Cell | 人類基因組中染色質(zhì)可及性的單細(xì)胞圖譜

原創(chuàng)?huacishu?圖靈基因?今天

收錄于話題#前沿生物大數(shù)據(jù)分析

撰文：huacishu

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1亡容、作者展示的單細(xì)胞數(shù)據(jù)資源規(guī)模龐大，整合了來(lái)自成人/胎兒人體組織的超過(guò)130萬(wàn)個(gè)單細(xì)胞染色質(zhì)圖譜，對(duì)人類發(fā)育的不同階段進(jìn)行了較為全面的組織分析眉抬，為更好地理解人類發(fā)育中罕見(jiàn)和常見(jiàn)疾病提供信息資源，同時(shí)也可為尋找具有細(xì)胞類型特異性的致病基因提供支持宦赠；

2趟据、后續(xù)研究團(tuán)隊(duì)計(jì)劃建立體外模型用于驗(yàn)證順式作用元件在不同條件的生物活性，進(jìn)一步揭示其在轉(zhuǎn)錄調(diào)控以及疾病發(fā)生發(fā)展中的重要作用寄锐。

美國(guó)加州大學(xué)圣地亞哥分校任兵教授課題組在國(guó)際知名期刊Cell在線發(fā)表題為“A single-cell atlas of chromatin accessibility in the human genome”的論文。目前人類基因組中的調(diào)控序列目錄仍然不完整尖啡，分析人體不同細(xì)胞類型和組織中基因調(diào)控元件的活性具有重要意義橄仆。該研究對(duì)來(lái)自多個(gè)供體的30種成人組織類型應(yīng)用了單細(xì)胞染色質(zhì)可及性分析。將這些數(shù)據(jù)集與來(lái)自15種胎兒組織類型的先前單細(xì)胞染色質(zhì)可及性數(shù)據(jù)相結(jié)合衅斩，揭示了在222個(gè)不同的細(xì)胞類型中約120萬(wàn)候選順式調(diào)節(jié)元件（CCRE）的開(kāi)放染色質(zhì)狀態(tài)盆顾。使用這些染色質(zhì)可及性圖譜來(lái)描繪胎兒和成人CCRE的細(xì)胞類型特異性，并系統(tǒng)地解釋與復(fù)雜人類特征和疾病相關(guān)的非編碼變體畏梆。這種豐富的資源為分析組織您宪、生命階段和器官系統(tǒng)中的人類細(xì)胞類型的基因調(diào)控程序提供了基礎(chǔ)。

