【最新匯總】單細胞轉(zhuǎn)錄組分析與繪圖系列

分析

單細胞分析實錄(1): 認識Cell Hashing

單細胞分析實錄(2): 使用Cell Ranger得到表達矩陣

單細胞分析實錄(3): Cell Hashing數(shù)據(jù)拆分

單細胞分析實錄(4): doublet檢測

單細胞分析實錄(5): Seurat標準流程

單細胞分析實錄(6): 去除批次效應/整合數(shù)據(jù)

單細胞分析實錄(7): 差異表達分析/細胞類型注釋

SingleR如何使用自定義的參考集

單細胞分析實錄(8): 展示marker基因的4種圖形（一）

單細胞分析實錄(9): 展示marker基因的4種圖形（二）

單細胞分析實錄(10): 消除細胞周期的影響

單細胞分析實錄(11): inferCNV的基本用法

單細胞分析實錄(12): 如何推斷腫瘤細胞

單細胞分析實錄(13): inferCNV結(jié)合UPhyloplot2分析腫瘤進化

單細胞分析實錄(14): 細胞類型注釋的另一種思路 — CellID

單細胞分析實錄(15): 基于monocle2的擬時序分析

單細胞分析實錄(16): 非負矩陣分解(NMF)檢測細胞異質(zhì)性

單細胞分析實錄(17): 非負矩陣分解(NMF)代碼演示

單細胞分析實錄(18): 基于CellPhoneDB的細胞通訊分析及可視化 (上篇)

單細胞分析實錄(19): 基于CellPhoneDB的細胞通訊分析及可視化 (下篇)

【代碼更新】單細胞分析實錄(20): 將多個樣本的CNV定位到染色體臂辙售，并畫熱圖

【代碼更新】單細胞分析實錄(21): 非負矩陣分解(NMF)的R代碼實現(xiàn)支子，只需兩步唠雕，啥圖都有

高級繪圖

01.marker展示_聚類和熱圖組合

02.marker展示_堆疊小提琴圖

03.兩組比較_差異基因數(shù)目展示

04.兩組比較_差異基因展示

B站視頻教程

【B站首秀】Seurat標準流程

中國的"NCBI"

SingleR如何使用自定義的參考集

單細胞轉(zhuǎn)錄組繪圖視頻教程（B站收藏量破千儒喊，觀看量近萬）

跟著Cell Research學單細胞分析：箱型圖痢虹、小提琴圖简僧、誤差棒，總有一款適合你

跟著Cell Research學單細胞分析：以小提琴圖获雕、熱圖為例

單細胞分析實錄(17): 非負矩陣分解(NMF)代碼演示

【代碼更新】單細胞分析實錄(21): 非負矩陣分解(NMF)的R代碼實現(xiàn)薄腻，只需兩步，啥圖都有

文獻解讀

文獻(1): Cell_早期復發(fā)肝細胞癌的單細胞圖譜

文獻(2): 綜述_癌癥相關成纖維細胞(CAF)的異質(zhì)性【建議收藏】

文獻(3): IF=13|單細胞測序揭示泛-神經(jīng)母細胞瘤特征

文獻(4): Nature子刊_晚期非小細胞肺癌的單細胞圖譜

文獻(5): 單細胞轉(zhuǎn)錄組揭示人類纖維化皮膚病中成纖維細胞的異質(zhì)性

文獻(6): 原發(fā)性肝癌空間結(jié)構綜合分析

文獻(7): 在非小細胞肺癌中届案，漿細胞signature可用于PD-L1免疫治療的響應預測

雜說

什么是軌跡推斷 / 擬時序分析

答讀者問(1)：非模式物種找marker庵楷；如何根據(jù)marker定義細胞類型

答讀者問(2)：細胞cluster沒有聚在一起；去不去批次效應

答讀者問(4)：inferCNV的幾個問題

答讀者問(5)：提取monocle2的擬時序/坐標重新畫圖

Cerebro：一個好用的單細胞數(shù)據(jù)展示shiny工具

你會怎樣總結(jié)你的2021年楣颠？

他山之石

免疫學基礎——人類免疫細胞及其marker

一文解決單細胞亞群注釋的所有問題

Tutorial | 單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)【細胞注釋指南】

GRNdb：單細胞水平的基因調(diào)控網(wǎng)絡數(shù)據(jù)庫

2022NAR數(shù)據(jù)庫特刊：單細胞數(shù)據(jù)庫合輯

單細胞數(shù)據(jù)庫：好用不踩坑的單細胞數(shù)據(jù)庫合集

Nature子刊 | 適用于生物學研究人員的機器學習指南（上）

Nature子刊 | 適用于生物學研究人員的機器學習指南（下）

未完待續(xù)...

