R包的安裝和使用（dplyr為例）
鏡像設(shè)置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
安裝
install.packages(“包”) 或者BiocManager::install(“包”)
加載
library(包) 或者
require(包)
使用
dplyr包主要用于數(shù)據(jù)清洗和整理，主要功能有：行選擇憋槐、列選擇挖帘、統(tǒng)計匯總遭赂、窗口函數(shù)吼具、數(shù)據(jù)框交集等已旧，是非常高效裕寨、友好的數(shù)據(jù)處理包先改。
以內(nèi)置數(shù)據(jù)集iris的簡化版為例
test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]
1. 新增列 mutate()
mutate(數(shù)據(jù)框, 列名 = 邏輯)
如： mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)
2. 按列篩選 select()
select(數(shù)據(jù)框,1) 篩選第一列
select(數(shù)據(jù)框,c(1,5)) 篩選第一和第五列
select(數(shù)據(jù)框,列名) 按照列名篩選
篩選多個列時
vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width")
select(test, one_of(vars))
To make your selection code more robust and silence the message, use all_of()to force the external vector.
3. 按行篩選 filter()
filter(test, Species == "setosa")
filter(test, Species == "setosa"&Sepal.Length > 5 )
filter(test, Species %in% c("setosa","versicolor"))
4. 排序 arrange()
arrange(test, Sepal.Length)
按照指定列排序疚察，默認(rèn)從小到大
arrange(test, desc(Sepal.Length))用desc從大到小排序
5. 匯總 summarise()
summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
計算Sepal.Length的平均值和標(biāo)準(zhǔn)差
結(jié)合group_by()分組運算
summarise(group_by(test, Species),mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
先按照Species分組，計算每組Sepal.Length的平均值和標(biāo)準(zhǔn)差
6. 管道操作 %>% (cmd/ctr + shift + M)
符號%>%仇奶，這是管道操作貌嫡，其意思是將%>%左邊的對象傳遞給右邊的函數(shù)，作為第一個選項的設(shè)置（或剩下唯一一個選項的設(shè)置猜嘱。
test %>% group_by(Species) %>% summarise(mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))
達(dá)到與5中分組運算同樣的效果
7. 統(tǒng)計某列unique值 count()
count(test,Species)
8. 處理關(guān)系數(shù)據(jù)
將2個表進(jìn)行連接衅枫，注意：不要引入factor（options(stringsAsFactors = F)）
inner_join(test1, test2, by = "x") 內(nèi)連，以指定列為準(zhǔn)取交集
left_join(test1, test2, by = 'x') 左連朗伶，以指定列為準(zhǔn)弦撩，將test2的數(shù)據(jù)補充到test1
full_join( test1, test2, by = 'x') 全連，以指定列為準(zhǔn)取并集
semi_join(x = test1, y = test2, by = 'x') 半連接论皆，返回能夠與y表匹配的x表所有記錄
anti_join(x = test2, y = test1, by = 'x') 反連接益楼，返回?zé)o法與y表匹配的x表的所記錄
bind_rows(test1, test2) 合并猾漫，需要兩個表格列數(shù)相同
bind_cols(test1, test3) 合并，需要兩個表格行數(shù)相同
以上內(nèi)容均來自于微信公眾號——生信星球
