在perl處理fasta文件是疤剑,需要每次讀入一個完整的 序列頭+序列掏熬,需要利用到
local $/ = ">"
將perl默認(rèn)的行分隔符切換為">"敛助。
且從文件中第一次讀取的內(nèi)容為">"號捻浦,可以在<IN>進(jìn)行去除晤揣,IN為定義的輸入句柄。
在處理數(shù)據(jù)時:
s/>//;
my ($name, $seq) = splt/\n/,$_,2;
$seq =~ s/\n//g;
即可將一個序列的名保存到$name變量朱灿,將序列信息保留到$seq變量昧识。