不知為何官網(wǎng)對(duì)于軟件結(jié)果的說(shuō)明文件被刪除掉了，還好有其他有心人保存了下來(lái)
我這自己備份一下方便看
outdir/
├── 01.fastq2BcUmi #步驟1運(yùn)行結(jié)果目錄
│ ├── prefix.bc_umi_read.tsv #barcode類(lèi)型、對(duì)應(yīng)的umi及reads數(shù)統(tǒng)計(jì)文件
│ ├── prefix.out
│ ├── prefix.type #reads的barcode類(lèi)型判斷文件
│ ├── prefix.type.bc_stat #不同barcode檢測(cè)統(tǒng)計(jì)
│ ├── prefix.type.full_stat #barcode類(lèi)型對(duì)應(yīng)的reads數(shù)、umi數(shù)
│ ├── prefix.type.bc_dist
│ ├── prefix.type.pos
│ ├── prefix.type.umi #reads對(duì)應(yīng)的barcode類(lèi)型及umi
│ ├── prefix.type.qual.stat #reads統(tǒng)計(jì)
│ └── prefix.type.stat #barcode檢測(cè)統(tǒng)計(jì)
├── 02.LinkBcChip #步驟2運(yùn)行結(jié)果目錄
│ ├── prefix.barcode_pos.tsv #barcode類(lèi)型對(duì)應(yīng)的芯片位置文件
│ ├── prefix.barcode.tsv #芯片對(duì)應(yīng)的barcode類(lèi)型文件
│ └── prefix.pos #reads對(duì)應(yīng)的芯片位置及barcode類(lèi)型文件
├── 03.Umi2Gene #步驟3運(yùn)行結(jié)果目錄
│ ├── prefixAligned.sortedByCoord.out.bam #STAR軟件比對(duì)結(jié)果
│ ├── prefix.cut90.fq #剪切成90bp長(zhǎng)度的reads文件
│ ├── prefixLog.final.out #STAR軟件比對(duì)結(jié)果信息文件
│ ├── prefixLog.out
│ ├── prefixLog.progress.out
│ ├── prefix.reads_gene.map2gene #reads比對(duì)到的基因信息
│ ├── prefix.reads_gene.mult.info
│ ├── prefix.reads_gene.mult.info.exon
│ ├── prefix.reads_gene.mult.info.stat
│ ├── prefix.reads_gene.mult.info.transcriptome
│ ├── prefix.reads_gene.read2gene
│ ├── prefix.reads_gene.total.stat #reads比對(duì)結(jié)果統(tǒng)計(jì)文件
│ ├── prefix.reads_gene.uniq.info
│ ├── prefix.reads_gene.uniq.info.all_gene_type
│ ├── prefix.reads_gene.uniq.info.stat
│ ├── prefix.reads_gene.uniq.info.transcriptome
│ ├── prefixSJ.out.tab
│ ├── prefix_STARgenome
│ ├── prefix_STARpass1
│ ├── prefix_STARtmp
│ ├── prefix.umi_gene.tsv #barcode對(duì)應(yīng)的umi及基因文件
│ ├── prefix.umi_gene.tsv.info
│ ├── prefix.umi_gene.tsv.un_get_gene_umi
│ └── prefix.umi_gene.tsv.un_get_gene_umi.all
├── 04.MatrixMake #步驟4運(yùn)行結(jié)果目錄
│ ├── prefix.matrix.tsv #基因表達(dá)矩陣文件
│ └── prefix.matrix.tsv.filt
├── 05.AllheStat #步驟5運(yùn)行結(jié)果目錄
├── allhe #he圖片
│ ├── he_roi_small.png
│ ├── he_roi.tif
│ ├── roi_heAuto.json
│ └── stat.txt
├── all_level_stat.txt #不同水平的spots統(tǒng)計(jì)
├── BSTViewer_project #矩陣文件
│ ├── cluster
│ ├── he.tif
│ ├── imgs
│ ├── level_matrix #分級(jí)矩陣
│ ├── project_setting.json
│ ├── roi_groups
│ └── subdata #不同level的稀疏矩陣文件，存儲(chǔ)barcode和gene信息撵幽，是下游后續(xù)分析的主要文件
| ├── L13_heAuto
| ├── L1_heAuto
| ├── L2_heAuto
| ├── L3_heAuto
| ├── L4_heAuto
| ├── L5_heAuto
| ├── L6_heAuto
| └── L7_heAuto
├── heAuto_level_matrix
│ └── subdata
├── level_matrix
│ ├── level_1
│ ├── level_13
│ ├── level_2
│ ├── level_3
│ ├── level_4
│ ├── level_5
│ ├── level_6
│ └── level_7
├── stat.txt
└── umi_plot #umi count圖片統(tǒng)計(jì)圖目錄
│ ├── all_umi_count_small.png
│ ├── all_umi_count.tif
│ ├── roi_umi_count_small.png
│ └── roi_umi_count.tif
├── 06.WebReport #步驟6運(yùn)行結(jié)果目錄
│ ├── prefix.filelist
│ ├── index.html #網(wǎng)頁(yè)版報(bào)告html文件
│ └── src #網(wǎng)頁(yè)版報(bào)告src目錄
└── prefix #收集的基因表達(dá)矩陣等文件目錄
├── barcode_pos.tsv #barcode類(lèi)型對(duì)應(yīng)的芯片位置文件
├── barcode.tsv #芯片對(duì)應(yīng)的barcode類(lèi)型文件
├── bc_umi_read.tsv.gz #barcode類(lèi)型贵涵、對(duì)應(yīng)的umi及reads數(shù)統(tǒng)計(jì)文件
├── features.tsv #features.tsv文件
└── matrix.tsv #基因表達(dá)矩陣文件
