發(fā)簡信
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利用vcftools進(jìn)行vcf文件過濾
在GWAS分析之前毅弧，一般需要對基因型文件進(jìn)行過濾颤介，包括：缺失率莺戒、MAF、雜合率叔汁、雙等位、僅SNP等。 運用bcftools進(jìn)行進(jìn)行雙等位和僅SN...
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linux 新建分區(qū)及格式化
fdisk最大只支持2T的硬盤逗噩，推薦gdisk進(jìn)行分區(qū) 利用lsblk命令列列出新建的分區(qū) 再利用mkfs.ext4命令對新建的分區(qū)進(jìn)行格式化 ...
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利用perl腳本統(tǒng)計標(biāo)記的信息輸入數(shù)據(jù)格式為： 利用該腳本掉丽，可以獲得標(biāo)記的等位信息、雜合率异雁、MAF捶障、缺失率及PIC值。
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perl處理fasta文件
在perl處理fasta文件是纲刀，需要每次讀入一個完整的 序列頭+序列残邀，需要利用到 將perl默認(rèn)的行分隔符切換為">"。 且從文件中第一次讀取的...
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利用bedtools提取基因組指定區(qū)域序列
利用bedtools能夠快速批量的提取基因組上指定區(qū)域的序列柑蛇。 1. Example： 文件說明example_genome.fasta基因組序...
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通過perl腳本將fasta格式轉(zhuǎn)換為KaKs_Calculator需要的AXT格式
這個perl腳本的作用是將Mega等軟件比對保存的fasta格式的結(jié)果轉(zhuǎn)化為KaKs_Calculator軟件需要的AXT的輸入格式芥挣。可以通過下...
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perl 中的單行耻台、多行注釋
example： #!/usr/bin/perl -w use warnings; =pod XXX .... =cut