- 下載psRoBot http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/downloads.php
- psRoBot的功能介紹
psRobot_map：將miRNAs mapping到參考基因組。
psRobot_mir：基于測(cè)序的small RNA和參考基因組，預(yù)測(cè)新的miRNA狰晚。
psRobot_tar：預(yù)測(cè)小RNAs在轉(zhuǎn)錄本中的靶位點(diǎn)芙粱。
psRobot_deg：降解組分析，對(duì)預(yù)測(cè)靶位點(diǎn)的進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。 - 預(yù)測(cè)miRNA的靶基因
psRobot_tar -s novel.fa -t mRNA.fasta -o novel_miRNA_mRNA.gTP -p 32
-s novel.fa #需要預(yù)測(cè)miRNA序列，序列格式一定要是大寫(xiě)
-t mRNA.fasta #基因組的cDNA序列
-o 指定輸出文件
-p 32 使用32個(gè)進(jìn)程
輸出文件novel_miRNA_mRNA.gTP格式
>miR156 Score: 1.0 ZLEO3C002807
Query: 1 TTCGGACCAGGCTTCATTCCC 21
|:|||||||||||||||*|||
Sbjct: 1400 AGGCCTGGTCCGAAGTA-GGG 1381
cat novel_miRNA_mRNA.gTP|grep "^>" |cut -f 1,3 即可輸出靶基因?qū)Φ膍iRNA-mRNA。