為了生成成人體內(nèi)cCREs的細(xì)胞圖譜奠涌，對(duì)從死后成人供體30個(gè)不同解剖部位采集的原始組織樣本進(jìn)行了sci ATAC-seq（圖1A）宪巨。在篩選出低質(zhì)量的細(xì)胞核后，最終獲得了615998個(gè)細(xì)胞核的高質(zhì)量開(kāi)放染色質(zhì)圖譜溜畅，每個(gè)細(xì)胞核的平均轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)（TSS）富集分?jǐn)?shù)為12.8（±3.2）（圖1B）捏卓。分析大型單細(xì)胞染色質(zhì)可及性數(shù)據(jù)集一直是一個(gè)挑戰(zhàn)。在SnapATAC的最新開(kāi)發(fā)中慈格，作者進(jìn)一步改進(jìn)了其可擴(kuò)展性以處理數(shù)百萬(wàn)個(gè)單元怠晴。使用該算法，首先確定了30個(gè)主要細(xì)胞組（圖1B）浴捆，其中22個(gè)（73%）在第二輪聚類分析中被發(fā)現(xiàn)由多個(gè)子聚類組成蒜田。總共發(fā)現(xiàn)了111個(gè)不同的細(xì)胞簇（圖1B-1E）选泻。為了對(duì)產(chǎn)生的細(xì)胞簇進(jìn)行注釋冲粤，首先從PanglaoDB標(biāo)記基因數(shù)據(jù)庫(kù)中整理出一組與預(yù)期人類細(xì)胞類型相對(duì)應(yīng)的標(biāo)記基因。利用啟動(dòng)子處的染色質(zhì)可及性作為基因活性的代理滔金，并計(jì)算111個(gè)簇中每個(gè)簇的細(xì)胞類型富集分?jǐn)?shù)色解，以創(chuàng)建初始細(xì)胞簇注釋。接下來(lái)餐茵，基于對(duì)標(biāo)記基因可及性的重點(diǎn)考慮科阎，手動(dòng)回顧了這些分配》拮澹總之锣笨，用細(xì)胞類型標(biāo)簽對(duì)30個(gè)主要細(xì)胞組和所有111個(gè)不同的簇進(jìn)行了注釋（圖1E）蝌矛。例如，在胃腸道上皮細(xì)胞的主要細(xì)胞群中错英，更高分辨率的亞聚類和注釋顯示了三簇結(jié)腸上皮細(xì)胞入撒，一簇來(lái)自小腸的腸上皮細(xì)胞，兩簇分別來(lái)自結(jié)腸和小腸的杯狀細(xì)胞椭岩，以及三個(gè)具有不同染色質(zhì)可及性特征的罕見(jiàn)群體茅逮，包括腸嗜鉻細(xì)胞（占總細(xì)胞核的0.060%）、簇狀細(xì)胞（占總細(xì)胞核的0.050%）和Paneth細(xì)胞（占總細(xì)胞核的0.045%）（圖1B和1C）判哥。令人鼓舞的是献雅，在大多數(shù)組織樣本中檢測(cè)到的幾種常見(jiàn)細(xì)胞類型，如內(nèi)皮細(xì)胞和髓樣細(xì)胞塌计，根據(jù)細(xì)胞類型而不是來(lái)源組織或個(gè)體進(jìn)行聚類（圖1E）挺身。另一方面，存在于組織中的成纖維細(xì)胞聚集成七個(gè)亞型锌仅，每個(gè)亞型具有不同的起源組織（圖1E）章钾。值得注意的是，111種細(xì)胞類型中的大多數(shù)表現(xiàn)出高度的組織特異性热芹。例如贱傀，高度特化的細(xì)胞類型，如濾泡細(xì)胞剿吻、肺細(xì)胞和肝細(xì)胞窍箍，僅限于一種組織類型，反映其組織特異性功能（圖1E）丽旅。最后，觀察到sci ATAC-seq鑒定的細(xì)胞類型與相應(yīng)組織的單細(xì)胞RNA測(cè)序（RNA-seq）實(shí)驗(yàn)鑒定的細(xì)胞類型高度一致纺棺。

為了確定111種細(xì)胞類型中每種細(xì)胞的可訪問(wèn)染色質(zhì)區(qū)域榄笙，作者聚集了組成每個(gè)細(xì)胞簇的所有細(xì)胞核的染色質(zhì)可訪問(wèn)性圖譜，并應(yīng)用了針對(duì)單細(xì)胞數(shù)據(jù)優(yōu)化的峰值調(diào)用程序祷蝌。然后茅撞，合并這些可訪問(wèn)的染色質(zhì)區(qū)域，獲得890130個(gè)非重疊CCRE的列表（圖2A）巨朦。為了評(píng)估這些CCRE的潛在功能米丘，接下來(lái)將其與轉(zhuǎn)基因報(bào)告驗(yàn)證的哺乳動(dòng)物增強(qiáng)子目錄進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)驗(yàn)證的組織特異性增強(qiáng)子在包含相應(yīng)組織中確定的大部分細(xì)胞核的細(xì)胞類型中表現(xiàn)出更高的染色質(zhì)可及性（圖2B）糊啡。例如拄查，經(jīng)驗(yàn)證的心臟增強(qiáng)子顯示，與其他細(xì)胞相比棚蓄，心房肌細(xì)胞和心室肌細(xì)胞的平均染色質(zhì)可及性更高類型（圖2B）堕扶，表明細(xì)胞類型特異性染色質(zhì)可及性和組織特異性增強(qiáng)子活性之間存在良好的相關(guān)性碍脏。當(dāng)前目錄中的大多數(shù)CCRE（80.94%）與注釋TSS的距離超過(guò)2000 bp。直接位于TSS上方或啟動(dòng)子區(qū)域附近的CCRE顯示出較高的序列保守性和染色質(zhì)可及性（圖2C和2D）稍算。相比之下典尾，基因遠(yuǎn)端CCRE的可及性較低，并且相對(duì)于其可及性表現(xiàn)出較大的差異（圖2D）糊探，這表明存在高度可及啟動(dòng)子近端CCRE的共享程序以及跨細(xì)胞類型和物種的基因遠(yuǎn)端CCRE的可變程序钾埂。為了進(jìn)一步剖析細(xì)胞類型特異性染色質(zhì)特征和調(diào)控程序，應(yīng)用基于熵的策略揭示了435142個(gè)CCRE科平，這些CCRE在一種或幾種細(xì)胞類型中顯示出有限的可訪問(wèn)性（圖2E）褥紫。接下來(lái)，對(duì)細(xì)胞類型受限的CCRE進(jìn)行了大量的本體富集分析和基序富集分析匠抗，以揭示假定的生物過(guò)程和每種細(xì)胞類型的TF故源，這在很大程度上與預(yù)期的細(xì)胞類型特定功能相關(guān)。例如汞贸，局限于肝細(xì)胞的CCRE產(chǎn)生了類固醇代謝過(guò)程（圖2F）绳军，并富集了肝細(xì)胞核因子TF家族成員HNF1A/B、HNF4A/G和ONECUT1/2的結(jié)合位點(diǎn)（圖2G）矢腻。

