格式轉(zhuǎn)換
hapmap格式：hmp.txt
plink格式：ped和map以及二進(jìn)制文件bed/bim/fam
vcf格式：vcf
1.1. hapmap? <-> ?vcf
# hapmap -> vcf
run_pipeline.pl -SortGenotypeFilePlugin -inputFile hmp.txt -outputFile test.sort.hmp.txt -fileType Hapmap
run_pipeline.pl -Xmx100g -fork1 -h test.sort.hmp.txt -export -exportType VCF
#?vcf -> hapmap
run_pipeline.pl -Xms10g -Xmx100g??-vcf in.vcf.gz -sortPositions -export out.hmp.txt -exportType HapmapDiploid
1.2. vcf? <->? plink
#?vcf? ->? plink
plink --vcf input.vcf --recode --out output --double-id??--autosome-num 42
plink --file A --make-bed --out A --autosome-num 42
#結(jié)果生成：ped/map以及二進(jìn)制文件bed/bim/fam
#添加--recode參數(shù)將輸出結(jié)果調(diào)整為ped格式
#? plink -> vcf
plink --bfile binary_fileset --export vcf --out new_vcf??
#生成的vcf為4.3版本
