下載miniconda--“l(fā)inux中可以下載生信軟件的應(yīng)用商店”
1.輸入“ uname -a”查看服務(wù)器是多少位的
2.百度搜索“miniconda 清華”,進入網(wǎng)站蚀乔,找到最新版本復(fù)制下載鏈接
3.輸入“cd ~/biosoft”進入昨天建好的biosoft目錄扮惦,輸入“wget 鏈接”將軟件下載到這個鏈接里面
(「for Windows」選中,鼠標左鍵點一下是復(fù)制,右鍵點一下是粘貼袋狞;「for Mac」直接cmd + c 復(fù)制,cmd + v粘貼)
安裝miniconda
1.輸入“bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh”進行安裝(讓enter就enter映屋,讓yes就yes)
2.輸入“source ~/.bashrc”來激活conda
3.輸入“conda”出現(xiàn)滿屏信息說明安裝完成
這個過程苟鸯,由于我沒有理解命令的意思而沒能操作成功,以為~和/.bashrc選一個輸進去就可以了棚点,其實是全部要輸完整早处;另外輸完以后再敲conda才能看見滿屏的信息。
4.添加鏡像:把下面的代碼全部復(fù)制到命令行
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
一開始忘記這部操作了瘫析,以至于后面不能順利進行
使用conda
1.輸入“conda list”砌梆,查看當前服務(wù)器上安裝的所有軟件列表
2.輸入“conda search fastqc”搜索軟件(這里以數(shù)據(jù)質(zhì)控fastqc為例)
3.輸入“conda install fastqc -y”,安裝軟件
4.輸入“conda remove fastqc -y”贬循,卸載軟件
查看conda環(huán)境
1.輸入“conda info --envs”查看當前conda有那些環(huán)境
2.新建:輸入“conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y”(建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境咸包,然后指定python版本是3)
3.輸入“conda info --envs”再次查看一下conda環(huán)境
4.輸入“conda deactivate ”退出當前環(huán)境