今天和大家分享一篇預印版的文獻蛙埂，一句話概括為：小鼠睪丸4個發(fā)育階段的染色質開放圖譜
題目：The single-cell epigenetic regulatory landscape in mammalian perinatal testis development
期刊：預印版 bioRixv
預印時間：2021-5-17
物種：小鼠
時間點：E18.5；P0.5虐急，P2.5箱残，P5.5
樣本數(shù)：4只小鼠
技術：scATAC-seq(這里用的技術不是10x而是Bio-Rad)
分析軟件：ArchR
過濾條件：每個下?lián)艿膔ead>2000;TSS enrichment score>20%;去除雙細胞；去除線粒體DNA止吁；去除top5%的housekeeping基因的啟動子
摘要：
1.分析了來自小鼠睪丸發(fā)育過程中25000多個細胞的單細胞染色質可及性譜
2.利用scATAC-seq數(shù)據(jù)去推測細胞類型
3.識別不同細胞類型的順勢調控元件(CRE)
4.識別細胞類型特異可及性腺管的TF
5.偽時間重建揭示了協(xié)調生殖細胞和體細胞順序發(fā)育過程的詳細調控動力學
6.揭示了支持細胞和睪丸間質細胞群中可能存在的干細胞被辑。
7.定義了幾種GWAS信號的候選靶細胞類型和基因，包括與睪酮水平和冠狀動脈疾病相關的基因
8.數(shù)據(jù)提供了小鼠雄性生殖系和支持體細胞的“調節(jié)子”的藍圖敬惦。
文章內容主要板塊：
1.單細胞ATAC-Seq捕獲睪丸的發(fā)育和細胞類型特異性異質性：
涉及到細胞類型描述盼理、細胞數(shù)、注釋俄删、整合方法宏怔、聚類方法、與scRNA-seq數(shù)據(jù)進行整合
2.染色質可及性決定了睪丸發(fā)育中的細胞類型：
識別到214,890染色質開放區(qū)畴椰；
細胞類型特異性的染色質開放區(qū)（DAS）臊诊；
3.染色質可及性與細胞類型特異性轉錄因子活性相關
識別睪丸發(fā)育過程中的細胞類型特異性的TF;
識別DAR的motif enrichment；
positive regulators分析斜脂，不同的組合TF motif 在不同的細胞類型中是明顯的抓艳，并且與相應TF的基因可及性圖譜密切相關;
利用與scRNA-seq數(shù)據(jù)整合，使用SCENIC檢測TF活性帚戳，看TF的表達情況(識別regulon)
(這部分算是這篇文章中比較重要的板塊)
4.染色質可及性與細胞類型特異性染色質相互作用網(wǎng)絡有關
利用相關可及性識別了35,245 peak-to-gene links玷或，基因啟動子250kb內的peak,去推測了enhancer;
利用上面發(fā)現(xiàn)的links去尋找細胞類型特異的可能存在測enhancer;
一些關鍵基因的描述；
5.精原細胞向精原細胞轉化過程中階段特異性TF調節(jié)因子和染色質共可及性
對精原細胞重新聚類片任，注釋偏友，TF識別，分化軌跡对供，互作(peak-to-gene links);
(接下來是相同的套路分析其他細胞類型)