為了比較兩個(gè)染色質(zhì)可及性圖譜中222個(gè)胎兒和成人細(xì)胞類型门驾，利用SnapATAC，然后進(jìn)行批量校正多柑，以獲得胎兒和成人組織中1323041個(gè)細(xì)胞核的低維數(shù)據(jù)（圖3A和3B）奶是。接下來(lái)，進(jìn)行了系統(tǒng)發(fā)育分析竣灌，根據(jù)低維空間中定義的距離將胎兒和成人細(xì)胞類型分為不同的組聂沙。一般來(lái)說(shuō)，屬于不同譜系的細(xì)胞類型分為獨(dú)立的組初嘹，并含有特定的cCREs及汉，這些cCREs因先前所描述的譜系特異性TF基序而富集。為了更系統(tǒng)地量化成人和胎兒細(xì)胞類型之間染色質(zhì)可及性的差異屯烦，比較了每對(duì)胎兒和成人細(xì)胞類型的1154611個(gè)CCRE列表中的標(biāo)準(zhǔn)化可及性（圖3C坷随，3D）。結(jié)果發(fā)現(xiàn)驻龟，與其他細(xì)胞類型（如神經(jīng)元温眉、膠質(zhì)細(xì)胞和骨骼肌細(xì)胞）相比，胎兒細(xì)胞類型（如免疫細(xì)胞和內(nèi)皮細(xì)胞）與其成年對(duì)應(yīng)細(xì)胞的相關(guān)性相對(duì)較高（圖3D）翁狐，這與系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)果相一致类溢。總之谴蔑，這些分析表明豌骏，cCREs重塑以實(shí)現(xiàn)發(fā)育階段特定功能的程度在人類細(xì)胞類型之間差異很大龟梦。

