conda像是手機(jī)上的應(yīng)用商店荒叶,可以下載安裝Linux系統(tǒng)上的各種軟件碾阁。
Bioconda是conda軟件包管理器的一個(gè)鏡像,專門從事生物信息學(xué)軟件些楣。
Miniconda是最小的conda安裝環(huán)境脂凶。
miniconda的下載安裝
進(jìn)入miniconda的官網(wǎng)Miniconda — Conda? documentation,找到Miniconda3 Linuxl 64-bit愁茁,右鍵復(fù)制鏈接蚕钦,在Linux命令行中用wegt命令下載。
miniconda的下載:
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
miniconda的安裝:
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活配置:【source ~/.bashrc】
清華鏡像(可以使下載速度大大加快):
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda的使用方法:
查找軟件【conda search ABC】
安裝軟件【conda install ABC】默認(rèn)為最新版本
conda的升級(jí)方法【conda upgrade -all】
推薦:軟件tree(可以使文件以樹狀結(jié)構(gòu)呈現(xiàn)~)
下載:裝好了miniconda之后鹅很,可以直接使用conda來下載【conda install tree】
使用:到目標(biāo)目錄的上一級(jí)目錄下【tree EF】