linux系統(tǒng)安裝軟件
day3 思維導(dǎo)圖.jpg
Miniconda 軟件管理器 （相當(dāng)于app store）
名詞理解
- conda：軟件包管理和應(yīng)用系統(tǒng)
- bioconda：為conda的鏡像停蕉，針對生信分析的軟件包
- anaconda：anaconda相當(dāng)于conda+python+pip+一堆python科學(xué)計算常用包
- miniconda：最小的conda安裝環(huán)境
miniconda相當(dāng)于conda+python+pip爸吮，輕量級握玛，生信分析用的多
-ana和mini之間區(qū)別：ana的安裝包和數(shù)據(jù)包都較大不方便，而mini更具針對性畜挥，方便仔粥。
簡書.png
miniconda安裝
在清華的conda鏡像網(wǎng)站中下載安裝，步驟如下：
- 搜索 miniconda 清華
-
uname -a查看服務(wù)器多少位 - 找到對應(yīng)latest版本蟹但，復(fù)制鏈接
- 服務(wù)器進(jìn)入biosoft目錄件炉，
wget 復(fù)制的鏈接--下載 - 安裝：
bash 文件全名
微信圖片_20210926202559.png - 安裝后激活
source ~/.bashrc回車 命令行輸入conda，滿屏信息說明激活成功 - 添加鏡像網(wǎng)站：鏡像網(wǎng)站--主網(wǎng)站副本矮湘，國內(nèi)鏡像下載速度 > 國外主網(wǎng)站
# 使用中科大的鏡像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
使用conda
- 當(dāng)前服務(wù)器所安裝軟件列表：
conda list - 安裝軟件：
conda install fastqc -y(-y表示yes，安裝過程中所有問題全部回答yes) - 確認(rèn) fastqc 安裝成功：是否能引出help
fastqc --help - 卸載軟件：
conda remove fastqc -y
conda環(huán)境
相當(dāng)于conda不同分身口糕，當(dāng)需要不用版本軟件時缅阳，比如A項目你需要用a軟件V 1.0版本，但是處理B項目又需要用到a軟件的V 1.5版本景描，可以使用分身十办，安裝不同軟件。
- 查看當(dāng)前環(huán)境
conda info --envs(前面帶*的就是默認(rèn)的) - 創(chuàng)建rnaseq環(huán)境超棺，指定python版本為3向族，并安裝fastqc和trimmomatic軟件
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y(-n 指name，具體參照conda create -h)
（指定python版本是因為有的軟件是基于python開發(fā)的棠绘，不是要你學(xué)python或者用它干什么） - 再次查看環(huán)境件相，發(fā)現(xiàn)多一個
- 激活新環(huán)境
conda activate rna-seq再扭，*轉(zhuǎn)移至rna-seq，輸入fastqc夜矗，出現(xiàn)一大片信息說明可用 - 退出當(dāng)前環(huán)境：
conda deactivate
