今天開(kāi)啟重測(cè)序分析專(zhuān)題啦！懇請(qǐng)各位觀眾老爺點(diǎn)點(diǎn)關(guān)注！
所有分析均在linux系統(tǒng)上完成
整個(gè)重測(cè)序分析流程涉及到的軟件非常多赊时，本節(jié)介紹重測(cè)序常用軟件的安裝方法。
安裝R包
install.packages("getopt")
install.packages("phangorn")
install.packages("qqman")
install.packages("CMplot")
install.packages("LDheatmap")
install.packages("gplots")
install.packages("multtest")
install.packages("scatterplot3d")
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("snpStats")
BiocManager::install("gdsfmt")
BiocManager::install("SNPRelate")
if(!require(devtools))
install.packages("devtools")
devtools::install_github("bmansfeld/QTLseqr")
devtools::install_github("royfrancis/pophelper")
#批量安裝
#install.packages(c("A","B","C"))
使用conda安裝軟件包
#在安裝軟件前先建一個(gè)新的conda環(huán)境
conda create -n re-seq
#切換到新的環(huán)境下
conda activate re-seq
#安裝軟件
conda install fastp bwa samtools picard gatk4 vcftools plink phylip snpeff admixture beagle vcflib tassel ucsc-gtftogenepred ucsc-gff3togenepred
安裝其他軟件
手動(dòng)安裝的軟件均在/software 目錄下
1.annovar
下載地址：Download ANNOVAR - ANNOVAR Documentation (openbioinformatics.org)
該網(wǎng)頁(yè)需要拿教育郵箱注冊(cè)后才能下載抖所，下載完成解壓后即可使用梨州。
2.emmax
下載地址：EMMAX Software (umich.edu)
解壓后即可使用
3.haploview
wget https://www.broadinstitute.org/ftp/pub/mpg/haploview/Haploview.jar
4.poplddecay
git clone https://github.com/hewm2008/PopLDdecay.git
cd PopLDdecay
chmod 755 configure
./configure
make
5.cnvnator
cnvnator安裝需要依賴(lài)root軟件包和samtools軟件包（包含HTSlib）
#安裝samtools
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.9/samtools-1.9.tar.bz2
tar -xvf samtools-1.9.tar.bz2
cd samtools-1.9
./configure
make
#安裝root軟件，直接下載后解壓即可使用
wget https://root.cern/download/root_v6.18.04.Linux-ubuntu18-x86_64-gcc7.4.tar.gz
tar -zxvf root_v6.18.04.Linux-ubuntu18-x86_64-gcc7.4.tar.gz
#安裝cnvnator
git clone https://github.com/abyzovlab/CNVnator.git
cd CNVnator
#鏈接samtools軟件目錄到cnvnator目錄
ln -s ../samtools-1.9 ./samtools
#加載root軟件到環(huán)境變量
export ROOTSYS=/home/software/cnvnator/root
export PATH=/home/software/cnvnator/root/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$ROOTSYS/lib
#編譯cnvnator
make LIBS="-lcrypto"
6.lumpy-sv
lumpy-sv依賴(lài)的Python2.7的環(huán)境
conda create -n py2.7 python=2.7
conda activate py2.7
git clone --recursive https://github.com/arq5x/lumpy-sv.git
cd lumpy-sv
make
#安裝svtyper和svtools
conda install svtyper
conda install svtools
7.selescan
直接下載即可使用
git clone https://github.com/szpiech/selscan.git
8.psmc
git clone https://github.com/lh3/psmc.git
make
cd utils
make
后續(xù)如果用到了新的軟件田轧，會(huì)在對(duì)應(yīng)的章節(jié)中講解
