DFOIL 檢驗(yàn)

DFOIL 檢驗(yàn)是一種用于確定基因流方向的統(tǒng)計(jì)方法,它基于五群體系統(tǒng)發(fā)育樹的分析。DFOIL檢驗(yàn)是 ABBA-BABA 檢驗(yàn)的擴(kuò)展卓练,它通過考慮更多的群體和額外的遺傳信息來提高對(duì)基因流動(dòng)方向的解析能力门岔。

DFOIL 檢驗(yàn)的基本原理:

五群體系統(tǒng)發(fā)育樹:DFOIL 檢驗(yàn)要求一個(gè)五群體的系統(tǒng)發(fā)育樹逢净,其中包含兩組姐妹種群(P1和P2钥庇,P3 和 P4)以及一個(gè)外群(O)嗅虏。系統(tǒng)發(fā)育樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)為:(((P1,P2),(P3,P4)),O)。

雙等位基因位點(diǎn):檢驗(yàn)涉及到在五群體中具有雙等位基因變異的位點(diǎn)上沐。這些位點(diǎn)的等位基因狀態(tài)可以提供關(guān)于基因流方向的線索。

DFOIL統(tǒng)計(jì)量:DFOIL檢驗(yàn)計(jì)算四個(gè)不同的D統(tǒng)計(jì)量(DFO楞艾、DIL参咙、DFI、DOL)硫眯,每個(gè)統(tǒng)計(jì)量對(duì)應(yīng)于系統(tǒng)發(fā)育樹中不同的位置和基因流方向蕴侧。這些統(tǒng)計(jì)量的符號(hào)(正號(hào)、負(fù)號(hào)或零)可以揭示基因流的方向两入。

DFOIL檢驗(yàn)的步驟:

數(shù)據(jù)準(zhǔn)備:選擇一個(gè)適合的五群體系統(tǒng)發(fā)育樹净宵,并確定雙等位基因位點(diǎn)的等位基因狀態(tài)。

計(jì)算DFOIL統(tǒng)計(jì)量:使用特定的軟件或腳本來計(jì)算DFO、DIL择葡、DFI和DOL這四個(gè)統(tǒng)計(jì)量紧武。

評(píng)估顯著性:對(duì)每個(gè) DFOIL 統(tǒng)計(jì)量進(jìn)行卡方擬合優(yōu)度檢驗(yàn)(Chi-squared goodness-of-fit test),以確定它們是否顯著偏離零敏储。如果檢驗(yàn)結(jié)果顯著(例如阻星,P值小于0.0001),則表明存在基因流已添。

確定基因流方向:根據(jù) DFOIL 統(tǒng)計(jì)量的符號(hào)組合妥箕,推斷基因流的方向。例如更舞,如果DFO和DIL的值顯著且為正畦幢,而 DFI和DOL 的值不顯著或?yàn)榱悖瑒t可能表明P1向P3發(fā)生了基因流缆蝉。

