DFOIL 檢驗(yàn)是一種用于確定基因流方向的統(tǒng)計(jì)方法,它基于五群體系統(tǒng)發(fā)育樹的分析。DFOIL檢驗(yàn)是 ABBA-BABA 檢驗(yàn)的擴(kuò)展卓练,它通過考慮更多的群體和額外的遺傳信息來提高對(duì)基因流動(dòng)方向的解析能力门岔。
DFOIL 檢驗(yàn)的基本原理:
五群體系統(tǒng)發(fā)育樹:DFOIL 檢驗(yàn)要求一個(gè)五群體的系統(tǒng)發(fā)育樹逢净,其中包含兩組姐妹種群(P1和P2钥庇,P3 和 P4)以及一個(gè)外群(O)嗅虏。系統(tǒng)發(fā)育樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)為:(((P1,P2),(P3,P4)),O)。
雙等位基因位點(diǎn):檢驗(yàn)涉及到在五群體中具有雙等位基因變異的位點(diǎn)上沐。這些位點(diǎn)的等位基因狀態(tài)可以提供關(guān)于基因流方向的線索。
DFOIL統(tǒng)計(jì)量:DFOIL檢驗(yàn)計(jì)算四個(gè)不同的D統(tǒng)計(jì)量(DFO楞艾、DIL参咙、DFI、DOL)硫眯,每個(gè)統(tǒng)計(jì)量對(duì)應(yīng)于系統(tǒng)發(fā)育樹中不同的位置和基因流方向蕴侧。這些統(tǒng)計(jì)量的符號(hào)(正號(hào)、負(fù)號(hào)或零)可以揭示基因流的方向两入。
DFOIL檢驗(yàn)的步驟:
數(shù)據(jù)準(zhǔn)備:選擇一個(gè)適合的五群體系統(tǒng)發(fā)育樹净宵,并確定雙等位基因位點(diǎn)的等位基因狀態(tài)。
計(jì)算DFOIL統(tǒng)計(jì)量:使用特定的軟件或腳本來計(jì)算DFO、DIL择葡、DFI和DOL這四個(gè)統(tǒng)計(jì)量紧武。
評(píng)估顯著性:對(duì)每個(gè) DFOIL 統(tǒng)計(jì)量進(jìn)行卡方擬合優(yōu)度檢驗(yàn)(Chi-squared goodness-of-fit test),以確定它們是否顯著偏離零敏储。如果檢驗(yàn)結(jié)果顯著(例如阻星,P值小于0.0001),則表明存在基因流已添。
確定基因流方向:根據(jù) DFOIL 統(tǒng)計(jì)量的符號(hào)組合妥箕,推斷基因流的方向。例如更舞,如果DFO和DIL的值顯著且為正畦幢,而 DFI和DOL 的值不顯著或?yàn)榱悖瑒t可能表明P1向P3發(fā)生了基因流缆蝉。