為了揭示可能是胎兒或成人特異性調(diào)節(jié)程序基礎(chǔ)的特定因素，作者計(jì)算了包含相應(yīng)成人和胎兒細(xì)胞類型的主要細(xì)胞組的生命階段特異性CCRE（圖4A）窃躲。這些元素的特征揭示了生命階段特定監(jiān)管計(jì)劃（圖4B和4C）计贰。例如，骨骼肌細(xì)胞在出生前和出生后的發(fā)育過(guò)程中發(fā)生了實(shí)質(zhì)性的分化蒂窒，并且與大多數(shù)其他主要細(xì)胞類型相比躁倒，在生命階段之間表現(xiàn)出較低的整體相似性（圖3C和3D）∪髯粒總共確定了72648個(gè)胎兒和成人之間的差異可及性CCRE骨骼肌細(xì)胞（圖4D）秧秉。胎兒心肌細(xì)胞中的DA cCREs與胚胎發(fā)育和創(chuàng)傷反應(yīng)等生物學(xué)過(guò)程相關(guān)，并富含協(xié)調(diào)正常肌生成的肌源性調(diào)節(jié)TF（MRF）基序（圖4E和4F）衰抑，突出了這些元素在調(diào)節(jié)胎兒心肌細(xì)胞肌源性特性中的作用象迎。另一方面，成年骨骼肌細(xì)胞DA cCREs與肌肉對(duì)收縮活動(dòng)的適應(yīng)以及胰島素和類固醇激素反應(yīng)相關(guān)的生物學(xué)過(guò)程相關(guān)呛踊，并且富含MEF家族成員和AP-1復(fù)合物成員砾淌，包括FOSL1（圖4D和4E），提示這些元素在調(diào)節(jié)成年骨骼肌對(duì)激素暴露的轉(zhuǎn)錄反應(yīng)中的作用谭网。根據(jù)這些結(jié)果和人類壽命中肌球蛋白亞型表達(dá)的既定模式汪厨，在編碼產(chǎn)前心肌細(xì)胞標(biāo)記基因的位點(diǎn)上發(fā)現(xiàn)了DA cCREs，包括MYH3和MYH8愉择，分別是胚胎和新生兒肌球蛋白的重鏈劫乱，以及I型（慢）和II型（快）標(biāo)記的成人心肌細(xì)胞，分別包括MYH6/MYH7和MYH1/MYH2（圖4F）锥涕。綜上所述衷戈，這些發(fā)現(xiàn)分別揭示了胎兒和成人骨骼肌細(xì)胞增殖能力和成熟功能的調(diào)節(jié)因素，并強(qiáng)調(diào)該數(shù)據(jù)集以及在生命周期不同時(shí)間點(diǎn)收集的人類細(xì)胞圖譜的價(jià)值层坠，以確定細(xì)胞類型分辨率的生命階段特異性基因調(diào)控程序脱惰。

為了描述胎兒和成人細(xì)胞類型中cCREs的細(xì)胞類型特異性，根據(jù)其在222種細(xì)胞類型中的標(biāo)準(zhǔn)化可及性窿春，將1154611個(gè)cCREs組織成150個(gè)簇，稱為順式調(diào)節(jié)模塊（CRM）采盒。盡管有幾個(gè)CRM在所有細(xì)胞類型中顯示出共享的可訪問(wèn)性模式旧乞，但大多數(shù)CRM僅限于單個(gè)胎兒或成人細(xì)胞類型或反映共享細(xì)胞譜系的細(xì)胞類型組（圖5A）。為了注釋CRM的功能磅氨，應(yīng)用了大量的本體豐富分析尺栖。大體上，在特定胎兒和成人細(xì)胞類型中顯示優(yōu)先可及性的CRM豐富了與細(xì)胞類型和生命階段特定細(xì)胞過(guò)程相關(guān)的生物學(xué)過(guò)程（圖5B和5C）烦租。為了確定這些標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)的序列特征延赌，接下來(lái)測(cè)量了150個(gè)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)中1565個(gè)人類TF基序的富集程度除盏，以揭示胎兒和成人細(xì)胞類型的假定主調(diào)節(jié)因子。該分析揭示了胎兒和成人細(xì)胞以及譜系特異性TF基序的目錄挫以。例如者蠕，通過(guò)富集TBR、EOMES和TBX TF家族基序（圖5B-5D）掐松，可區(qū)分成人CD8+T細(xì)胞和自然殺傷T細(xì)胞中具有強(qiáng)可接近性的模塊踱侣；通過(guò)富集EBF家族TF基序，可區(qū)分B細(xì)胞中具有強(qiáng)可接近性的模塊大磺，成年肥大細(xì)胞中可接近性強(qiáng)的模塊通過(guò)GATA家族成員基序富集來(lái)區(qū)分（圖5B-5D）抡句。此外，在所有已鑒定的細(xì)胞類型中具有最強(qiáng)可接近性的模塊的特征是SP1基序的富集杠愧，這與SP1作為普遍表達(dá)的管家基因的調(diào)節(jié)因子的原始描述一致待榔。除了這些特征明確的關(guān)聯(lián)外，還報(bào)告了以前未定義的TF與人類細(xì)胞類型的關(guān)聯(lián)流济，這些細(xì)胞類型在其體內(nèi)組織環(huán)境中具有挑戰(zhàn)性：例如锐锣，ESRR和FOX TF家族的基序最好在胎兒和成人胃上皮細(xì)胞中可訪問(wèn)的模塊中富集，F(xiàn)OS和JUN家族的基序分別富集在胎兒和成人腎上腺皮質(zhì)細(xì)胞中可獲得的模塊中（圖5A）袭灯。

