常規(guī)的質(zhì)控和過濾數(shù)據(jù)是fastqc+trimmomatic平匈，據(jù)說fastp更快宛官，而且一次完成質(zhì)控過濾和出圖。
fastp的github
fastp的出版地址
1.Fastp 軟件安裝
wget http://opengene.org/fastp/fastp
chmod a+x ./fastp
./fastp
本地路徑/home/chaim/disk/soft/fastp/fastp
添加環(huán)境變量
vim ~/.bash_profile
export PATH=$home/disk/soft/fastp:PATH
之后即可全局調(diào)用fastp。
2.使用參數(shù)
2.1 快速處理
單端測序single end(SE)
fastp -i in.fq -o out.fq
雙端測序paired end(PE)
fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o our.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz
參數(shù)設(shè)定：
-w 8 設(shè)置進程數(shù)8紫皇，默認(rèn)2,max=16,或者是--thread 8
-z 5 設(shè)置gzip壓縮級別，默認(rèn)4,1~9 1快-9小
--json 設(shè)置輸出json文件名
--html 設(shè)置輸出html文件名
2.2 使用循環(huán)批量處理
注意：一定要修改默認(rèn)的輸出文件名腋寨，不然后面的輸出會覆蓋前面的默認(rèn)文件名
#!/bin/bash
for i in 71 72 75 76 78 79;do
{
fastp -i ~/RNAseq/SRR190242${i}_1.fastq.gz -o SRR190242${i}_1.fastq.gz -I ~/RNAseq/SRR190242${i}_2.fastq.gz -O SRR190242${i}_2.fastq.gz -w 8 --html ${i}.html --json ${i}.json
}
done