?著作權歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請聯(lián)系作者
  • 人面猴
    序言：七十年代末尽纽，一起剝皮案震驚了整個濱河市，隨后出現(xiàn)的幾起案子童漩，更是在濱河造成了極大的恐慌弄贿，老刑警劉巖，帶你破解...
    沈念sama閱讀 206,013評論 6贊 481
  • 死咒
    序言：濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件矫膨，死亡現(xiàn)場離奇詭異差凹，居然都是意外死亡期奔，警方通過查閱死者的電腦和手機，發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 88,205評論 2贊 382
  • 救了他兩次的神仙讓他今天三更去死
    文/潘曉璐 我一進店門危尿，熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來呐萌，“玉大人，你說我怎么就攤上這事谊娇》喂拢” “怎么了？”我有些...
    開封第一講書人閱讀 152,370評論 0贊 342
  • 道士緝兇錄：失蹤的賣姜人
    文/不壞的土叔 我叫張陵济欢，是天一觀的道長赠堵。 經(jīng)常有香客問我，道長法褥，這世上最難降的妖魔是什么茫叭？ 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 55,168評論 1贊 278
  • ?港島之戀（遺憾婚禮）
    正文 為了忘掉前任，我火速辦了婚禮挖胃，結(jié)果婚禮上杂靶，老公的妹妹穿的比我還像新娘梆惯。我一直安慰自己酱鸭，他們只是感情好，可當我...
    茶點故事閱讀 64,153評論 5贊 371
  • 惡毒庶女頂嫁案：這布局不是一般人想出來的
    文/花漫 我一把揭開白布垛吗。 她就那樣靜靜地躺著凹髓，像睡著了一般。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪怯屉。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上蔚舀，一...
    開封第一講書人閱讀 48,954評論 1贊 283
  • 城市分裂傳說
    那天，我揣著相機與錄音锨络，去河邊找鬼赌躺。 笑死，一個胖子當著我的面吹牛羡儿，可吹牛的內(nèi)容都是我干的礼患。 我是一名探鬼主播，決...
    沈念sama閱讀 38,271評論 3贊 399
  • 雙鴛鴦連環(huán)套：你想象不到人心有多黑
    文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼掠归，長吁一口氣：“原來是場噩夢啊……” “哼缅叠！你這毒婦竟也來了？” 一聲冷哼從身側(cè)響起虏冻，我...
    開封第一講書人閱讀 36,916評論 0贊 259
  • 萬榮殺人案實錄
    序言：老撾萬榮一對情侶失蹤肤粱，失蹤者是張志新（化名）和其女友劉穎，沒想到半個月后厨相，有當?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體领曼，經(jīng)...
    沈念sama閱讀 43,382評論 1贊 300
  • ?護林員之死
    正文 獨居荒郊野嶺守林人離奇死亡鸥鹉，尸身上長有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點故事閱讀 35,877評論 2贊 323
  • ?白月光啟示錄
    正文 我和宋清朗相戀三年，在試婚紗的時候發(fā)現(xiàn)自己被綠了悯森。 大學時的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片宋舷。...
    茶點故事閱讀 37,989評論 1贊 333
  • 活死人
    序言：一個原本活蹦亂跳的男人離奇死亡，死狀恐怖瓢姻，靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出祝蝠，到底是詐尸還是另有隱情，我是刑警寧澤幻碱，帶...
    沈念sama閱讀 33,624評論 4贊 322
  • ?日本核電站爆炸內(nèi)幕
    正文 年R本政府宣布绎狭，位于F島的核電站，受9級特大地震影響褥傍，放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏儡嘶。R本人自食惡果不足惜，卻給世界環(huán)境...
    茶點故事閱讀 39,209評論 3贊 307
  • 男人毒藥：我在死后第九天來索命
    文/蒙蒙 一恍风、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望蹦狂。 院中可真熱鬧，春花似錦朋贬、人聲如沸凯楔。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 30,199評論 0贊 19
  • 一樁弒父案锦募，背后竟有這般陰謀
    文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽摆屯。三九已至，卻和暖如春糠亩，著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間虐骑，已是汗流浹背。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 31,418評論 1贊 260
  • 情欲美人皮
    我被黑心中介騙來泰國打工赎线， 沒想到剛下飛機就差點兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留廷没，地道東北人。 一個月前我還...
    沈念sama閱讀 45,401評論 2贊 352
  • 代替公主和親
    正文 我出身青樓垂寥，卻偏偏與公主長得像颠黎，于是被迫代替她去往敵國和親。 傳聞我的和親對象是個殘疾皇子矫废，可洞房花燭夜當晚...
    茶點故事閱讀 42,700評論 2贊 345

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容