如何上傳轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)到NCBI的SRA數(shù)據(jù)庫(kù)

建議大家把數(shù)據(jù)上傳到我們自己的數(shù)據(jù)庫(kù)(http://bigd.big.ac.cn/)冠摄,支持國(guó)產(chǎn)糯崎。由于我的數(shù)據(jù)太差了,還是傳到NCBI吧~

第一步:打開NCBI主頁(yè)河泳,如下圖

第二步:選擇Sequence Read Archive (SRA)沃呢,如圖。SRA數(shù)是NCBI專門用于存儲(chǔ)拆挥、顯

示薄霜、提取和分析高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫(kù)。

第三步:選擇New submission → 按要求填寫纸兔,至少有一個(gè)科研單位/大學(xué)的email→……→選數(shù)據(jù)類型惰瓜,我的數(shù)據(jù)是巖白菜,所以選的是plant sample

第四步:是比較關(guān)鍵的部分汉矿,填寫數(shù)據(jù)相關(guān)表格崎坊。

點(diǎn)那個(gè)TSV,會(huì)下載一個(gè)Plant.1.0.xlsx的文件

打開是如圖所示

按要求填寫洲拇,信息不全會(huì)報(bào)錯(cuò)奈揍,并告訴你怎么改

然后是完成metadata的表格填寫,點(diǎn)那個(gè)excel會(huì)下載一個(gè)SRA_metadata.xlsx赋续,然后填寫信息男翰,填不對(duì)會(huì)報(bào)錯(cuò),要跟前面的Plant.1.0.xlsx對(duì)應(yīng)纽乱。我是雙端測(cè)序的蛾绎,就填了一個(gè)。

然后就開始上傳數(shù)據(jù)鸦列。下載安裝Aspera租冠,F(xiàn)TP速度慢不建議使用。

選擇第二項(xiàng)薯嗤, 跳出每個(gè)用戶專門的預(yù)上傳地址肺稀,還有專門的上傳說(shuō)明文字。??
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