PMID: 33313092
發(fā)表雜志：Ann Transl Med
知識點(diǎn)
- ferroptosis regulators：鐵死亡調(diào)節(jié)因子兰绣，參與鐵死亡過程志秃，本文收集了先前報(bào)道的43個(gè)鐵死亡基因你虹。
- TCGA+GTEx：當(dāng)正常樣品較少時(shí)敛纲，TCGA與GTEx聯(lián)合分析耘眨。
- gemcitabine resistance：選取GSE80617耐藥數(shù)據(jù)集，檢查鐵死亡相關(guān)基因的表達(dá)差異税迷，即可說明其與耐藥反應(yīng)的差異永丝。
- Xc complex：胱氨酸/谷氨酸轉(zhuǎn)體，又稱System Xc-,包含SLC7A11和SLC3A2箭养。鐵死亡誘導(dǎo)劑erastin抑制System Xc-慕嚷，阻礙谷胱甘肽（GSH）吸收，GSH又是GPXs必要的輔助因子毕泌，因此導(dǎo)致GPXs活性降低闯冷，細(xì)胞抗過氧化能力降低，脂質(zhì)活性氧堆積懈词，引起細(xì)胞氧化性死亡蛇耀。
- GPX4：脂質(zhì)過氧化過程的抑制蛋白，能降解小分子過氧化物及相對復(fù)雜的脂質(zhì)過氧化物坎弯。是鐵死亡誘導(dǎo)劑RSL3的靶蛋白纺涤。
PMID: 18181196
胰腺癌數(shù)據(jù)集
| Source | Accession | Platform | Number of cases | 備注 | Country |
|---|---|---|---|---|---|
| TCGA | PAAD | IlluminaHiSeq | 176T 4N | OS PFS | USA |
| GTEx | IlluminaHiSeq | 167N | |||
| GEO | GSE62452 | GPL6244 | 69T 61N | Affymetrix | USA |
| GEO | GSE15471 | GPL570 | 36T 42N | Affymetrix | Romania |
| GEO | GSE11838 | GPL6977 | Microarray | USA | |
| GEO | GSE32676 | GPL570 | 42T 7N | Affymetrix | USA |
| GEO | GSE41368 | GPL6244 | 6T 6N | Affymetrix | Italy |
| GEO | GSE43795 | GPL10558 | Illumina | South Korea | |
| GEO | GSE43288 | GPL96 | Affymetrix | United Kingdom | |
| GEO | GSE80617 | GPL13915 | 3resistance 1N | Human Oligo | Japan |
| GEO | GSE57495 | GPL15048 | 63T | OS | USA |
摘要
作者全面分析了43種鐵死亡相關(guān)基因在31種癌癥中的表達(dá)情況，發(fā)現(xiàn)絕大多數(shù)基因在胰腺癌中異常表達(dá)抠忘，特別是Xc復(fù)合體核心基因（SLC7A11和SLC3A2）和GPX4異常高表達(dá)撩炊。因此作者決定單獨(dú)對PAAD進(jìn)行分析，結(jié)果表明崎脉，鐵死亡相關(guān)基因在PAAD中差異表達(dá)拧咳，且在gemcitabine組中高表達(dá)，GO和KEGG分析表明主要富集在鐵死亡相關(guān)通路中囚灼，根據(jù)43個(gè)基因通過LASSO回歸構(gòu)建預(yù)后模型及Nomogram骆膝。
鐵死亡是不是和免疫有關(guān)？面對這個(gè)問題灶体，作者根據(jù)ssGSEA結(jié)果將樣本分為3種免疫亞型阅签，分析3種免疫亞型與鐵死亡的關(guān)系，結(jié)果表明ALC3A2與免疫評分負(fù)相關(guān)蝎抽，ACSL4與免疫評分正相關(guān)政钟。隨后作者根據(jù)Xc complex和ACSL4評分將樣本分為4組，鐵死亡越活躍樟结，免疫活性越高养交，可能對抗腫瘤免疫效果越高。
整體思路
結(jié)果
1. 鐵死亡基因（泛癌+PAAD）
Fig.2
Fig.6
2. 模型構(gòu)建
Fig.3
3. 免疫分析
Fig.4
Fig.5
亮點(diǎn)
- 引入gemcitabine耐藥表型瓢宦，雖是用GEO的數(shù)據(jù)碎连，但讓文章增色不少。
- 分析Xc復(fù)合體/GPX4等鐵死亡核心基因與免疫評分的關(guān)系刁笙，并根據(jù)Xc復(fù)合體/ACSL4分為4種類型破花。
當(dāng)然，文章還可以增加一致性聚類疲吸， 模型構(gòu)建后還進(jìn)行藥物敏感性座每、免疫反應(yīng)方面分析。
參考鏈接：
胱氨酸/谷氨酸反向轉(zhuǎn)運(yùn)體的研究進(jìn)展
鐵死亡發(fā)生機(jī)制的研究進(jìn)展
The role of ferroptosis regulators in the prognosis, immune activity and gemcitabine resistance of pancreatic cancer
