要是有g(shù)dc-client軟件下載數(shù)據(jù)，需要以下三步才能完成：
1从媚、GDC篩選檢索下載需要數(shù)據(jù)的Manifest文件
TCGA改版后烹植，下載方式變得大為不同，數(shù)據(jù)都整合在GDC（Genomic Data Commons）的DATA PORTAL中刻帚，網(wǎng)址：https://portal.gdc.cancer.gov/
建議大家先從Exploration頁面篩選數(shù)據(jù)再到Repository頁面篩選，最后下載Manifest文件涩嚣，這里以乳腺癌表達(dá)數(shù)據(jù)Manifest文件下載為例給大家說明：
1）Exploration：在頁面右邊勾選自己想要的數(shù)據(jù)崇众，然后點(diǎn)擊 view Files in Repository，跳轉(zhuǎn)到Repository頁面進(jìn)一步篩選.
2）Repository：在頁面選項(xiàng)卡選擇自己需要的數(shù)據(jù)航厚，然后點(diǎn)擊Manifest下載：
2顷歌、gdc-client軟件安裝和配置
1）下載軟件地址：https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool，根據(jù)自己的操作系統(tǒng)下載對(duì)應(yīng)的版本幔睬，這里下載windows版本衙吩。
2）將下載的軟件解壓，并放在一個(gè)自己好找的目錄溪窒，例如我放在D:\TCGA目錄，并且把上面下載的Manifest文件也放在相同的文件夾：
3冯勉、使用gdc-client下載TCGA數(shù)據(jù)
1）方法澈蚌，打開windows的dos窗口，并切換到剛才的目錄：D:\TCGA
方法2灼狰，將gdc-client.exe 文件所在的目錄添加到windows環(huán)境變量中宛瞄，方便命令行調(diào)用：
這個(gè)軟件加入環(huán)境變量，如果以后想在任何一個(gè)路徑簡單使用gdc-client這個(gè)命令，那就需要把這個(gè)軟件的路徑加到環(huán)境變量份汗。就是在Path加入剛剛軟件所在的路徑即可”盈电。具體操作如下：打開電腦控制面板->系統(tǒng)和安全->系統(tǒng)->高級(jí)系統(tǒng)設(shè)置->環(huán)境變量->Path->“加入你的gdc-client所在路徑” ，然后應(yīng)用保存杯活。
系統(tǒng)和安全
系統(tǒng)
高級(jí)系統(tǒng)設(shè)置
環(huán)境變量? 編輯Path
Path添加：
由于gdc-client軟件只能幫我們下載數(shù)據(jù)匆帚，數(shù)據(jù)的整理合并篩選等需要我們手動(dòng)完成（借助perl或者python整理）。如果有R語言基礎(chǔ)旁钧，這里推薦大家使用TCGAbiolinks下載整理數(shù)據(jù)：https://www.omicsclass.com/article/1060
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