單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組-軌跡分析

URD

官方說明：
https://github.com/farrellja/URD/blob/master/Analyses/QuickStart/URD-QuickStart-AxialMesoderm.md
其中有一步buildTree需要注意，tips.use參數(shù)最好是給定數(shù)字型滩援，比如1:3之類的栅隐，我之前使用細(xì)胞注釋（character）導(dǎo)致這一步報錯進(jìn)行不下去。

Slingshot

官方說明：
https://bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/slingshot/inst/doc/vignette.html
結(jié)果圖主要有兩種
（1）line

image.png

（2）curve
image.png

monocle2

monocle3

官方說明：https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3/docs/trajectories/
很多時候我們并不想使用monocle3的降維聚類結(jié)果玩徊，那么如何在seurat的umap坐標(biāo)基礎(chǔ)上進(jìn)行軌跡預(yù)測呢租悄？這也是可以辦到的，后面來更新恩袱。

velocity

https://scvelo.readthedocs.io/VelocityBasics/

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