今天的主要內容
準備工作：檢查服務器中有無壓縮軟件 bzip2
一般投產(chǎn)的服務器都有裆馒，但免費的阿里云并沒有
輸入 bzip2
-
我的服務器中已經(jīng)有了财喳，顯示
有bzip2時顯示 沒有的話仙蚜，輸入
yum install -y bzip2安裝
miniconda
最方便快捷的軟件下載器，沒有之一。它的作用就相當于App store饲嗽，90%以上的軟件都能搜到驻谆，一鍵安裝卵凑。日常生信使用小而精的Miniconda即可??
學習Linux一定要拋棄圖形界面的思維！Linux命令行中沒有圖形胜臊，沒有窗口勺卢，沒有雙擊，有的只是代碼～
下載miniconda
- 鼠標右鍵復制該網(wǎng)站Linux下的64bit的鏈接
- 進入昨天建的biosoft目錄
cd biosoft - 下載miniconda
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
注意此時鼠標左鍵為復制象对，右鍵為粘貼
安裝miniconda
- 輸入
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -
一路 enter并不斷輸入 yes
安裝miniconda成功
千萬記得激活conda
- 輸入
source ~/.bashrc
conda激活成功
添加鏡像
- 一行一行復制粘貼以下代碼
(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# # conda config --remove-key channels
(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# conda config --add channels r
(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# conda config --add channels conda-forge
(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# conda config --add channels bioconda
(base) [root@VM_0_4_centos biosoft]# conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
1.查看當前所有軟件列表 conda list
2.搜索軟件 conda search fastqc 【這里以數(shù)據(jù)質控軟件fastqc為例】
3.安裝軟件 conda install fastqc -y
【加上-y是自動安裝黑忱，試了不加-y，后面需要回答 yes】
如果要指定版本號，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
如果把軟件的名字打錯甫煞，會顯示failed
4.卸載軟件 conda remove fastqc -y
5.查看conda有哪些環(huán)境
conda info --envs (前面帶*的就是默認的)
目前就一個conda環(huán)境
6.建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境菇曲，然后指定python版本是3，安裝軟件fastqc抚吠、trimmomatic（這兩個可以一步完成）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
【在這里我把文件名輸錯了常潮，所以又失敗了一次】
再次查看conda環(huán)境，conda info --envs
7.卸載一個環(huán)境中的軟件
- 卸載環(huán)境中的某個軟件
conda remove -n rna-seq fastqc -y - 要卸載環(huán)境中的全部軟件楷力，也就是卸載整個環(huán)境卸載環(huán)境的時候喊式，需要先退出當前環(huán)境再刪除，使用
conda deactivate - 卸載環(huán)境
conda remove -n rna-seq --all