接下來(lái)刺下，作者試圖利用120萬(wàn)細(xì)胞類型分辨cCREs來(lái)解釋與復(fù)雜性狀和多基因疾病表型相關(guān)的遺傳變異。作者下載了NHGRIEBI GWAS目錄稽荧，并保留了1123個(gè)功能良好的GWAS橘茉，其中包含10個(gè)或更多重要SNP和20000多個(gè)病例。然后姨丈，使用超幾何測(cè)試來(lái)測(cè)量從222個(gè)胎兒和成人細(xì)胞類型中鑒定的CCRE特征相關(guān)變異體的富集程度畅卓。發(fā)現(xiàn)450個(gè)性狀/疾病的GWAS變體在至少一種細(xì)胞類型的cCREs中富集。此外蟋恬，對(duì)于160個(gè)額外的性狀翁潘，能夠識(shí)別先前分析中未檢測(cè)到的富集，突出了細(xì)胞類型分辨cCREs圖譜的附加值歼争。該分析揭示了胎兒和成人細(xì)胞類型與人類特征和疾病表型之間總共3220個(gè)顯著關(guān)聯(lián)（圖6）拜马。這些富集顯示了許多預(yù)期的細(xì)胞類型疾病表型關(guān)系，例如沐绒，濕疹風(fēng)險(xiǎn)變體在成人T淋巴細(xì)胞CCRE中強(qiáng)烈富集俩莽，心房顫動(dòng)風(fēng)險(xiǎn)變體在成人和胎兒心房和心室心肌細(xì)胞CCRE中強(qiáng)烈富集，促甲狀腺激素變體在卵泡細(xì)胞CCRE中富集（圖6）乔遮。有趣的是扮超，作者檢測(cè)到成人和胎兒成纖維細(xì)胞亞型中疾病和性狀相關(guān)非編碼變異的富集程度存在顯著差異。這包括胎兒成纖維細(xì)胞中與出生體重相關(guān)的變異體顯著增加，而成人成纖維細(xì)胞中沒(méi)有出刷。此外璧疗，檢測(cè)到成人成纖維細(xì)胞亞型中疾病和性狀變異的富集程度存在差異，除了在一組核心成纖維細(xì)胞CCRE處可比較的染色質(zhì)可及性外馁龟，每個(gè)亞型都顯示出獨(dú)特的調(diào)節(jié)元件崩侠。

根據(jù)上述分析，許多在cCREs中富集的非編碼基因變體被假設(shè)通過(guò)破壞TF與順式調(diào)節(jié)元件的結(jié)合來(lái)改變疾病相關(guān)基因的表達(dá)屁柏。為了解釋與復(fù)雜性狀相關(guān)的特定遺傳變異的分子機(jī)制啦膜，首先應(yīng)用接觸活性（ABC）模型，使用先前發(fā)布的15個(gè)成人組織的啟動(dòng)子捕獲Hi-C數(shù)據(jù)淌喻，將111種成人細(xì)胞類型中鑒定的CCRE與其靶基因相聯(lián)系僧家。總的來(lái)說(shuō)裸删，作者在111種成人細(xì)胞類型（圖7A和7B）中檢測(cè)到3096種可能的因果變異八拱，其中2096種通過(guò)ABC模型與假定的靶基因相關(guān)（圖7A）。應(yīng)用最近開(kāi)發(fā)的94個(gè)TF的deltaSVM模型來(lái)識(shí)別可能破壞這些調(diào)節(jié)器結(jié)合的變體涯塔。該分析揭示了527個(gè)TF結(jié)合位點(diǎn)肌稻，預(yù)測(cè)可能的因果變異會(huì)顯著改變（圖7A）。這些列表的交叉點(diǎn)優(yōu)先考慮了361個(gè)可能的原因變體匕荸，這些變體（1）位于人類細(xì)胞類型cCRE內(nèi)爹谭，（2）顯著改變了TF結(jié)合，（3）與一個(gè)或多個(gè)靶基因相關(guān)（圖7A和7B）榛搔。例如诺凡，潰瘍性結(jié)腸炎（rs16940186）的一種可能的致病變異體存在于僅限于胃腸道上皮細(xì)胞的基因間cCRE中，特別是結(jié)腸上皮細(xì)胞践惑、腸上皮細(xì)胞和杯狀細(xì)胞（圖7C）腹泌。據(jù)預(yù)測(cè)，含有rs16940186的cCRE與IRF8的TSS接觸（ABC評(píng)分>0.015）尔觉，IRF8編碼一種參與調(diào)節(jié)免疫細(xì)胞成熟和調(diào)節(jié)胃上皮細(xì)胞固有免疫的TF凉袱。rs16940186風(fēng)險(xiǎn)等位基因是與人類結(jié)腸組織中IRF8表達(dá)增加相關(guān)的eQTL，與這些發(fā)現(xiàn)一致侦铜，deltaSVM模型預(yù)測(cè)該風(fēng)險(xiǎn)等位基因?yàn)榧せ頣Fs的ETS家族創(chuàng)建結(jié)合位點(diǎn)（圖7C）专甩，它們?cè)谀c上皮中表達(dá)，被認(rèn)為可以調(diào)節(jié)腸上皮的成熟钉稍。骨關(guān)節(jié)炎的另一個(gè)優(yōu)先可能原因風(fēng)險(xiǎn)變異體（rs75621460）位于cCRE內(nèi)配深，預(yù)測(cè)其靶向免疫抑制細(xì)胞因子基因TGFB1，并破壞鋅指TF ERG1的結(jié)合位點(diǎn)（圖7D）嫁盲。

