在上文中鼎姐，我們嘗試模仿繪制文獻(xiàn)中的Figure 2a蠢笋，所選文獻(xiàn)為J. Med. Chem. 2016, 59, 4087?4102灶芝，本文將嘗試?yán)L制Figure 2b恨狈，原圖如下所示：
image
本例中使用的PDB code: 3kwf
首先加載大分子：
fetch 3kwf
bg white
接著創(chuàng)建新對(duì)象妆棒，在視圖窗口右下角點(diǎn)擊S按鈕幻锁，頂部將顯示蛋白質(zhì)的序列，箭頭所指位置為A鏈中的配體辐真，其代號(hào)為B1Q须尚。
image
create lig, /3kwf/E/A/1
create residues, (3kwf and (chain A in resi 630+631+659+666))
單獨(dú)顯示我們的研究對(duì)象：
hide everything
show sticks, lig
show sticks, residues
set_bond stick_radius, 0.14, residues
然后修改配體顏色，使其按元素顯示侍咱。
image
按住control鍵耐床，并用鼠標(biāo)中鍵選擇兩個(gè)原子，然后松開control楔脯，使用鼠標(biāo)左鍵選擇氨基酸殘基撩轰。完成后如圖所示，殘基被保存在(sele)中昧廷，原子被保存在(pkset)中钧敞。
image
接著測(cè)量pkset與sele的距離，將距離小于4埃的顯示出來：
distance nonbonded, pkset, sele, 4, 0
color magenta, nonbonded
然后在下圖區(qū)域任意位置單擊鼠標(biāo)左鍵麸粮，將鼠標(biāo)模式更改為Editing模式：
image
按住control鍵，用鼠標(biāo)左鍵將虛線上的距離移開镜廉。在上方菜單欄中點(diǎn)擊Setting -> Edit All弄诲，在dash_radius中輸入0.07，按回車鍵確認(rèn)娇唯。
image
最后設(shè)定好視角齐遵，就可以輸出了。
set_view (\
0.507353544, 0.469124675, 0.722847939,\
0.366444945, -0.876655817, 0.311746955,\
0.779944181, 0.106718525, -0.616688907,\
0.000415023, 0.000164665, -94.643707275,\
20.837306976, 37.008846283, 57.467098236,\
-251.000549316, 106.750518799, -20.000000000 )
draw 1200,800
png Figure2.png
image