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
  • 序言:七十年代末宇葱,一起剝皮案震驚了整個(gè)濱河市,隨后出現(xiàn)的幾起案子返奉,更是在濱河造成了極大的恐慌贝搁,老刑警劉巖,帶你破解...
    沈念sama閱讀 219,490評(píng)論 6 508
  • 序言:濱河連續(xù)發(fā)生了三起死亡事件芽偏,死亡現(xiàn)場(chǎng)離奇詭異雷逆,居然都是意外死亡,警方通過查閱死者的電腦和手機(jī)污尉,發(fā)現(xiàn)死者居然都...
    沈念sama閱讀 93,581評(píng)論 3 395
  • 文/潘曉璐 我一進(jìn)店門膀哲,熙熙樓的掌柜王于貴愁眉苦臉地迎上來,“玉大人被碗,你說我怎么就攤上這事某宪。” “怎么了锐朴?”我有些...
    開封第一講書人閱讀 165,830評(píng)論 0 356
  • 文/不壞的土叔 我叫張陵兴喂,是天一觀的道長(zhǎng)。 經(jīng)常有香客問我焚志,道長(zhǎng)衣迷,這世上最難降的妖魔是什么? 我笑而不...
    開封第一講書人閱讀 58,957評(píng)論 1 295
  • 正文 為了忘掉前任酱酬,我火速辦了婚禮壶谒,結(jié)果婚禮上,老公的妹妹穿的比我還像新娘膳沽。我一直安慰自己汗菜,他們只是感情好让禀,可當(dāng)我...
    茶點(diǎn)故事閱讀 67,974評(píng)論 6 393
  • 文/花漫 我一把揭開白布。 她就那樣靜靜地躺著陨界,像睡著了一般巡揍。 火紅的嫁衣襯著肌膚如雪。 梳的紋絲不亂的頭發(fā)上普碎,一...
    開封第一講書人閱讀 51,754評(píng)論 1 307
  • 那天吼肥,我揣著相機(jī)與錄音,去河邊找鬼麻车。 笑死缀皱,一個(gè)胖子當(dāng)著我的面吹牛,可吹牛的內(nèi)容都是我干的动猬。 我是一名探鬼主播啤斗,決...
    沈念sama閱讀 40,464評(píng)論 3 420
  • 文/蒼蘭香墨 我猛地睜開眼,長(zhǎng)吁一口氣:“原來是場(chǎng)噩夢(mèng)啊……” “哼赁咙!你這毒婦竟也來了钮莲?” 一聲冷哼從身側(cè)響起,我...
    開封第一講書人閱讀 39,357評(píng)論 0 276
  • 序言:老撾萬榮一對(duì)情侶失蹤彼水,失蹤者是張志新(化名)和其女友劉穎崔拥,沒想到半個(gè)月后,有當(dāng)?shù)厝嗽跇淞掷锇l(fā)現(xiàn)了一具尸體凤覆,經(jīng)...
    沈念sama閱讀 45,847評(píng)論 1 317
  • 正文 獨(dú)居荒郊野嶺守林人離奇死亡链瓦,尸身上長(zhǎng)有42處帶血的膿包…… 初始之章·張勛 以下內(nèi)容為張勛視角 年9月15日...
    茶點(diǎn)故事閱讀 37,995評(píng)論 3 338
  • 正文 我和宋清朗相戀三年,在試婚紗的時(shí)候發(fā)現(xiàn)自己被綠了盯桦。 大學(xué)時(shí)的朋友給我發(fā)了我未婚夫和他白月光在一起吃飯的照片慈俯。...
    茶點(diǎn)故事閱讀 40,137評(píng)論 1 351
  • 序言:一個(gè)原本活蹦亂跳的男人離奇死亡,死狀恐怖拥峦,靈堂內(nèi)的尸體忽然破棺而出贴膘,到底是詐尸還是另有隱情,我是刑警寧澤略号,帶...
    沈念sama閱讀 35,819評(píng)論 5 346
  • 正文 年R本政府宣布刑峡,位于F島的核電站,受9級(jí)特大地震影響玄柠,放射性物質(zhì)發(fā)生泄漏氛琢。R本人自食惡果不足惜,卻給世界環(huán)境...
    茶點(diǎn)故事閱讀 41,482評(píng)論 3 331
  • 文/蒙蒙 一随闪、第九天 我趴在偏房一處隱蔽的房頂上張望。 院中可真熱鬧骚勘,春花似錦铐伴、人聲如沸撮奏。這莊子的主人今日做“春日...
    開封第一講書人閱讀 32,023評(píng)論 0 22
  • 文/蒼蘭香墨 我抬頭看了看天上的太陽(yáng)畜吊。三九已至,卻和暖如春户矢,著一層夾襖步出監(jiān)牢的瞬間玲献,已是汗流浹背。 一陣腳步聲響...
    開封第一講書人閱讀 33,149評(píng)論 1 272
  • 我被黑心中介騙來泰國(guó)打工梯浪, 沒想到剛下飛機(jī)就差點(diǎn)兒被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留捌年,地道東北人。 一個(gè)月前我還...
    沈念sama閱讀 48,409評(píng)論 3 373
  • 正文 我出身青樓挂洛,卻偏偏與公主長(zhǎng)得像礼预,于是被迫代替她去往敵國(guó)和親。 傳聞我的和親對(duì)象是個(gè)殘疾皇子虏劲,可洞房花燭夜當(dāng)晚...
    茶點(diǎn)故事閱讀 45,086評(píng)論 2 355

推薦閱讀更多精彩內(nèi)容