參考：https://github.com/macs3-project/MACS/wiki/Call-differential-binding-events
差異peak分析的軟件很多磕道，但是針對無生物學(xué)重復(fù)的單一樣本來說，只能用MACS2的bdgdiff來實現(xiàn)。
1碗淌、預(yù)測插入片段長度(這一步還沒理解)
這一步在call peak的時候會顯示。即使沒有記錄巧婶，也可以通過predictd命令來查看
macs2 predictd -i Input_0h.rmdup.bam
#SRR13579713? ? ?total tags in treatment:?23713766?
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? predicted fragment length is 291 bps
#SRR13579715? ? ? total tags in treatment:?23914681
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? predicted fragment length is 294 bps
#SRR13579716? ? ? total tags in treatment:?21077141
#SRR13811453? ? ? ?total tags in treatment:?27928295
? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? predicted fragment length is 137 bps
#SRR13811454? ? ? ?total tags in treatment:?23931262
#H3K4_input_0h? ? ??total tags in treatment:8847498
#H3K4_input_4h? ? ? total tags in treatment:21180079
2秉剑、call peak
做這一步的時候加上-B 讓同時輸出bedgradh格式澜汤。
macs2 callpeak -B -n "H3K27ac_hCG_4h" --keep-dup all -t SRR13579715.rmdup.bed -c SRR13579716.rmdup.bed -g mm --board-cutoff 0.1
3、差異分析
macs2 bdgdiff --t1 H3K27ac_hCG_0h_treat_pileup.bdg --c1 H3K27ac_hCG_0h_control_lambda.bdg --t2 H3K27ac_hCG_4h_treat_pileup.bdg --c2 H3K27ac_hCG_4h_control_lambda.bdg --d1 21077141 --d2 21077141 -g 60 -l 147 --o-prefix ac_0h_vs_4h
OK８壹琛诬乞！
