)胞圖譜研究的新格元單細(xì)胞系統(tǒng)方案

??新格元生物成立于2018年,專注高通量單細(xì)胞多組學(xué)平臺(tái)產(chǎn)品的自主開發(fā)及臨床轉(zhuǎn)化譬嚣。公司成立后發(fā)展迅速滑进,現(xiàn)已擁有一站式高通量單細(xì)胞測(cè)序平臺(tái)犀忱,提供從組織樣本處理,高通量單細(xì)胞分離及測(cè)序文庫構(gòu)建郊供,到數(shù)據(jù)分析和臨床意義挖掘的全面解決方案∠康铮現(xiàn)有產(chǎn)品包括自主開發(fā)生產(chǎn)的Singleron Matrix?自動(dòng)化單細(xì)胞測(cè)序文庫構(gòu)建儀器近哟、Singleron PythoN?組織解離儀驮审、GEXSCOPE?高通量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組試劑盒、單細(xì)胞核轉(zhuǎn)錄組試劑盒吉执、免疫受體試劑盒疯淫、DynaSCOPE?海量單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)試劑盒、FocuSCOPE?靶向高通量單細(xì)胞測(cè)序產(chǎn)品戳玫、CeleScope?生信分析軟件及SynEcoSys?單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫熙掺,并已服務(wù)500余家知名醫(yī)院、藥企及科研院所咕宿。


新格元單細(xì)胞整體解決方案

5.1 新格元單細(xì)胞儀器

??在進(jìn)行單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)時(shí)币绩,經(jīng)常面臨各種類型組織樣本,因此需要高效快捷的單細(xì)胞懸液制備系統(tǒng)府阀,以獲得高活性高得率的單細(xì)胞懸液進(jìn)行后續(xù)單細(xì)胞建庫實(shí)驗(yàn)缆镣。新格元自主開發(fā)的Singleron PythoN?組織解離儀結(jié)合機(jī)械切割研磨解離+酶解離方法,搭配新格元廣譜的sCelLive?組織解離液和一次性Singleron PythoN?解離管试浙,以及精準(zhǔn)數(shù)字化的參數(shù)調(diào)節(jié)模塊董瞻,可快速從各類組織中解離得到高活性、高得率田巴、高質(zhì)量得單細(xì)胞懸液钠糊。
??獲得單細(xì)胞懸液之后,需要將單個(gè)細(xì)胞進(jìn)行分割開來進(jìn)行建庫測(cè)序壹哺,目前最新的海量單細(xì)胞分離技術(shù)有微流控微孔板法(新格元抄伍,BD)和微流控油包水法(10X),其原理均是基于泊松分布和分子條形碼(Barcode)技術(shù)進(jìn)行海量單細(xì)胞獨(dú)立建庫測(cè)序的管宵。其中新格元推出的Singleron Matrix?自動(dòng)化單細(xì)胞測(cè)序文庫構(gòu)建系統(tǒng)可用于單細(xì)胞測(cè)序文庫的制備逝慧,可將單細(xì)胞懸液分離至高密度的微流控芯片中昔脯,并自動(dòng)完成細(xì)胞分離、細(xì)胞裂解笛臣、mRNA捕獲步驟云稚。該儀器極大的簡(jiǎn)化了單細(xì)胞測(cè)序文庫構(gòu)建的操作流程,減少人工環(huán)節(jié)以提高結(jié)果的穩(wěn)定性及可重復(fù)性沈堡。

5.2 新格元單細(xì)胞試劑盒

??新格元單細(xì)胞試劑盒可高效無偏好性地完成反轉(zhuǎn)錄静陈、cDNA擴(kuò)增及文庫構(gòu)建,顯著提高測(cè)序文庫產(chǎn)物得率及同等測(cè)序深度下的基因檢出率诞丽,從而完成對(duì)數(shù)百至數(shù)萬個(gè)細(xì)胞中的mRNA進(jìn)行測(cè)序鲸拥。試劑盒中提供有組織保存液(僅限Tissue Kit),組織解離液(僅限Tissue Kit)僧免,微流控微孔芯片刑赶,分子標(biāo)簽磁珠,擴(kuò)增試劑及文庫構(gòu)建試劑懂衩,構(gòu)建好的單細(xì)胞文庫(illumina文庫)可直接進(jìn)行NGS測(cè)序撞叨。

5.3 新格元單細(xì)胞可視化分析軟件

??CeleScope?可視化分析軟件是由Singleron開發(fā)的一組生物信息學(xué)分析流程,用于處理Singleron單細(xì)胞系統(tǒng)產(chǎn)品生成的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)浊洞。這些流程將雙端 FASTQ 文件作為輸入并生成可用于下游數(shù)據(jù)分析的文件和QC指標(biāo)牵敷。


CeleScope?可視化分析軟件

5.4 新格元單細(xì)胞數(shù)據(jù)庫

??精準(zhǔn)的細(xì)胞注釋和生物學(xué)意義發(fā)現(xiàn)需要依賴于強(qiáng)大的單細(xì)胞基因-細(xì)胞數(shù)據(jù)庫,新格元開發(fā)的SynEcoSys?內(nèi)置標(biāo)準(zhǔn)化單細(xì)胞數(shù)據(jù)集法希,配備CeleViz數(shù)據(jù)可視化和CeleLens (Lite)自動(dòng)分析模塊枷餐,是真正的界面版一站式單細(xì)胞大數(shù)據(jù)挖掘平臺(tái)。數(shù)據(jù)庫收錄400+數(shù)據(jù)集苫亦,涵蓋人/小鼠/恒河猴不同系統(tǒng)的50余種器官類型毛肋。通過關(guān)聯(lián)基因?qū)用婧图?xì)胞層面的公共數(shù)據(jù)庫、單細(xì)胞公共數(shù)據(jù)集屋剑、疾病和藥物靶點(diǎn)信息润匙,快速高效的提供從數(shù)據(jù)到臨床意義的發(fā)現(xiàn)和解讀。


SynEcoSys數(shù)據(jù)庫

參考文獻(xiàn)

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