#本教程仿自于B站的15天入門生物信息視頻氢哮，若有疑惑請以視頻為準葛圃。若侵請聯(lián)系刪除默垄。
#新開個文件夾此虑，DE，把gene.count.matrix文件丟進里面口锭，編寫分組文件group.txt：
WT WT1
WT WT2
WT WT3
OE OE1
OE OE2
OE OE3
#編寫組比較compare.txt文件朦前，這里是前面比后面：
OE WT
#我們后面需要用到Trinity軟件包里面的一個文件，我們先下載
conda create -n Trinity#創(chuàng)建環(huán)境
conda install -n Trinity -c bioconda trinity#在這個環(huán)境中安裝軟件
#我們看看這個地址中是否有文件"~/miniconda3/envs/Trinity/opt/trinity-2.8.5/Analysis/DifferentialExpression/run_DE_analysis.pl"鹃操。
#進入R環(huán)境
source activate R
#然后輸入命令：
perl ~/miniconda3/envs/Trinity/opt/trinity-2.8.5/Analysis/DifferentialExpression/run_DE_analysis.pl \
? ? --matrix genes.counts.matrix \
? ? --method DESeq2 \
? ? --samples_file group.txt \
? ? --contrasts compare.txt
#結果文件夾是DESeq2.1272686.dir韭寸，里面的OE_vs_WT.DESeq2.DE_results就是我們需要的，其它的都不要：
#我們打開文件后荆隘，整理成三列恩伺，如下，并將文件命名為NOT_DE.txt：
#我們需要做一個篩選條件椰拒，LOG2FoldChange>=1晶渠，padj<0.05，用一個awk命令搞：
awk 'BEGIN{OFS=FS="\t"}{if(FNR==1) print $0; else {abs_log2FC=($2<0?$2*(-1):$2);if(abs_log2FC>=1 && $3<0.05) print $0;}}' NOT_DE.txt > DE_genes_filter.txt
#查看最終結果耸三，拉到最后乱陡，符合篩選結果：
#暗殺教室