詳細(xì)了解控制人體基因表達(dá)的調(diào)控程序?qū)τ诶斫馊祟惏l(fā)育和疾病發(fā)病機(jī)制具有重要意義。在這里，作者使用單細(xì)胞ATAC-seq分析了代表廣泛人類器官系統(tǒng)的30個(gè)成人組織中615998細(xì)胞的染色質(zhì)可及性羞秤，并將該數(shù)據(jù)集與來(lái)自人類胎兒組織的單細(xì)胞染色質(zhì)可及性數(shù)據(jù)進(jìn)行了整合缸托。繪制了222個(gè)胎兒和成人細(xì)胞類型的120萬(wàn)CCRE的活性狀態(tài)圖，填補(bǔ)了人類基因組候選調(diào)控元件注釋中細(xì)胞類型分辨率的關(guān)鍵缺口瘾蛋。這項(xiàng)工作強(qiáng)調(diào)了整合來(lái)自多個(gè)來(lái)源和時(shí)間點(diǎn)的人類sci ATAC-seq數(shù)據(jù)集的價(jià)值俐镐，并在未來(lái)將這些數(shù)據(jù)與新的人類單細(xì)胞數(shù)據(jù)集整合在一起，這將有助于全面了解人類細(xì)胞在整個(gè)生命周期中的基因調(diào)控特征哺哼。

教授介紹

任兵教授就職于美國(guó)加州大學(xué)圣地亞哥分校佩抹，研究領(lǐng)域是采取系統(tǒng)生物學(xué)的方法，努力理解負(fù)責(zé)制造各種細(xì)胞類型的轉(zhuǎn)錄調(diào)控程序取董。任兵教授已經(jīng)開(kāi)發(fā)了一系列高通量方法和計(jì)算算法棍苹，用于全面繪制哺乳動(dòng)物基因組中的轉(zhuǎn)錄調(diào)控序列和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合。利用這些工具茵汰，現(xiàn)在正在研究人類胚胎干細(xì)胞中的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)枢里，以了解控制這些多能干細(xì)胞自我更新和分化的過(guò)程。例如蹂午，任兵教授已經(jīng)繪制了人類胚胎干細(xì)胞和幾種終末分化細(xì)胞中的活性啟動(dòng)子栏豺、增強(qiáng)子和絕緣體元件。通過(guò)對(duì)序列的分析豆胸，發(fā)現(xiàn)增強(qiáng)子是促進(jìn)細(xì)胞類型特異性基因表達(dá)的主要驅(qū)動(dòng)力奥洼。

參考文獻(xiàn)

Cusanovich DA, Hill AJ, Aghamirzaie D, et al. A Single-Cell Atlas of InVivo Mammalian Chromatin Accessibility. Cell. 2018;174(5):1309-1324.e18.doi:10.1016/j.cell.2018.06.052