一直說比對(duì)之前要去接頭，那么我們?nèi)サ慕宇^是什么樣子的呢？我一開始以為就是在待測(cè)序的reads加上一段堿基順序已知的序列就可以了概页，后來發(fā)現(xiàn) 情況和我想象的不大一樣。怎么回事捏练慕？就拿Illumina來說惰匙，它測(cè)序常使用的接頭是Y型接頭。那么什么是Y型接頭呢铃将？它又有什么優(yōu)點(diǎn)呢项鬼？
Y型接頭，故名思意劲阎，長(zhǎng)的和字母Y一樣绘盟。在接頭的末端，堿基是不互補(bǔ)的悯仙。接頭由兩部分組成奥此，其中的arm部分是非互補(bǔ)序列，而stem部分是互補(bǔ)序列可以加到測(cè)序的reads上雁比。Y adapter的樣子就像下面的圖一樣：
adapters
當(dāng)我們將測(cè)序的reads加上接頭稚虎，就變成了這個(gè)樣子：
image.png
在這里小聲說一句，其中的綠色部分是待測(cè)序的reads
emmmm偎捎，這樣有了圖片就讓我這蒼白無力的文字形象了很多……那么蠢终，知道了它是什么樣子之后，我們下一步想知道的就是為什么要使用Y型adapter了茴她。
當(dāng)我們進(jìn)行建庫的時(shí)候寻拂，會(huì)在reads的兩端加上不同的adapter。這里我們把兩個(gè)adapters稱為A和B丈牢。當(dāng)我們加上接頭之后祭钉，會(huì)出現(xiàn)三種不同的情況：
- A--reads--B
- A--reads--A
- B--reads--B
顯然，后兩種情況是無法進(jìn)行PCR擴(kuò)增的己沛。但是常規(guī)的adapter無法避免這種情況的存在慌核，但是有了Y型adapter，就可以保證只出現(xiàn)第一種情況申尼。
