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今天我們復(fù)現(xiàn)一幅2020年發(fā)表在nature communications上的相互作用網(wǎng)絡(luò)圖宰啦。
Title：Immune suppression in the early stage of COVID-19 disease
DOI：10.1016/j.cell.2020.07.009
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讀圖
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如圖顯示抗原加工遞呈屋讶、補(bǔ)體活化、細(xì)胞對(duì)趨化因子的反應(yīng)、免疫反應(yīng)的調(diào)節(jié)、T細(xì)胞活化、T細(xì)胞受體信號(hào)通路等蛋白質(zhì)的相互作用圖搂蜓。綠色實(shí)線代表抑制；紅色實(shí)線代表激活;灰色虛線表示GO富集通路辽装。從紅到綠的色條表示蛋白質(zhì)水平由高到低的倍數(shù)變化即foldchange帮碰。以-log(p value)表示的通路富集的顯著性，以深藍(lán)色為最顯著的顏色表示拾积。
本圖需要的信息包括：
-
蛋白互作信息殉挽，這個(gè)信息可以從
STRING上獲得， - 蛋白量倍數(shù)變化值也就是
Fold change拓巧，由差異分析得到 - 然后是通路與蛋白之間的關(guān)系此再，這個(gè)我們可以在
R中進(jìn)行GO富集分析然后對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行整理，GO term的p值由富集分析得到玲销。
復(fù)現(xiàn)結(jié)果
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