1.常用HiC掛載軟件
ALLHiC
張興坦老師專為多倍體和高雜合度物種基因組掛載開發(fā)衙傀。如果是復(fù)雜基因組，肯定是首選萨咕。對于簡單基因組统抬，我跑了下，結(jié)果不佳危队。提了issue聪建，張老師特意開發(fā)了個為簡單基因組設(shè)計的流程：https://github.com/tangerzhang/ALLHiC/blob/master/bin/ALLHiC_pip.sh，主要增加了對contig的糾錯茫陆。至于效果金麸，我還在跑。3D-DNA
優(yōu)秀的糾錯功能簿盅。我認(rèn)為既是優(yōu)點挥下，也是缺點。它會把你原來完整的contig拆的稀碎桨醋，認(rèn)為那些不準(zhǔn)確棚瘟，需要通過染色質(zhì)交互來矯正。得到的結(jié)果也是五花八門喜最，占的空間太大了偎蘸！又不敢輕易刪掉，因為有些文件你在手工糾錯后還要用到瞬内。
默認(rèn)迭代糾錯2次迷雪，根據(jù)我的折騰，你最好還是0.hic虫蝶、1.hc和2.hc都試下吧振乏，導(dǎo)入juice_box看下效果，哪個好就用哪個秉扑。我同時組裝了兩個基因組慧邮，一個是0.hic最好调限，另一個是1.hc最好。這個軟件就很玄學(xué)误澳，用不同的結(jié)果可能錯誤率差別很大耻矮。LACHESIS
經(jīng)典軟件，有效聚類和排序忆谓，現(xiàn)在發(fā)表的大部分HiC掛載文章都出自于它裆装。但不適合多倍體和高雜合度的基因組，2017年就不再更新倡缠。
因為很舊哨免，安裝過程非常痛苦，源碼安裝昙沦，samtools和boost版本都要求很老琢唾。費了很大的功夫安裝成功了，運行過程卻總是出現(xiàn)：Segmentation fault (core dumped)盾饮，作者在GitHub issue上提供了解決方法（ubuntu）采桃，但對我不適用。最后放棄丘损，建議大家也不要再用了普办。SALSA2
使用簡單，精確度高（比3d-dna）徘钥。但存在聚類錯誤衔蹲，調(diào)整難度大。
主要是以上四個呈础，其他小眾的軟件更不推薦舆驶。
2. Juice_box手工糾錯
這些軟件的結(jié)果最后還是要進(jìn)行手工糾錯，真的太原始太不智能了猪落！人依賴于軟件贞远，軟件卻始終不如人。使用的是Juice_box來進(jìn)行可視化糾錯笨忌，然而蓝仲，這個軟件的文檔寫得非常簡單，youtube上官方視頻也非常之簡短（七八分鐘）官疲。有人把它搬到了b站袱结，還帶字幕。翻譯 | Juicebox Assembly Tools教程途凫。具體怎么使用垢夹，需要自己去折騰，很惱火维费。我簡單說下關(guān)鍵的操作：
- 所有糾錯操作都基于shift鍵
- 操作不熟練果元，你可能需要反復(fù)undo和redo（右鍵）
- 選框時促王，你只要在本框范圍內(nèi)拖動（按shift不要松），都會選中這個框（選中后為帶黑黃色的線）而晒，并不要很精確地選在框邊緣（因為你把握不好蝇狼，有可能這個邊緣是另一個框的范圍，這時就會選錯）
- 選擇框時倡怎，盡可能放大（雙擊迅耘，或菜單欄BP，一般25kb-50kb）
- 如果你的染色體數(shù)目不對监署。拆分染色體：先選中要拆分區(qū)域颤专，右擊add染色體，再選中钠乏，右擊remove染色體
- 從某一個地方剪掉框：選中栖秕，出現(xiàn)剪刀符號，單擊
- 旋轉(zhuǎn)框：選中缓熟，出現(xiàn)旋轉(zhuǎn)符號累魔，單擊
- 從一個地方移動：選中摔笤，鼠標(biāo)移到要插入的contig框頂點够滑，單擊
暫時想到有用的操作就這么多，就是要反復(fù)看官方那個視頻吕世，然后嘗試才能搞懂彰触。B站上還有一個講解的視頻：20200908_FGL_利用Hic技術(shù)組裝染色體，不過也不是很詳細(xì)命辖。
Juice_box調(diào)圖是個細(xì)致的體力活况毅。一想到我的基因組是這么人為調(diào)出來的，我自己對結(jié)果都產(chǎn)生了懷疑尔艇。
如果是3D-DNA尔许，再簡單的基因組也還是會有很多碎的，因為它手賤重新打碎了终娃。所以說如果你原始組裝的contig數(shù)目比3d-dna跑出的FINAL.fasta中的contig數(shù)目少味廊，甚至比手工糾錯后再跑3D-DNA的數(shù)目少，也不要感到驚訝棠耕。反正我是越糾越差余佛，基因組越來越小∏嫌可能是我不會調(diào)細(xì)節(jié)吧辉巡，再次吐槽，這個軟件我是真的討厭蕊退。
