項(xiàng)目?jī)?nèi)容
- 流程簡(jiǎn)介
- 軟件安裝
- 參考數(shù)據(jù)介紹
- GWAS數(shù)據(jù)
- 安裝Fast2TWAS包
- GWAS數(shù)據(jù)的預(yù)處理
- LDSC計(jì)算遺傳相關(guān)性
- LDSC計(jì)算partitioned heritability
- LDSC計(jì)算組織特異性
- 篩選特異性的組織并繪圖
- MAGMA計(jì)算組織特異性
- MAGMA組織特異性結(jié)果統(tǒng)計(jì)并繪制MAGMA曼哈頓圖
- 處理GWAS格式，生成hess的輸入文件
- hess計(jì)算遺傳相關(guān)性
- hess結(jié)果繪圖
- MTAG軟件進(jìn)行cross trait meta分析
- CPASSOC 進(jìn)行cross trait meta分析
- 篩選MTAG和CPASSOC結(jié)果中significant SNP (P < 5e-8)
- 篩選MTAG和CPASSOC結(jié)果中independent SNPs和novel SNP
- 篩選同時(shí)存在于hess顯著區(qū)域和novel SNPs的SNPs
- novel SNPs注釋
- 共定位分析并繪圖
- 篩選孟德?tīng)栯S機(jī)化的工具變量
- 去除混雜的工具變量
- 去除多效性SNPs
- 雙向孟德?tīng)栯S機(jī)化
- GSMR分析并繪圖
- 孟德?tīng)栯S機(jī)化結(jié)果繪圖
- SMR分析
- SMR分析結(jié)果匯總統(tǒng)計(jì)
- 參考文獻(xiàn)
視屏簡(jiǎn)介
嗶哩嗶哩視屏：
點(diǎn)擊查看【bilibili】
關(guān)鍵詞
Mendelian randomisation (孟德?tīng)栯S機(jī)化)
Colocalization (共定位)
Genetic correlations (遺傳相關(guān)性)
SNP heritability (SNP遺傳力)
Shared genetic etiology (共同的遺傳病因)
Pleiotropic gene (多效性基因)
Casual inference (因果推斷)
學(xué)習(xí)要求
最好有生信基礎(chǔ)
- 最好是董一些GWAS分析
- 最好是做過(guò)孟德?tīng)栯S機(jī)化
- 最好是懂一些R語(yǔ)言
- 項(xiàng)目比較復(fù)雜，步驟非常多，要有足夠的耐心冻押、耐心和耐心！！跪者！
電腦配置要求
windows系統(tǒng)：同時(shí)按【Ctrl】+【Shift】+【Esc】直接可以喚出任務(wù)管理器，進(jìn)入查看
配置熄求，一般配置就行（4核渣玲，16G內(nèi)存）〉芡恚【當(dāng)然性能更高運(yùn)行速度越快忘衍，操作越流暢逾苫，推薦使用windows系統(tǒng)10/11】，如下：
我自己的window電腦是如下配置：
MAC電腦：經(jīng)過(guò)好心人的幫助驗(yàn)證枚钓，intel芯片的MAC可以铅搓，apple芯片的MAC會(huì)非常麻煩（不建議apple芯片的MAC用戶購(gòu)買）
linux系統(tǒng)：我自己的是Ubuntu 20.04.6 LTS操作系統(tǒng)，可以運(yùn)行搀捷，CentOS系統(tǒng)以及他系統(tǒng)沒(méi)試過(guò)應(yīng)該可以運(yùn)行
項(xiàng)目流程
流程圖簡(jiǎn)介
軟件安裝
注意：安裝R語(yǔ)言星掰，Rstudio和rtools時(shí)最好是直接默認(rèn)安裝路徑或是把這三個(gè)軟件安裝到一個(gè)文件夾下，且路徑中盡量不要出現(xiàn)中文和空格嫩舟，包括后面視屏和代碼存放的位置也是一樣氢烘，路徑中不要出現(xiàn)中文和空格。
語(yǔ)雀筆記：
淘寶鏈接：
共病遺傳研究【孟德?tīng)栯S機(jī)化家厌，共定位播玖，遺傳相關(guān)性，遺傳相關(guān)性】-淘寶網(wǎng) (taobao.com)
