PMID: 33425905
雜志：Frontiers in Cell and Developmental Biology
知識點
- FRGs: Ferroptosis-related genes, 鐵死亡相關(guān)基因
- IRGs: Immune-related genes, 免疫相關(guān)基因
- CIFI: comprehensive index of ferroptosis and immue status, 鐵死亡免疫指數(shù)
- FerrDb: 鐵死亡相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫，作者通過人工查找總結(jié)的鐵死亡相關(guān)基因的數(shù)據(jù)庫。
- ImmPort：免疫相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫被盈，相對比較全面的免疫相關(guān)基因數(shù)據(jù)庫。
鐵死亡相關(guān)基因入選標(biāo)準(zhǔn)：(a) the inhibitor(s) or activator(s) of the gene could regulate ferroptosis; (b) the over-expression or down-regulation of the gene could regulate ferroptosis. Non-coding RNAs (ncRNAs) and markers of ferroptosis were not included. A total of 283 FRGs were identified, and are summarized in Supplementary Table 1.
肝癌數(shù)據(jù)集
| Source | Accession | Platform | Number of cases |
|---|---|---|---|
| TCGA-LIHC | ? | IlluminaHiSeq | 365 |
| GEO | GSE14520 | GPL571 | 220 |
亮點
- 鐵死亡&免疫相關(guān)基因聯(lián)合分析
整體思路
摘要
作者整理了283個鐵死亡相關(guān)基因和952個免疫相關(guān)基因律歼，隨后在GSE14520中進(jìn)行單因素cox回歸和Lasso，共確定27個基因構(gòu)建預(yù)后模型啡专。并在TCGA數(shù)據(jù)庫中驗證模型的可靠性险毁。隨后進(jìn)行模型周邊探索，首先確定高CIFI中鐵死亡抑制因子表達(dá)增高，而na?ve B cells, resting mast cells, monocytes, resting natural killer (NK) cells, na?ve CD4 T cells, and CD8 T cells下調(diào)畔况，基因突變+TMB,并進(jìn)行單因素和多因素獨立預(yù)后分析离唐。
結(jié)果
1.模型構(gòu)建
1.1基因初篩
首先對FRGs和IRGs基因進(jìn)行篩選
1.2 模型構(gòu)建
Unicox和Lasso構(gòu)建模型，并對模型基因構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)和PCA分析问窃。
2.模型驗證
3.模型周邊
3.1 模型特征探索
因為作者引入的是鐵死亡和免疫基因，所以作者選取了鐵死亡抑制因子和免疫細(xì)胞浸潤情況進(jìn)行展示完沪，并對高低風(fēng)險組進(jìn)行富集分析域庇。
3.2 突變+TMB
以上信息都是在轉(zhuǎn)錄組水平轉(zhuǎn)悠，下面到基因突變和TMB家串個門兒覆积。
3.3 獨立預(yù)后分析
最后來下子獨立預(yù)后分析听皿，證明這個預(yù)后模型很牛！
總結(jié)
本文聯(lián)合兩大熱點鐵死亡和免疫宽档，構(gòu)建預(yù)后模型尉姨，并對模型周邊進(jìn)行探索，思路比較新穎吗冤，可以加上一致性聚類又厉，mRNAsi，免疫檢查點+免疫治療反應(yīng)椎瘟，候選藥物+MoAs豐富文章內(nèi)容覆致。甚至可挑選比較好的基因進(jìn)行功能驗證。
